今天是生信星球陪你的第573天
大神一句話,菜鳥跑半年。我不是大神,但我可以縮短你走彎路的半年~
就像歌兒唱的那樣,如果你不知道該往哪兒走,就留在這學點生信好不好~
這裡有豆豆和花花的學習歷程,從新手到進階,生信路上有你有我!
背景基礎箱線圖的解釋:
添加p值的需求
library(ggpubr)my_comparisons <- list( c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2") )
ggboxplot(ToothGrowth, x = "dose", y = "len",
color = "dose", palette = "jco")+
stat_compare_means(comparisons = my_comparisons)+
stat_compare_means(label.y = 50)
如題,有的箱線圖不止一個分組,下面的例子中,橫坐標按照cyl列映射,填充顏色按照am列映射,即可得到展示雙分類的箱線圖。
作圖數據library(ggplot2)
library(dplyr)
x = mtcars %>%
mutate_at(vars(am, cyl), as.factor)
p <- ggplot(x,aes(am, disp, fill=cyl))+
geom_boxplot()+theme_classic()
p1 = p + stat_compare_means(aes(group = am),label = "p.format")
p2 = p + stat_compare_means(aes(group = cyl), label = "p.format")
library(patchwork)
p1+p2
p <- ggplot(x,aes(cyl, disp, fill=cyl))+
facet_wrap(~am)+
geom_boxplot()+theme_classic()+
stat_compare_means(comparisons = list(c("4","6"),c("6","8")));p
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