臨床上治療慢性前列腺炎的方法很多，但很多患者難以獲得滿意的治療效果，普遍認為慢性前列腺炎是一種十分難以治療的頑疾。其常見原因如下:
(1)複雜的毗鄰關係:前列腺炎的病因還不十分清楚.但越來越多的學者接受了部分慢性前列腺炎的症狀其實可能是由於毗鄰器官所致.反過來也可能成為其久治不愈的原因。前列腺是男性生殖系統中的一個重要臟器，與其毗鄰的組織臟器很多。慢性前列腺炎常常久治不愈，與其毗鄰的組織器官的結構和功能必然會受到一定的影響，常合併精道異常、慢性精囊炎、附睪炎與後尿道炎等，精囊、射精管等不同程度的萎縮、狹窄和擴張，使其本身的功能遭受影響，炎性物質瀦留.排洩不暢。
(2)前列腺炎造成的組織結構改變:慢性前列腺炎的久治不愈，以及病原體在局部大量繁殖與播散導致腺體內的血管閉塞、腺體實質的纖維化與疤痕形成、腺體菱縮變硬.使得藥物治療很難在前列腺內達到有效的濃度。
(3)前列腺炎的病因複雜多樣:絕大多數慢性前列腺炎並非細菌感染所致.因此用抗生素治療效果並不明顯;即使是慢性細菌性前列腺炎，單純應用抗生素往往也難以獲得滿意的治療效果。這不僅是因為抗菌素很難穿透前列腺的脂質包膜,還在於慢性前列腺炎的病因複雜。
(4)不良生活習慣的持續存在:生活中不講究衛生、經常有不潔性生活史或淫亂行為、頻繁性交或手淫、酗酒或大量食用刺激性食物、長距離騎車或久坐、局部不注意保暖等多種因素本身就是造成患者前列腺長期充血、誘發慢性前列腺炎,並最終使其久治不愈的重要原因。而且這些患者在患病後以及疾病治療期間，這些不良生活習慣可能仍然存在。
(5)精神心理因素明顯異常:應對方式在慢性前列腺炎患者的預後中也具有重要的影響作用。以消極方式應對為主的患者的身心症狀明顯重於以積極方式應對為主的患者，且以消極方式應對為主的患者在性格上更傾向於內向性、神經質性和不穩定性;應對方式不健康也是招致患者治療失敗的原因之一，可以明顯影響患者的身心健康及預後。
慢性前列腺炎患者,尤其是久治不愈的患者往往具有人格特性的改變,表現為應對方式的明顯異常，可以有失眠:健忘焦慮、抑鬱，甚至出現胡思亂想和悲觀失望情緒等消極的應對態度，這方面的困惑有時甚至超過疾病本身的痛苦,並為此四處求醫,成為慢性前列腺炎難治的重要原因之一。
因此,作為患者對這一切不利的因素都應該了解，疾病的最終受傷害者畢竟是你們自己，患者應該用大量的前列腺炎知識來武裝自己，要在醫生的幫助下主動要求尋找病因，進行必要的檢查併科學地解釋結果，必要時可以處方一些治療藥物，將疾病徹底治療。