1937年7月，日本發動全面侵華戰爭。抗戰時期，廈門大學遷到閩西長汀。從1937年到1945年，林惠祥避難南洋新加坡，隨身帶走部分文物標本，在新加坡繼續從事人類學研究。1947年11月，林惠祥重回廈門大學主辦人類學標本展覽會。回到廈門大學後，林惠祥繼續擔任人類學教授，並進行廈門大學人類學系、人類學研究所、人類博物館的籌備工作。
1952年大陸高校院系調整，從系、科建制上取消了所有的人類學系。林惠祥先生就是在籌建創辦了廈門大學人類博物館之後從歷史系轉入廈門大學人類博物館工作。在1950年代，廈門大學人類學發展的最重要成果之一是廈門大學人類博物館的正式建立。1953年3月15日，廈門大學人類博物館正式開館，成為新中國第一家專業性博物館，也是新中國高校中唯一的一所人類博物館。它成為中國人類學研究基地之一。林惠祥主持了一系列的人類學調查研究工作。從1951年到1958年，林惠祥先生培養了包括陳國強、葉文程、蔣炳釗、吳綿吉等一大批新中國的人類學、民族學、考古學人才。
1978年，中國共產黨第十一屆三中全會召開，1979年4月25日至5月6日，中國社會科學院組織召開的「全國民族研究工作規劃會議」在雲南省昆明市舉行。1981年5月， 首屆「全國人類學學術討論會」在廈門大學召開，並正式成立中國人類學會，陳國強被大會選任中國人類學會秘書長。會址就設在廈門大學人類博物館。
作為林惠祥先生的學生，陳國強教授積極繼承林惠祥的人類學事業，他在擔任中國人類學會的秘書長期間，不斷積極呼籲國家恢復和重建中國人類學，為八十年代以來中國人類學的重建做出重大的貢獻。1983年，教育部批准成立廈門大學人類學研究所。1984年2月，人類學研究所正式成立，是我國高校中唯一的有關人類學研究的機構。下設人類學與考古學兩個專業，從事文化人類學和考古人類學的研究和中國民族史、文化人類學、考古人類學研究生的教學。
社會學在廈門大學的恢復和重建則稍晚一些。1980年代幾位教師分別在當時的哲學系和政治學系開設社會學及相關課程。美國康乃爾大學的社會學教授倪志偉1985年夏天還到廈門大學，那時還沒有社會學專業，他在經濟學系本科生的幫助下在廈門周邊的農村完成了數百份問卷調查，並據此完成了那篇發表在《美國社會學評論》上並在學術界產生廣泛影響的論文：《市場轉型論:從再分配經濟到國家社會主義的市場》。
廈門大學於1988年在哲學系設立社會工作與管理專門化，1993年正式設立社會工作專業，2000年正式成立社會學系。在此之後，社會學系先後設立了社會學碩士點、社會學博士點以及社會學一級學科博士點。
為了進一步促進社會學科的發展，廈門大學在2019年3月23日正式掛牌成立了社會與人類學院，把原來隸屬於公共事務學院的社會學與社會工作系、人口研究所和原隸屬於人文學院的人類學與民族學系整合在一起。新學院的成立為廈大社會學的發展注入了新的動力。