秦巴雞形成歷史大約有兩千年，從秦巴山區旬陽、 南鄭等縣出土的漢代陶雞中，已有與現代秦巴雞相似的類型。 從相關資料和調查中得知，從清代至建國後的六七十年代，因經濟封閉，交通不便，在秦巴山區農村基本上沒有引進外來雞種， 農戶飼養的全為秦巴土種雞，採取以戶為單位的小型分散的半舍飼半放牧飼養方式。 秦巴雞就是在這種社會條件和生態環境中，經自然選育而形成的。
秦巴雞原產地為四川北部的大巴山區和陝西南部的秦嶺地區，主要分布於四川巴中的南江、通江縣，廣元的朝天區、旺蒼縣，陝西安康的旬陽、石泉縣，漢中的漢陰、西鄉、商洛縣等地區。 巴中市以南江縣貴民鄉、楊壩鎮、關田鄉、北極鄉和通江縣的勝利鄉、板橋鄉、沙溪鄉、板凳鄉的秦巴雞的品質最為純正。
秦巴雞原產地無霜期長，雨量充沛，土地肥沃，氣候溫和，精、粗飼料十分豐富，青綠飼料和蟲、草常年不斷；加之當地對秦巴雞的管理粗放， 產地多數人家無專用雞舍，常棲息在牲畜圈舍橫梁或農家柴房上，因而秦巴雞對環境的適應性很強。 由於在自然條件下生長繁衍，表現出了較強的抗逆性，該品種無論雛雞還是成年雞均很少發病。
自 2013 年以來， 巴中市內的秦巴雞數量呈現逐年增長的態勢，截至 2015 年底，秦巴雞的存欄總數為 9630 只，其中，品質特徵較純正的有 2350 只（母雞 2000 只左右，公雞約300 只），紅棕羽系的數量相對較多，梅花羽系的數量不足 200 只。 因未經有計劃地選種和系統地育種，梅花羽系的秦巴雞正瀕臨滅絕。
秦巴土種雞因長期自然放養，活動空間大，放養地生態環境好等優勢，年平均產蛋量在 160 枚， 最高達 220 枚，2～5 月為產蛋旺季，月均產蛋 22 枚左右，冬季在高寒山區有 1～2月的休產期，平均蛋重 55 g 左右。 公雞於 90～120日齡開啼，並開始出現交配行為，母雞多在 150～180 日齡開產。
秦巴雞是陝南與川北的一個古老的且性能較好的蛋肉兼用型地方雞種，具有適應性好、覓食力強、體質結實、反應靈活、耐粗飼、抗病力強、性情溫馴、產蛋和產肉性能良好、蛋較大、肉質鮮美等優點，在陝南安康地區、川北巴中、廣元等地域有一定數量的分布。 目前，巴中市人民政府已安排專項資金在南江縣和通江縣分別建立了核心保種場， 分別對秦巴雞的紅棕羽系、梅花羽系開展保種和提純復壯工作，劃定核心保護區範圍，完善保護措施，防止外來雞種侵入，保護其品種特性。 鑑於該品種分布於四川北部和陝西南部地區， 建議組建跨省保種選育機構， 在核心區建立秦巴雞的核心群和繁育基地，有計劃地開展保種、選種和育種工作，以保護秦巴山區這一特有且瀕危的地方雞品種，豐富我國雞品種基因庫。