第一章 初始條款和一般定義
本章主要闡明RCEP締約方的目標是共同建立一個現代、全面、高質量以及互惠共贏的經濟夥伴關係合作框架，以促進區域貿易和投資增長，並為全球經濟發展作出貢獻。該章節還對協定中的通用術語進行定義。
第二章 貨物貿易
本章旨在推動實現區域內高水平的貿易自由化，並對與貨物貿易相關的承諾作出規定。規定包括：承諾根據《關稅與貿易總協定》第三條給予其他締約方的貨物國民待遇；通過逐步實施關稅自由化給予優惠的市場準入；特定貨物的臨時免稅入境；取消農業出口補貼；以及全面取消數量限制、進口許可程序管理，以及與進出口相關的費用和手續等非關稅措施方面的約束。
第三章 原產地規則
本章確定了RCEP項下有資格享受優惠關稅待遇的原產貨物的認定規則。在確保適用實質性改變原則的同時，突出了技術可行性、貿易便利性和商業友好性，以使企業、尤其是中小企業易於理解和使用RCEP協定。在本章節第一節中，第二條（原產貨物）和第三條（完全獲得或者完全生產的貨物）以及附件一《產品特定原產地規則》（PSR）列明了授予貨物「原產地位」的標準。協定還允許在確定貨物是否適用RCEP關稅優惠時，將來自RCEP任何締約方的價值成分都考慮在內，實行原產成分累積規則。在第二節中，規定了相關操作認證程序，包括申請RCEP原產地證明、申請優惠關稅待遇以及核實貨物「原產地位」的詳細程序。本章節有兩個附件：（1）產品特定原產地規則，涵蓋約5,205條6位稅目產品；（2）最低信息要求，列明了原產地證書或原產地聲明所要求的信息。
第四章 海關程序與貿易便利化
本章通過確保海關法律和法規具有可預測性、一致性和透明性的條款，以及促進海關程序的有效管理和貨物快速通關的條款，目標創造一個促進區域供應鏈的環境。本章包含高於WTO《貿易便利化協定》水平的增強條款，包括：對稅則歸類、原產地以及海關估價的預裁定；為符合特定條件的經營者（授權經營者）提供與進出口、過境手續和程序有關的便利措施；用於海關監管和通關後審核的風險管理方法等。
第五章衛生與植物衛生措施
本章制定了為保護人類、動物或植物的生命或健康而制定、採取和實施衛生與植物衛生措施的基本框架，同時確保上述措施儘可能不對貿易造成限制，以及在相似條件下締約方實施的衛生與植物衛生措施不存在不合理的歧視。雖然締約方已在WTO《衛生與植物衛生措施協定》中聲明了其權利和義務，但是協定加強了在病蟲害非疫區和低度流行區、風險分析、審核、認證、進口檢查、以及緊急措施等執行的條款。
第六章 標準、技術法規和合格評定程序
本章加強了締約方對WTO《技術性貿易壁壘協定》的履行，並認可締約方就標準、技術法規和合格評定程序達成的諒解。同時，推動締約方在承認標準、技術法規和合格評定程序中減少不必要的技術性貿易壁壘，確保標準、技術法規以及合格評定程序符合WTO《技術性貿易壁壘協定》規定等方面的信息交流與合作。
第七章貿易救濟
本章包括「保障措施」和「反傾銷和反補貼稅」兩部分內容。關於保障措施，協定重申締約方在WTO《保障措施協定》下的權利義務，並設立過渡性保障措施制度，對各方因履行協議降稅而遭受損害的情況提供救濟。關於反傾銷和反補貼稅，協定重申締約方在WTO相關協定中的權利和義務，並制訂了「與反傾銷和反補貼調查相關的做法」附件，規範了書面信息、磋商機會、裁定公告和說明等實踐做法，促進提升貿易救濟調查的透明度和正當程序。
第八章 服務貿易
本章消減了各成員影響跨境服務貿易的限制性、歧視性措施，為締約方間進一步擴大服務貿易創造了條件。包括市場準入承諾表、國民待遇、最惠國待遇、當地存在、國內法規等規則。部分締約方採用負面清單方式進行市場準入承諾，要求現在採用正面清單的締約方在協定生效後6年內轉化為負面清單模式對其服務承諾做出安排。
第八章附件一：金融服務附件
金融服務附件就金融服務制定了具體規則，同時為防範金融系統不穩定性提供了充分的政策和監管空間。除了第八章（服務貿易）規定的義務外，本附件還包括一個穩健的審慎例外條款，以確保金融監管機構保留制定支持金融體系完整性和穩定性措施的能力。本附件還包括金融監管透明度義務，締約方承諾不得阻止開展業務所必需的信息轉移或信息處理，以及提供新的金融服務。本附件還規定締約方可通過磋商等方式討論解決國際收支危機或可能升級為國際收支危機的情況。
第八章附件二：電信服務附件
本附件制定了一套與電信服務貿易相關的規則框架。在所有現有的「東協『10+1』自由貿易協定」電信服務附件基礎上，附件還包括了監管方法、國際海底電纜系統、網絡元素非捆綁、電桿、管線和管網的接入、國際移動漫遊、技術選擇的靈活性等條款。
第八章附件三：專業服務附件
本附件為締約方提供途徑，以便利本區域內專業服務的提供。包括：加強有關承認專業資格機構之間的對話，鼓勵RCEP締約方或相關機構就共同關心的專業服務部門的專業資質、許可或註冊進行磋商。此外，還鼓勵締約方或相關機構在教育、考試、經驗、行為和道德規範、專業發展及再認證、執業範圍、消費者保護等領域制定互相接受的專業標準和準則。
第九章自然人移動
本章列明了締約方為促進從事貨物貿易、提供服務或進行投資的自然人臨時入境和臨時停留所做的承諾，制定了締約方批准此類臨時入境和臨時停留許可的規則，提高人員流動政策透明度。所附承諾表列明了涵蓋商務訪問者、公司內部流動人員等類別的承諾以及承諾所要求的條件和限制。
第十章 投資
本章涵蓋了投資保護、自由化、促進和便利化四個方面，是對原「東協『10+1』自由貿易協定」投資規則的整合和升級，包括承諾最惠國待遇、禁止業績要求、採用負面清單模式做出非服務業領域市場準入承諾並適用棘輪機制（即未來自由化水平不可倒退）。投資便利化部分還包括爭端預防和外商投訴的協調解決。本章附有各方投資及不符措施承諾表。
第十一章 智慧財產權
本章為本區域智慧財產權的保護和促進提供了平衡、包容的方案。內容涵蓋著作權、商標、地理標誌、專利、外觀設計、遺傳資源、傳統知識和民間文藝、反不正當競爭、智慧財產權執法、合作、透明度、技術援助等廣泛領域，其整體保護水平較《與貿易有關的智慧財產權協定》有所加強。
第十二章 電子商務
本章旨在促進締約方之間電子商務的使用與合作，列出了鼓勵締約方通過電子方式改善貿易管理與程序的條款；要求締約方為電子商務創造有利環境，保護電子商務用戶的個人信息，為在線消費者提供保護，並針對非應邀商業電子信息加強監管和合作；對計算機設施位置、通過電子方式跨境傳輸信息提出相關措施方向，並設立了監管政策空間。締約方還同意根據WTO部長級會議的決定，維持當前不對電子商務徵收關稅的做法。
第十三章 競爭
本章為締約方制定了在競爭政策和法律方面進行合作的框架，以提高經濟效率、增進消費者福利。規定締約方有義務建立或維持法律或機構，以禁止限制競爭的活動，同時承認締約方擁有制定和執行本國競爭法的主權權利，並允許基於公共政策或公共利益的排除或豁免。本章還涉及消費者權益保護，締約方有義務採取或維持國內法律和法規，以制止誤導行為、或在貿易中作虛假或誤導性描述；促進對消費者救濟機制的理解和使用；就有關保障消費者的共同利益進行合作。
第十四章中小企業
締約方同意在協定上提供中小企業會談平臺，以開展旨在提高中小企業利用協定、並在該協定所創造的機會中受益的經濟合作項目和活動，將中小企業納入區域供應鏈的主流之中。協定強調充分共享RCEP中涉及到中小企業的信息包括協定內容、與中小企業相關的貿易和投資領域的法律法規，以及其他與中小企業參與協定並受從中受益的其他商務相關信息。
第十五章 經濟與技術合作
本章為實現RCEP各國的共同發展提供了框架，為各方從協定的實施和利用中充分受益、縮小締約方發展差距方面作出貢獻。根據本章，締約方將實施技術援助和能力建設項目，促進包容、有效與高效的實施和利用協定所有領域，包括貨物貿易、服務貿易、投資、智慧財產權、競爭、中小企業和電子商務等。同時將優先考慮最不發達國家的需求。
第十六章 政府採購
協定認識到政府採購在推進區域經濟一體化以促進經濟發展中的作用，將著力提高法律、法規和程序的透明度，促進締約方在政府採購方面的合作。本章包含審議條款，旨在未來對本章節進行完善，以促進政府採購。
第十七章 一般條款與例外
本章規定了適用於整個RCEP協定的總則，包括締約方法律、法規、程序和普遍適用的行政裁定的透明度、就每一締約方行政程序建立適當的審查與上訴機制、保護保密信息、協定的地理適用範圍等。同時，本章將GATT1994第二十條和GATS第十四條所列一般例外作必要修改後納入本協定。締約方可以採取其認為保護其基本安全利益所必需的行動或措施。本章還允許締約方在面臨嚴重的收支平衡失衡，外部財政困難或受到威脅的情況下採取某些措施。
第十八章 機構條款
本章節規定了RCEP的機構安排，以及部長會議、聯合委員會和其他委員會或分委員會的結構。聯合委員會將監督和指導協定的實施，包括根據協定監督和協調新設或未來設立的附屬機構的工作。
第十九章 爭端解決
本章旨在為解決協定項下產生的爭端提供有效、高效和透明的程序。在爭端解決有關場所的選擇、爭端雙方的磋商、關於斡旋、調解或調停、設立專家組、第三方權利等方面作了明確規定。本章節還詳細規定了專家組職能、專家組程序、專家組最終報告的執行、執行審查程序、賠償以及中止減讓或其他義務等。
第二十章 最終條款
本章節主要包括關於附件、附錄和腳註的處理；協定與其他國際協定之間的關係；一般性審查機制；協定的生效、保管、修訂、加入及退出條款等。指定東協秘書長作為協定的保管方，負責向所有締約方接收和分發文件，包括所有通知、加入請求、批准書、接受書或核准書。條約的生效條款規定，協定至少需要6個東協成員國和3個東協自由貿易協定夥伴交存批准書、接受書或核准書後正式生效。