LC-MS可以通過採集質譜得到總離子色譜圖。由於電噴霧是一種軟電離源,通常很少或沒有碎片,譜圖中只有準分子離子，因而只能提供未知化合物的分子量信息，不能提供結構信息。很難用來做定性分析，可以用來定量分析。但單級MS如果不用軟電離源，而是EI之類的話，就有碎片峰，可以提供分子結構信息。
LC-MS/MS採用串聯質譜，既能得到分子離子峰，又有碎片離子峰，因而可以用來進行定性和定量分析。
一個基本相似之處是：他們的應用領域都適用於液相適用的領域。
質譜的突出特點是：它本身是有質量信息的，是可以靠這個質量信息定性或提供定性的一些依據的（還需要其它的一些定性儀器）。其次，質譜本身也有一個分離作用，就是按照質量的分離，如果液相分離了一次，那LC－MS就分離了兩次，而LC-MS/MS就分離了三次，LC-MS3就分離了四次....（3級以上是離子阱質譜的特點）。
LC-MS和LC-MS/MS（或MSn）的區別是：
如果你關心的結果是你樣品中的主成分，而且是你已經知道的目標物，比如質控、有機合成後看一下純品、部分的農藥全分析工作、藥物合成中前導化合物的指導（合成一鍋就打一針看看合成得對不對）等等，都可以用LC-MS。因為它很便宜，操作也很簡單。即時有些東西液相沒分開，但只要你關心的是主成分，影響都不大。通過調整一下液相條件，或做完掃描圖直接看提取離子圖，或做SIM都可以。這些領域用LC-MS/MS是大材小用，花這麼多錢是浪費。
而如果你關心的結果是：
（1）未知的東西，打一針LC-MS無法定性，需要更多的碎片信息；
（2）是混合物中的痕量成分。
那你必須用LC-MS/MS：LC-MS/MS可以給出需要更多的碎片信息，幫助你來定性；LC-MS/MS可以降低背景噪音，讓痕量組分的譜圖不受豐量物質的幹擾；LC-MS/MS可以降低很多背景噪音，使你的化合物的靈敏度大幅提高，定量結果變好。
Q1：本人現在用三重四級杆LC-MS/MS定量分析目標物，但是沒有標準品。內標法該具體怎麼操作呢？
Q2：資料說先配製一定重量比的待測組分和內標樣品的混合物做色譜分析，測量峰面積，做重量比和面積比的關係曲線，此曲線即為標準曲線，如果這樣的話，沒有標準品怎麼辦？
方法一：
（1）內標法進行定量分析，同樣需要待測物標準品。如果沒有待測物標準品就不能準確測量其含量，因為無法繪製標準曲線。
（2）沒有待測物標準品不能準確測量其含量，但可以通過加入內標的方法測量待測物的相對含量，可以比較待測物在各樣品中的多少及相差倍數。
（3）用LC-MS-MS做定量一般都採用MRM的掃描方式，你沒有待測物標準品，就無法建立和優化MRM掃描的質譜參數，這樣你只能使用FULL SCAN或SIM的掃描方法。沒有待測物標準品，你也無法準確得到待測物在LC上的保留時間，如果你的樣品中有與待測物相似質量數的化合物，你得到的色譜峰就不會很純淨，會對你判定哪個是你的待測化合物產生幹擾。
方法二：
沒有標準品，就只用面積相對定量。然後選用LC-MS/MS的SIM模式（樣品雜質比較少，選擇同位素豐度為100%的分子量，上下增減0.2）。考察因素導致的量的改變比較微量，選擇一種物質為回收率指示物（反應液前處理前加入），一種物質為內標物（前處理後、液相小瓶中進樣測試前，在待測樣品中加入定量的內標物，然後進行測試）。
Q1：LC-MS如何進行定量分析？
Q2：請問液質聯用中質譜跑出來用於定性的圖譜是什麼樣的，既然是用質譜來進行定量的話，那色譜本身配置的紫外檢測器跑出來的圖譜用於何用？
Q3：液質聯用有SIM和全掃描的，那麼一般在藥物代謝動力學試驗中一般用哪一種呢？尤其是在對體內藥物分析時，內標法用於定量的質譜圖是什麼樣的？
質譜定量分析，使用的一般是LC-MS/MS,不使用LC-MS, 看一下質荷比，推測下分子量。UV可以用來定量，但是在有紫外吸收的幹擾峰的時候，定量是不準的。LC-MS/MS使用母離子/子離子來進行定量，相對來說，幹擾要少的多，也比較準確，在PK/TK的應用很廣泛。這裡只有LC-MS/MS定量的譜圖，僅供參考！
183.1/141.3 通道的是內標，其他的兩個是化合物。
質譜定量中已經被廣泛接受的方式是MS/MS定量。這種定量常通過三級四極杆或離子阱質譜實現。要求使用MS/MS的原因是：許多化合物有同樣的質量。當使用第①個維度即單級質譜MS去定量時，也會缺乏特異性，尤其是對於像血液那樣的複雜的基質。第二個維度的MS（即MS/MS）在大多數情況下，能夠提供唯①的斷裂。合併特異的母離子質量和唯①的碎片離子信息，可以選擇性地監測被定量的化合物。
Q1：我想用LC-Q-TOF-MS 來做代謝組學，因為是樣品是體液含有多種化合物，想加入內標後先進行一個相對的定量來判斷含量發生變化的化合物，怎樣去定量？
Q2：用總離子流圖好像不合適，如果利用峰面積進行相對定量的話，用哪個圖比較合適？必須得用標準品才能定性嗎？
LC-MS-MS定量分析使用SIM 或MRM模式。公認的MRM更為準確。SIM使用Q選擇性的濾過選中的分子量。但是分子量相同的化合物很多，所以，如果樣品稍微複雜的話，SIM基本不合適。
MRM選擇母離子和子離子。使用Q過濾母離子，q 轟擊母離子，TOF過濾子離子，使子離子被檢測器檢測到。分子量相同，轟擊後產生的子離子不一樣的幹擾離子就被排除了。所以，MRM模式是更為可靠的LC-MS定量分析方法。MRM檢測是離子對。
內標的選擇原理是結構基本和待測化合物類似。結構相同或類似，主要是為了滿足被離子化的效率與樣品類似。這就是為什麼很多都選擇使用該化合物或此類化合物的氘代化合物。內標的選擇還要求其分子量與待測物質不重合(還需要儘量避開化合物的isotopic peak的m/z)，並且可以和待測物質分開。
如果使用MRM, 樣品被分開的話，那麼理論上來說總離子流圖上的每個峰都是代表一種物質。同時使用MRM模式，如果樣品們的分子量與子離子不重疊，那麼，即使在柱子中不被分開的化合物，也是可以認為在MS中被分開了。
文獻報導的液質中幾個峰，MRM檢測到幾十個物質就是多個物質在同一時間從色譜柱跑出來了。雖然出峰時間一樣，但是每個化合物的peak應該是軟體中可以顯示出來的，只不過報導中由於篇幅有限，會被簡略掉。
定性的話，需要標品，retention time 需要一致。
定量的話，需要先作標準曲線(峰面積比與濃度)。