民國13年（1924年）年底，孫中山先生應馮玉祥、段祺瑞的邀請，決定北上，他滿懷希望的以一個革命者應有的驕傲，在人民的擁護下，去解決國事問題。11月13日，孫中山先生離開了廣東，途經上海，繞道日本，然後到了天津。因長期奔走革命，積勞成疾，還沒有來得及進京和軍閥會議就肝病發作，臥床不起了。12月31日，孫中山先生扶病入京。旋經協和醫院確診為肝癌。不幸，他的病情急劇惡化，經中西醫多方救治無效，於民國14年（1925年）3月12日，上午9時30分逝世，終年59歲。1929年6月，孫中山先生按生前遺願歸葬南京紫金山。
孫中山為何鍾情紫金山
孫中山曾幾次到東郊紫金山（鐘山），最著名的一次是謁孝陵，時間是1912年2月15日。孫中山對孝陵的主人朱元璋特別崇拜，革命之初，就是以朱元璋為榜樣，承繼了朱元璋「恢復中華」的民族精神。但孫中山後來認為，自己的事業比朱元璋、洪秀全更有革命性，「前代革命為英雄革命，今日為國民革命。」
孫中山謁陵時與臨時政府工作人員合影
謁孝陵時，清末代皇帝溥儀宣布退位剛三天。當時孫中山親率臨時政府文武官員謁孝陵，祭奠朱元璋，並發表了祭文，稱朱元璋為「我高皇帝」。
據史料記載，4月1日這天，孫中山起身很早。起床後，孫中山碰到人就說，從今天起，我就是自由公民了。吃了早飯後，孫中山吩咐衛士去備幾匹馬來，說今天要到東郊去打獵。
孫中山在國民黨元老、曾任國民黨中央常務委員會主席的胡漢民等人的陪同下出朝陽門，直奔明孝陵而去。
當時紫金山陽光明媚，景色美不勝收。一處叫半山寺的地方，背負青山，前臨平川，氣勢十分雄偉。登高遠望，南面的方山歷歷在目，秦淮河像一條玉帶逶迤環繞。
孫中山慨嘆道：「展堂（胡漢民的字），還有你們都來看，這地勢比明孝陵的獨龍阜還要好，前有照，後有靠，有山有水，氣勢雄偉，我真不明白，當年明太祖為什麼沒有選中這塊地方？」
胡漢民接著孫中山的話說：「先生說得對，這裡的確比明孝陵好，拿風水來說，叫做前有照，後有靠，左右有砂環抱，加以秦淮河環繞，真是一大好墓地也。這是大風水，而明孝陵則是小風水。」
孫中山又接著胡漢民的話笑著說：「我將來死後就葬在這裡，那就好極了。」
上面這段故事，是其子孫科後來記下的，是孫中山希望死後葬在南京的最早記錄，也是目前民國官方資料記錄。「待我他日辭世後，願向國民乞此一抔土，以安置軀殼爾」一說的來源。
孫中山死後葬南京，主要原因是革命成果在南方，自己在南京稱大總統，選擇歸宿南京並不是偶然的。同時，不可否認，孫中山將具體的葬地落實在東郊紫金山，確實也與這裡風水好有關。
孫中山生前在確定南京為首都時，曾說過「南京有高山，有平原，有深水，三種天工，鍾毓一處，世界中之一大都市，誠難覓如此佳境。」
1925年3月12日，—代偉人孫中山在北京與世長辭。在孫中山彌留之際，守護在旁的宋慶齡、孫科、汪精衛，何香凝、張靜江見其昏睡了，急著悄聲議論起其後事。汪精衛提出：萬一總理不測，是否就葬於北京景山為妥。豈料此話被從彌留之際醒來的孫中山聽到了，他急切地連聲說：「不，不，我要紫金山。」
在場者對孫中山突然啟口無不感到驚喜，可對要葬紫金山一事一時面面相覷，頓生疑團。在孫中山去世後，與孫中山一起北上和在京華的部分國民黨上層人士聞汪精衛述說的孫中山要歸葬紫金山的臨終遺言後，因為不了解紫金山的地理方位，一個個感到茫然。而這時其中一位受命北上任檢查清宮古物並籌建故宮博物院的江蘇吳江籍、南社創始人之一的陳去病站了起來，他向在場者明確地道明了紫金山就是南京明孝陵所在的鐘山。汪精衛聽後隨即要陳去病寫一篇考證文章。陳去病受命後，很快撰寫了闡述紫金山歷史沿革及其狀貌特徵的《紫金山考》，發送全國各報公開發表。
孫中山墓葬地釋疑了，就開始處理善後事宜。不久，在上海正式成立了孫中山葬事籌備組織。這時，陳去病往返於北京、南京、上海之間，還專門陪同宋慶齡、孫科等上紫金山踏勘，最終正式確定了鐘山中部小茅山南坡為孫中山先生的墓地。
宋慶齡等勘察墓地
紫金山很大，孫中山當時指的地方並未留下標記，也無人當真記錄。在孫中山病逝後，陵址的卜擇便成了問題。孫中山到底希望葬在山的何處？據南京市政協文史資料委員會編《中山陵園史錄》（1989年11月版，南京出版社）載，遵照孫中山歸葬南京紫金山的遺願，葬事籌備委員會成立前，北京治喪處就已派後曾任民國政府主席的林森，趕往南京初勘葬地。
林森返回北京後向治喪處作了匯報，由治喪處代表與當時的段祺瑞政府接洽相關事宜。
孫中山葬事籌備處成立後，首先由家屬及葬事籌備處代表林煥廷、葉楚傖等人，到南京實地勘察墓址，並確定工作順序。4月21日早晨，宋慶齡、孫科等由上海抵寧，上午出席了南京各界追悼孫中山大會，下午即赴紫金山相地。
宋慶齡一行先至明孝陵西的「虎山」。為何先看這裡？原來裡面有一個小插曲。
此前，葬事籌備處曾收到一位姓孫的來信，自稱是虎山主人，願捐山為孫中山墓地。但當宋慶齡一行實地觀察後，當即就放棄了。所謂虎山，不過是明孝陵西側的一座小丘。要說風水確實有，但讓朱元璋用去了，孫中山豈可葬在朱元璋的腳下！
當年劉基等風水大師為孝陵卜址時，就是將此山丘當成「右白虎」風水山來處理的。由於地勢較低，又處明孝陵下水頭，虎山根本就不是安葬孫中山的風水寶地。
暫厝香山碧雲寺
孫中山先生1925年3月12辭世後，3月15日由北京協和醫院的法國醫師作防腐手術後，身穿大禮服的孫中山被殮入楠木棺內。3月19日，孫中山靈櫬由國民黨黨員抬至中央公園（1928年中央公園改名為中山公園）拜殿（現改名為中山堂）內存放。3月24日至月底在中山公園拜殿舉行公祭，前往致祭的中外人士和各界群眾746800人。3月30日前蘇聯政府派專員來米諾夫運水晶蓋鋼棺抵京，因遺體早已入殮，該棺未能使用。
1925年3月12日，孫中山先生病逝於北京,圖為先生家屬在北京中山公園靈堂守靈
孫中山家屬在中山公園守靈
孫中山生前曾經表示希望去世後能夠安葬南京。1912年，孫中山辭去臨時大總統職務後，偕胡漢民等人，前往紫金山打獵。他看到這裡的地勢山水環繞、氣象雄偉，就微笑著說：「我將來死了，能葬在這裡，那就好了」。國民政府決定遵照他的遺願，將南京紫金山選為墓地。由於南京紫金山中山陵工程浩大，短期不能竣工，國民黨治喪委員會決定將靈柩暫厝於北京香山碧雲寺。
碧雲寺門前社會各界的輓聯
香山位於燕京西北郊，距西直門20公裡。主峰香爐峰（俗稱鬼見愁）海拔575米，古人云「京西北諸山，聳而特秀者，唯香山為最」。碧雲寺位於香山東麓，始建於元至順二年（1331），本名碧雲庵，明正德九年（1514）權宦於經拓修碧雲庵，更名碧雲寺。天啟三年（1623），太監魏忠賢再度擴建，清乾隆十三年（1748）弘曆皇帝擴建碧雲寺，在保存原寺院的基礎上，增建羅漢堂，行宮院，金剛寶座塔。全寺佔地40000平米，共分六進院落，各組殿宇，憑依山勢，層層迭起，甚是雄偉。金剛寶座塔是寺內最高大、美麗的建築，通高34.7米。塔全部用漢白玉石砌成，分上下兩部分，下為金剛寶座，正面正中開券洞，循石階而上，出口處置一方亭，左右各有一圓形喇嘛塔，後為五座十三層密簷方塔。整座寶塔滿布藏傳佛教風格的浮雕，屬清代石雕珍品。
北京香山碧雲寺
1925年4月2日，孫中山靈柩舉殯移往碧雲寺。北京城各機關、團體、學校、鋪戶、住戶均掛半旗致哀。上午8時起，北京西長安街至中央公園門口、天安門一帶，由治喪處分段分片地插上了白旗，作為各機關、團體、學校送殯人員集合的標誌。政府派出的陸、海軍護靈儀仗隊、北平警察保安隊，先後按次序排列整齊，北京大學學生組成的花圈隊則在公園南門「公理戰勝」牌坊集合，人各手持花圈一個，等候起靈。上午11時鳴禮炮三十三響，送殯的隊伍從中央公園出發。殯列行進時，孫中山遺孀宋慶齡全身黑紗，在靈車後邊乘坐第一輛雙馬駕轅的黑車，車頂上扎著黑彩球。天空中三架戰機盤旋護航。靈柩放置在一輛炮車上，四匹烏騅馬牽引著靈車在隆隆炮鳴中緩緩前進。國民黨士兵槍口朝下倒背槍枝，分列兩旁護送，其後跟隨的是孫中山生前侍衛、親隨、好友、政府官員和各國駐華使節。靈車經西長安街、西單，出西直門，然後經海澱、玉泉山到西山。北京30萬市民步行送靈至西直門，更有2萬餘人徑直送靈香山（這些人大多為學生和國民黨官兵）。一路之上，學生們高呼「孫中山先生主義萬歲」、「打倒軍閥」、「促成國民會議」等口號，場面悲壯。這一天碧雲寺各院都搭起了牌樓，上面掛滿了輓聯。
1925年4月孫中山靈柩移入碧雲寺金剛寶座塔石券門內安放
碧雲寺孫中山衣冠冢
歸葬南京紫金山
南京紫金山中山陵於1926年1月15日破土動工，耗資400萬元，歷時三年，於1929年春天落成。為了順利完成移靈奉安大典，國民政府於1929年1月14日，以《中華民國國民政府令》，公布了《總理奉安委員會章程》，為總理靈櫬奉移南京做準備。根據此章程，奉安委員會是「國民政府為安葬總理大典特設」的「主持一切奉安事宜」的臨時委員會。該會由國民政府委員、各部部長、文官長、參軍長、葬事籌備委員會常務委員及南京特別市市長，為奉安委員會委員，並設主席委員一人。委員會於國民政府內設立辦公處，由主席委員指揮；辦公處設總幹事一名，承主席委員之命，處理關於辦公處各組之聯絡接洽事宜。辦公處又分為八個小組：總務組、財務組、文書組、布置組、警衛組、典禮組、招待組、交通組。各組除設主任之外，設副主任一人，幹事若干人，同時，辦公處所有人員，都沒有薪金及車馬費用。另外《章程》還規定，委員會每周至少召開會議二次。
除奉安委員會以外，國民政府還組織了由胡漢民、汪精衛、蔣中正、張人傑、譚延闓、程潛、李煜瀛、蔡元培、許崇智、于右任、林森、謝持、鄧澤如、伍朝樞、宋子文、孔祥熙、林煥庭、葉楚傖、楊銓等組成的總理葬事籌備委員會。
奉安委員會積極運作，就奉安迎櫬諸事宜，進行了周到細緻的安排。制定了《參加奉安大典人員及代表名額之規定》、《迎櫬奉安日市民應注意事項》、《參加迎櫬公祭奉安者應注意事項》、《迎櫬秩序》（由浦口至中央黨部）、《公祭秩序（在中央黨部）》、《奉安秩序（由中央黨部至陵墓）》、《總理奉安禮節》、《參加奉安大典代表執行總綱》等一系列規定。
為了迎奉孫中山靈櫬南下，1928年11月8日，召開了國民黨中央常務委員會第181次會議，決定派國民黨中央常務委員林森、鄭洪年、國民黨中央黨部代表吳鐵城負責孫中山靈櫬由北平迎往南京安葬的工作。1928年12月20日，迎櫬專員林森、鄭洪年、吳鐵城、秘書孫璞、書記林履明、李幫棟及副官3人乘津浦路特快列車馳赴北平，籌備迎櫬工作。緊隨其後的是將從美國定製的銅棺（長六尺、高二尺六寸、前寬二尺六寸、後寬二尺四寸、厚約1釐米，上面是水晶玻璃罩，最上為紫銅棺蓋）由南京運往北平。1929年5月2日將碧雲寺普明妙覺殿佛像清空。5月18日宋慶齡赴碧雲寺瞻仰總理儀容，兒子孫科、兒媳陳淑英、女兒孫婉、女婿戴恩賽同車前往。5月18日7點20分，宋慶齡夫人在孫科夫人陳淑英的攙扶下，登上碧雲寺最高處的金剛寶座塔，在孫中山靈前敬獻花圈，行三鞠躬禮。她流著淚，用手指了指靈柩示意要瞻仰遺容，衛士們馬上會意，便拿開覆棺的國旗，扶她登上石臺。此時宋慶齡再也抑制不住悲痛的感情，撫棺痛哭，大聲喊道：「總理！今天我來到您的身邊，您卻往哪裡去了！您聽得見我在喊您嗎？」眾人見狀也紛紛落淚。
宋慶齡從莫斯科回國參加奉安大典
1929年5月20日下午2時，孫科邀請協和醫院外科主任史蒂芬到碧雲寺為總理遺體手術。先揩淨遺體，再用白繃布周身包裹，最後殮入楠木棺內。5月22日，在碧雲寺舉行了遺體改殮儀式。5月22日晨7時，護靈處主任馬湘指揮護靈衛士（馬湘及護靈衛士均隨侍孫中山多年，在廣州陳炯明叛亂中護衛孫中山脫險，1925年隨孫中山北上，直至其逝世後，一直駐守碧雲寺護靈）將靈櫬從金剛寶座塔移入普明妙覺殿。8時許，宋慶齡、孫科、史蒂芬醫生齊集普明妙覺殿，史蒂芬帶領助手郭榮動及護士一人將總理遺體遍灑貴重的防腐藥物，頭髮上施以特製發膏，用象牙梳理整齊，遺容上擦上特製的橄欖油；然後，宋慶齡、孫科、陳淑英、戴恩賽、林森鄭洪年、馬湘等人將遺體從楠木棺中抬起，更換殮服（從北平瑞蚨祥綢緞莊定製）。當時《申報》載遺體完好，「面目如生前靜睡一般」。上午11時重殮完畢，封棺，奉置普明妙覺殿，將該殿設為總理靈堂。5月23日—5月25日在碧雲寺舉行了公祭，5月23日接待黨政軍代表、各國公使公祭，5月24日接待社會各界、各社會團體公祭，5月25日接待總理家屬公祭。5月25日當晚，宋慶齡等總理家屬、迎櫬專員均宿於碧雲寺。
孫中山奉移時的銅棺
5月26日零時，由南京國民政府葬事籌備委員會迎櫬專員主持，在碧雲寺舉行了隆重的奉移典禮。奉移路線是：由碧雲寺經玉泉山、青龍橋、萬壽山、海澱大街進入西直門，經新街口、西長安街、天安門、中華門，出正陽門，至前門東火車站。為求遺體安全移動起見，採用槓夫扛移，抬靈槓夫均僱自西長安街日升槓房，事先已經過一段時間的訓練，行動平穩，技術純熟。凌晨2：30分，靈櫬出碧雲寺山門，《奉安實錄》記載：「時正夜中，皓月當空，纖塵不起，而微風拂柳，有若惜別，萬籟無聲，尤見肅靜。」凌晨5：00靈櫬至玉泉山，5：40分至蜈蚣橋，12：00到達西直門，14：00到達前門東火車站。17：00迎櫬的靈車離開北京開往南京，起靈當日北平30萬人銜哀恭送孫中山先生。
1929年5月28日上午，停放在北京碧雲寺的孫中山先生遺體由專列運來南京。孫中山靈櫬抵達南京後，停靈於中央黨部禮堂。從5月28日起由中央委員、各特任官輪流在中央黨部守靈，3人為一班，每班4小時。第一班由蔣介石、譚延闓、胡漢民守靈。共22班，直至6月1日奉安日為止。
奉移的火車專列
奉移靈車內部布置
士士兵向靈櫬敬禮
浦口碼頭迎櫬軍艦
國民黨官員在浦口火車站迎櫬
蔣介石等國民黨要員在浦口迎櫬
南京中山碼頭迎櫬場景
國民黨中央黨部迎櫬裝飾
迎櫬汽車進國民黨中央黨部
社會各界公祭場景
6月1日是奉安日。凌晨2時，奉安委員會特備的汽車已停在中央黨部二門前院內。奉安總指揮朱培德、總幹事孔祥熙以及各組正副主任都已到場，指揮各幹事分別作好準備。從凌晨2時起，沿中山路兩旁已擠滿送殯的群眾。3時20分，宋慶齡、孫科夫婦及子女、蔣介石夫婦、宋子文夫婦、宋靄齡、楊道儀（朱執信夫人）、唐紹儀、陳少白、張繼、葉恭綽、頭山滿、犬養毅、梅屋莊吉、宮崎龍介以及全體中央委員、國府委員、葬事籌備委員、迎櫬專員、各國專使代表等陸續到達中央黨部。移靈原定於上午5時，因恐不能按時到達陵墓，臨時由奉安委員會決定改於上午4時起靈。這時，孫中山家屬親故、中央委員、國府委員、各特任官、葬事籌備委員、迎櫬專員等都進入靈堂，依次排列，各國專使則退至前院，肅立恭候移靈。典禮由胡漢民主祭，然後，由孫中山家屬、親故及中央委員、國府委員、奉安委員、迎櫬專員、葬事籌備委員等恭候靈櫬，總幹事孔祥熙執旗前導。4時15分，獅子山炮臺開始鳴禮炮101響，靈櫬移出大門，由槓夫抬上汽車。汽車的四周遍扎白彩球，上覆黨旗、國旗。靈櫬扶上汽車後，孫中山家屬、親故及各委員、各國專使等即加入第七行列，宋慶齡、陳淑英、孫琬、何香凝、宋美齡、宋靄齡等家屬和女眷在特製黑色布幔內步行出中央黨部，分乘馬車隨靈護送，其餘男賓則分左右兩列分別執紼步送。4時25分，號兵吹起啟行號，靈車啟動。200餘名軍校學生任護靈團，全副武裝，分列兩側，隨行護衛。鐵甲車及騎兵連在前面開道，由一名騎兵長官騎黑馬，手執開道旗。送殯各機關團體共分十行列，在事先指定的地點依次加入，隊伍長達五六裡，朱培德任總指揮，姚琮、谷正倫、張治中分任各有關行列指揮。
迎櫬大道沿途搭起松柏牌樓、青白布牌樓及救護棚等51座，沿途瞻仰送殯的群眾達50萬人，航空署並派飛機5架迴翔空中致敬。上午8時，各行列先後到達紫金山麓，由糾察員引導至指定地點肅立恭候。奉安籌備人員也將靈輿安置於石級前廣場上守候。靈輿為亭子式，用藍綢裹扎，四周懸白綢彩球。槓夫108人分別肅立在靈輿兩側等候。9時零5分，遺像亭到達廣場，亭前有「肅立」、「致敬」旗兩面，全體參加人員即疆帽肅立致敬。不久，各國專使、外賓也列隊到達，登上第一層石級平臺恭候。9時20分靈車緩緩開到廣場，停在靈輿前。家屬下車，進黑色布幔中肅立於靈櫬之側。中央蜀員、國府委員等送櫬人員由總指揮朱培德、總幹事孔祥熙指揮，各按規定地點肅立。9時30分，由孔祥熙、吳鐵城、鄭洪年等率領槓夫10人將靈櫬從靈車上降下，移上弼輿。9時45分起槓，步石級而上。國民政府樂隊40名樂師奏哀樂前導，宋慶齡率領眾親屬等女眷在布幔內步行送殯，執紼人員在兩側恭扶前進。10時零8分，靈輿抵達祭鯔前平臺，槓夫換用小槓，宣贊員宣贊，執紼人員恭扶靈櫬入靈堂，停於中央，肅靜片刻後，由宣贊員宣贊，舉行奉安典禮。奏哀樂後，全體行三鞠躬禮，然後獻花圈，讀誄文，蔣介石主祭，譚延闓、胡漢民、王寵惠、戴季陶、蔡元培陪祭。典禮完畢後，孔祥熙率領槓夫將靈櫬移入墓室，孫中山親屬、中央代表蔣介石、故舊代表犬養毅、各國專使代表歐登科隨同進入墓室，率領槓夫將孫中山靈櫬奉安於壙內。這時，獅子山炮臺響起101響禮炮，全國民眾停止工作，默哀3分鐘，12時正，奉安完畢。在祭堂內參加大典的人員依次進墓門瞻仰。然後回到祭堂，全體集合，再行鞠躬禮，奏哀樂。最後，由夫人宋慶齡率領孫科夫婦、戴恩賽夫婦等將墓門關閉，備極隆重的奉安大典告成。