在臨時大總統任上，孫中山和南京臨時政府的實力和作為有限，執政的實際意義難以高估。新政府和領袖個人的名譽，倒反而比政策及執政實效更為引人注目。造成名譽損失的事件，大多是由於臨時政府在一些具體問題的應對上進退失據而引發，而臨時大總統面臨的最嚴重的名譽風波，是漢冶萍借款事件。此事雖是以臨時政府名義進行，但直接影響孫中山的個人名譽。
1912年初，在財政窘迫、軍需緊急，而所有籌款微乎其微的情況下，向外借債成為臨時政府不得不謀求的主要籌款途徑。
臨時政府初擬以招商局局產為擔保，向日本資本組織商洽借款；後擬以漢冶萍公司為抵押，向日本洋行借款。前者由於招商局多數股東的抵制，國內其他政治勢力意見相左，借款未能成立。後者打算通過逃亡日本之漢冶萍公司總經理盛宣懷進行，原本設想由公司自借巨款，由政府擔保，多借數百萬轉借與臨時政府。但盛於1911年末逃亡大連時，已與日方策劃將漢冶萍公司改為中日合辦，孫中山亦於是時與日本三井洋行議及中日合辦，遂退而謀求合辦，以便取得款項。
1912年1月26日，臨時政府、漢冶萍公司、三井物產株式會社在南京籤訂《漢冶萍公司中日合辦草約》，規定公司股本為日金5000萬元並由中、日合資辦理(中、日各半)，公司續借日金500萬元，作為日人投入公司股本；由漢冶萍公司借給臨時政府500萬元。
2月2日，孫中山、黃興分別以中華民國總統、陸軍總長名義籤署承認臨時政府與日本三井洋行訂立借款續合同，三井洋行代漢冶萍公司備款日金250萬元，借與臨時政府。這一複雜過程的要點，是以南京臨時政府核准漢冶萍公司中日合辦為先決條件，由公司自身產業抵借，再假手三井會社轉交臨時政府借款。
漢冶萍借款籤約後，立即遭到各方面的反對和輿論的批評。各報連續報導了臨時參議院和一些議員反對、質問合辦與借款的情形， 此後又紛紛刊登反對漢冶萍公司合辦的電文和來稿。《申報》自2月23-25日，連續刊載民社聯合各地共和會具名的《漢冶萍合資公約》，表示「全國人民無不痛心疾首，自應迅速取消前議」，發布以鄂湘贛三省人民公僕名義的傳單。《申報》評論指出，「新政府之種種失機，皆此一念之虛驕誤之也」，要求臨時政府「急宜痛除虛驕之習」。
除輿論外， 對臨時政府來說地位極其重要的章太炎對漢冶萍公司合辦提出了強烈的批評 。章太炎首先指出，無論從道理上，還是從程序上，漢冶萍借款籤約一案都不能成立，「大冶之鐵，萍鄉之煤，為中國第一礦產，坐付他人，何以立國？」其次，指出此事導致孫中山「與盛宣懷同被惡名」，警告「以執事(指孫中山 )之盛名，而令後來者指瑕抵隙，一朝蹉跌，自處何地？」
時任臨時政府實業部總長的張謇亦持反對意見，在得知借款事後，立刻急電孫中山，請「出以慎重」；又致函詳細闡明理由，揭露盛宣懷的個人品德，指出「吾政府不加深察，一受其餌，則於國防，於外交，皆為大失敗。……民國政府縱不能有善良政策為國民所謳歌，亦何至因區區數百萬之借款，貽他日無窮之累，為萬國所喧笑？」並憤而辭職。
這一事件發生之初，孫中山、黃興等還是極力想把借款事情辦成，以扭轉臨時政府的財政被動，因而並不把名譽問題放在第一位考慮，反而樂觀地估計，「今日所見為獨佔無二者，他日當使競爭而並進。於眾多礦中分一礦利與日人，未見大害，否則以一大資本家如盛氏者專之，其為弊亦大。」對於輿論喧譁，尚不以為然，認為「輿論於此，未必深察。
對於臨時政府內部章、張二人的態度，孫中山則高度重視。在收到章太炎第一封信後，孫中山立刻復函向章介紹了南京臨時政府面臨的現狀和財政危機，指出章所提出的解決問題的建議不能解目前之急；對於章提出的權利外溢的後果並非不知，名譽犧牲的後果，無論是對於臨時政府，還是對於個人名譽，也都十分清楚。但孫中山此時決策的出發點，是綜合比較，兩害取輕，「至於急不擇蔭之實情，無有隱飾，則祈達人之我諒。」
在覆張序函中，孫中山以同樣的理由說明了合辦借款之必需，也以同樣的比喻向張解釋不得已的苦衷，表示「惟度支困極，而民軍待哺，日有譁潰之虞，譬猶寒天解衣裘付質庫，急不能擇也」，希望張站在臨時政府立場考慮，轉移輿論，幫助臨時政府度過難關。
在得到孫中山初步解釋後，章又來函仍申反對意見，口氣則更趨嚴厲。章太炎 勸孫中山不要「倒行而逆施之」，指出孫所做、所慮的一切「奈輿論不直何？奈國命將覆何？」斥孫中山和黃興為「為私賣國產之人。……自是長與奸諛同列，終為不義，弗可沒已」，深為「痛惜」；章太炎特別提及孫中山的革命經歷以及所積累的革命威望，希望孫「勉修明德，以待第二期之選任」，不要「自點令名」、「昧於取捨」、「強拂輿情」，以冒天下之不韙，否則「惟有要求割席」，相與決裂。
與此同時，孫中山極力爭取借款案在程序上的合法性，避免臨時政府和個人在名譽上進一步陷入困境。
1912年2月12日，參議院以漢冶萍及招商局抵押借款違法，質問臨時大總統。18日孫中山諮覆參議院，說明漢冶萍借款並無違法。23日，參議院以孫中山之答覆「疑問尤多」、「不得要領」，再次提出質問，並要求即日派員到院答覆。孫中山亦鄭重作了答覆，並派總統府秘書長胡漢民到參議院，將關於漢冶萍借款各種相關文件寫交討論。
為漢冶聯合辦事，孫中山在內部解釋和政府運作上費盡周折，但最終還是「各省反對，輿論譁然」」
3月22日，漢冶萍公司在上海開臨時股東會，全場一律反對合辦。孫只好命盛宣懷「宜早設法廢去此約」。