去測序接頭trimmomatic的使用

2021-03-02 Mitty C

由於實驗室暫時沒有轉錄本的測序文件，因此是從網上找的一批測序文件和參考基因組文件

1.利用conda安裝trimmomatic軟體

2.查看fastqc報告，看測序文件是哪種接頭

這裡的接頭是Truseq Adapter

3.設置合理的去接頭參數

trimmomatic PE -threads 4 \  #線程數
01raw_data/sample2_R1.fastq.gz  01raw_data/sample2_R2.fastq.gz \    #指定要處理的文件位置
02clean_data/sample2_paired_clean_R1.fastqc.gz \    #指定文件配對與不配對鹼基的輸出文件位置
02clean_data/sample2_unpair_clean_R1.fastqc.gz \
02clean_data/sample2_paired_clean_R2.fastqc.gz \
02clean_data/sample2_unpair_clean_R2.fastqc.gz \
ILLUMINACLIP:/home/chengwb/anaconda3/share/trimmomatic-0.39-1/adapters/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10:1:ture \   #設置接頭的種類、數目、閥值
LEADING:3 TRAILING:3 \
SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:50 TOPHRED33 #設置滑窗，輸出文件設置成TOPHRED33格式

2.運行trimmomatic

得到上圖文件，輸出的paired文件即是去掉接頭後的測序文件，至此，文件的預處理已結束。

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