新的企業所得稅暫行條例及其實施細則發布實施以來，各地在執行過程中反映了一些問題，要求國家稅務總局加以明確。為便於徵管，經研究，現對有關問題通知如下：
一、關於某些地區仍要求企業上繳利潤問題
新的企業所得稅暫行條例及有關規定已明確，凡中華人民共和國境內的企業，除外商投資企業和外國企業外，都應依法繳納所得稅。對利改稅時未繳納所得稅而實行各種承包上交利潤辦法以及享受各種減免稅政策的，除國務院，財政部或國家稅務總局發文明確繼續執行原政策以外，一律納入企業所得稅徵稅範圍，依法徵收所得稅。各個地區和部門都應遵照這個原則執行，不得擅自決定要企業上交利潤而不按統一規定繳納企業所得稅。如發現與統一稅法不符的任何做法，稅務機關應予抵制和有權拒絕執行。（標為灰色部分已於2006年4月30日失效）
二、關於在建工程試運行收入處理問題
企業在建工程發生的試運行收入，應併入總收入予以徵稅，而不能直接衝減在建工程成本。
三、對企業接受捐贈的處理問題
企業接受的捐贈有相當部分是資產，考慮到如對其徵稅可能會影響企業生產，故企業可將接受的捐贈收入轉入企業資本公積金，不予計徵所得稅。（標為灰色部分已於2006年4月30日失效）
四、關於企業經批准集資的利息支出的處理問題
企業經批准集資的利息支出，凡是不高於同期同類商業銀行貸款利率的部分，允許在計稅時予以扣除；其超過的部分，不準予扣除。
五、按照新的企業所得稅暫行條例及財政部，國家稅務總局（94）財稅字第001號《關於企業所得稅若干優惠政策的通知》精神，原允許在稅前扣除的企業單項留利，部分企業從銷售收入中提取新技術開發費和補充流動資金以及稅前還貸政策一律取消。
六、關於彌補虧損後有所得的適用稅率問題
企業上一年度發生虧損，可用當年所得予以彌補，按彌補虧損後的所得額來確定適用稅率。
七、關於未到期減免稅優惠政策的處理問題
根據企業所得稅暫行條例及其有關規定的精神，對以往年度作出的減免稅優惠政策尚未執行到期的，除國務院，財政部及國家稅務總局有明文規定的以外，一律停止執行。對已有文件規定繼續保留的減免稅政策，享受減免稅優惠政策的企業的減免稅期限應連續計算。
八、關於幾個概念的解釋問題
財政部，國家稅務總局（94）財稅字第001號《關於企業所得稅若干優惠政策的通知》，對其中幾個概念的解釋如下：
（一）所謂對農村的為農業生產的產前，產中，產後服務的行業，主要是指提供技術推廣，良種供應，植保，配種，機耕，排灌，疫病防治，病蟲害防治，氣象信息和科學管理，以及收割，田間運送等服務的企業和單位。
這些企業和單位兼營農業生產資料的所得，應分別核算，按規定徵收所得稅。
（二）所說的信息業，主要包括以下行業：
1.統計信息，科技信息，經濟信息的收集，傳播和處理服務；
2.廣告業；
3.計算機應用服務，包括軟體開發，數據處理，資料庫服務和計算機的修理，維護。
（三）所說的勞動就業服務企業，按照國務院1990年第66號令《勞動就業服務企業管理規定》第二條規定的範圍執行，即：服務企業是承擔安置城鎮待業人員任務，由國家和社會扶持進行生產經營自救的集體所有制經濟組織。承擔安置城鎮待業人員任務是指：1.勞動就業服務企業開辦時，從業人員中60%以上為城鎮待業人員；2.勞動就業人員存續期間，根據當地就業安置任務和企業常年生產經營情況按一定比例安置城鎮待業人員。
（四）所說的某些食品工業，是指肉，禽，蛋及其製品的生產企業。
（五）所說的傳統名特食品，一般是指省以上人民政府或食品主管部門正式命名的食品。具體品目由省級稅務機關確定。
九、關於企業第四季度稅款的預繳問題
為了保證稅款及時均衡地入庫，企業第四季度的所得稅稅款應於季度終了後15日內預繳，然後再進行彙算清繳。
十、稅務部門查出的以前年度的所得稅，應按被查出年度的適用稅率補徵所得稅。