按照《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》（以下簡稱條例）和《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》（以下簡稱細則）的規定，現對土地增值稅一些具體問題規定如下：
一、關於以房地產進行投資、聯營的徵免稅問題
對於以房地產進行投資、聯營的，投資、聯營的一方以土地（房地產）作價入股進行投資或作為聯營條件，將房地產轉讓到所投資、聯營的企業中時，暫免徵收土地增值稅。對投資、聯營企業將上述房地產再轉讓的，應徵收土地增值稅。
二、關於合作建房的徵免稅問題
對於一方出地，一方出資金，雙方合作建房，建成後按比例分房自用的，暫免徵收土地增值稅；建成後轉讓的，應徵收土地增值稅。
三、關於企業兼併轉讓房地產的徵免稅問題
在企業兼併中，對被兼併企業將房地產轉讓到兼併企業中的，暫免徵收土地增值稅。
四、關於細則中贈與所包括的範圍問題
細則所稱的贈與是指如下情況：
（一）房產所有人，土地使用權所有人將房屋產權，土地使用權贈與直系親屬或承擔直接贍養義務人的。
（二）房產所有人，土地使用權所有人通過中國境內非營利的社會團體，國家機關將房屋產權，土地使用權贈與教育，民政和其他社會福利，公益事業的。
上述社會團體是指中國青少年發展基金會，希望工程基金會，宋慶齡基金會，減災委員會，中國紅十字會，中國殘疾人聯合會，全國老年基金會，老區促進會以及經民政部門批准成立的其他非營利的公益性組織。
五、關於個人互換住房的徵免稅問題
對個人之間互換自有居住用房地產的，經當地稅務機關核實，可以免徵土地增值稅。
六、關於地方政府要求房地產開發企業代收的費用如何計徵土地增值稅的問題
對於縣級及縣級以上人民政府要求房地產開發企業在售房時代收的各項費用，如果代收費用是計入房價中向購買方一併收取的，可作為轉讓房地產所取得的收入計稅；如果代收費用未計入房價中，而是在房價之外單獨收取的，可以不作為轉讓房地產的收入。
對於代收費用作為轉讓收入計稅的，在計算扣除項目金額時，可予以扣除，但不允許作為加計20%扣除的基數；對於代收費用未作為轉讓房地產的收入計稅的，在計算增值額時不允許扣除代收費用。
七、關於新建房與舊房的界定問題
新建房是指建成後未使用的房產。凡是已使用一定時間或達到一定磨損程度的房產均屬舊房。使用時間和磨損程度標準可由各省，自治區，直轄市財政廳（局）和地方稅務局具體規定。
八、關於扣除項目金額中的利息支出如何計算問題
（一）利息的上浮幅度按國家的有關規定執行，超過上浮幅度的部分不允許扣除；
（二）對於超過貸款期限的利息部分和加罰的利息不允許扣除。
九、關於計算增值額時扣除已繳納印花稅的問題
細則中規定允許扣除的印花稅，是指在轉讓房地產時繳納的印花稅。房地產開發企業按照<施工，房地產開發企業財務制度>的有關規定，其繳納的印花稅列入管理費用，已相應予以扣除。其他的土地增值稅納稅義務人在計算土地增值稅時允許扣除在轉讓時繳納的印花稅。
十、關於轉讓舊房如何確定扣除項目金額的問題
轉讓舊房的，應按房屋及建築物的評估價格，取得土地使用權所支付的地價款和按國家統一規定交納的有關費用以及在轉讓環節繳納的稅金作為扣除項目金額計徵土地增值稅。對取得土地使用權時未支付地價款或不能提供已支付的地價款憑據的，不允許扣除取得土地使用權所支付的金額。
十一、關於已繳納的契稅可否在計稅時扣除的問題
對於個人購入房地產再轉讓的，其在購入時已繳納的契稅，在舊房及建築物的評估價中已包括了此項因素，在計徵土地增值稅時，不另作為與轉讓房地產有關的稅金予以扣除。
十二、關於評估費用可否在計算增值額時扣除的問題
納稅人轉讓舊房及建築物時因計算納稅的需要而對房地產進行評估，其支付的評估費用允許在計算增值額時予以扣除。對條例第九條規定的納稅人隱瞞，虛報房地產成交價格等情形而按房地產評估價格計算徵收土地增值稅所發生的評估費用，不允許在計算土地增值稅時予以扣除。
十三、關於既建普通標準住宅又搞其他類型房地產開發的如何計稅的問題
對納稅人既建普通標準住宅又搞其他房地產開發的，應分別核算增值額。不分別核算增值額或不能準確核算增值額的，其建造的普通標準住宅不能適用條例第八條（一）項的免稅規定。
十四、關於預售房地產所取得的收入是否申報納稅的問題
根據細則的規定，對納稅人在項目全部竣工結算前轉讓房地產取得的收入可以預徵土地增值稅。具體辦法由各省，自治區，直轄市地方稅務局根據當地情況制定。因此，對納稅人預售房地產所取得的收入，當地稅務機關規定預徵土地增值稅的，納稅人應當到主管稅務機關辦理納稅申報，並按規定比例預交，待辦理決算後，多退少補；當地稅務機關規定不預徵土地增值稅的，也應在取得收入時先到稅務機關登記或備案。
十五、關於分期收款的外幣收入如何折合人民幣的問題
對於取得的收入為外國貨幣的，依照細則規定，以取得收入當天或當月1日國家公布的市場匯價折合人民幣，據以計算土地增值稅稅額。對於以分期收款形式取得的外幣收入，也應按實際收款日或收款當月1日國家公布的市場匯價折合人民幣。
十六、關於納稅期限的問題
根據條例第十條，第十二條和細則第十五條的規定，稅務機關核定的納稅期限，應在納稅人籤訂房地產轉讓合同之後，辦理房地產權屬轉讓（即過戶及登記）手續之前。
十七、關於財政部，國家稅務總局<關於對1994年1月1日前籤訂開發及轉讓合同的房地產徵免土地增值稅的通知>（財法字[1995]7號）適用範圍的問題。
該通知規定的適用範圍，限於房地產開發企業轉讓新建房地產的行為，非房地產開發企業或房地產開發企業轉讓存量房地產的，不適用此規定。