深圳港擁有港口主要有蛇口碼頭、福永碼頭、鹽田碼頭、赤灣碼頭、媽灣碼頭、內河碼、東角頭碼頭、下桐沙漁湧碼頭、大鏟灣碼頭。其中只有蛇口碼頭和福永碼頭有提供客運，其他均為貨運碼頭。
1.蛇口港
蛇口港是中國最大的轉運中心之一，位於廣東省深圳市蛇口半島南端，是華南地區重要的集散中心和中轉口岸。
蛇口港位於珠江口東岸廣東省深圳經濟特區蛇口半島南端，踞南中國海進入華南地區之咽喉要道，四通八達。
蛇口港可同時靠泊10艘萬噸級以上船舶，最大靠泊10萬噸級散貨船，錨地可靠泊12.5萬噸級散貨船，是華南地區重要的糧食、建材集散中心和內貿貨櫃中轉口岸，並擁有深圳地區最大的客運碼頭。
因蛇口港地理位置的原因，和現代機械的引入，導致大量的物品和產品都從蛇口港配發。
2.深圳機場碼頭
深圳機場碼頭（舊稱：福永碼頭/深圳機場福永碼頭），位於深圳寶安國際機場西南位置，距機場T3航站樓僅2公裡（車程約10分鐘）。
深圳機場碼頭隸屬於深圳機場，是國家一類口岸，是深圳機場「空海聯運」、輻射珠江口西岸的重要配套設施。主要經營高速客運、遊艇會、貨運等三大業務；其中高速客運業務已開通往返廣州、中山、珠海、澳門、香港機場等地的航線，極大提升了深圳市民以及大灣區居民的出行體驗。