《Fate/Apocrypha》由東出佑一郎執筆，近衛乙嗣作畫創作；故事講述的是特殊的聖杯戰爭，其和冬木市的聖杯戰爭不同，能成為御主（Master）的魔術師有14人，同樣從者（Servant）也有14名，被分為了紅黑兩大陣營。
《Fate/Apocrypha》原本是Fate的網遊企劃（Fate Online Project），後來因故擱置。本作可視為正作時間軸上自第三次聖杯戰爭後分支的平行時間軸。原先預定共四卷，而後增加至五卷，暫譯為《外典：聖杯大戰》《紅之祭典/黑之輪舞》《聖人的凱旋》《熾天之杯》《邪龍與聖女》。在第三次聖杯戰爭過後，御三家愛因茲貝倫、遠坂、馬奇裡處於虛弱無力的狀態，大聖杯系統因而被納粹勢力所奪取，後來又被其他的魔術師搬運至別處。冬木市的聖杯戰爭也迎來了終結。
聖杯戰爭的資訊被公布，此後在世界各地都發生了聖杯戰爭的「亞種」，召喚英靈變得稀鬆平常。然而這些亞種的聖杯戰爭召喚的英靈數量有限，且無法到達根源。冬木市的聖杯被搬運至羅馬尼亞，該地區的一支魔術師向時鐘塔宣戰，並打算成立新的魔術協會。他們利用聖杯系統召喚了七名從者，而時鐘塔利用了大聖杯的「非常時期機制」，另外召喚了另一派別的七名從者。而聖杯本身也召喚了一名特殊職階的從者——裁定者（Ruler）。而故事的主線，就圍繞在這紅黑雙方從者/御主之間的戰鬥以及和管理者的衝突而展開。主
主要角色裁定者（Ruler）為了監督這次聖杯戰爭而被大聖杯召喚出來的英靈。紅方陣營：御主獅子劫界離 時鐘塔原學生 是一位死靈法師 被時鐘塔的主任委託參加這次的聖杯戰爭從者 saber四郎·言峰 所屬於聖堂教會第八秘跡會的神父。 被委託作為御主與監督者參與這次的聖杯大戰。想要利用這場聖杯大戰，實現自身的宏願「拯救全人類」。從者 Assassin洛特維爾·貝爾津斯基 魔術協會所僱用的外部魔術師從者 Archer芬德·沃爾·森貝倫 時鐘塔的一級講師。從者 Lancer潘特爾兄弟 魔術協會所僱用的兩名外部魔術師。別名「結合的雙子…哥哥迪姆萊特 從者Berserker弟弟夏比庫 從者Rider金·拉姆 魔術協會所僱用的外部魔術師是一名女性。從者 Caster
黑方陣營 御主戈爾德·穆吉克·尤格多米雷尼亞 尤格多米雷尼亞一族的魔術師，執著於自身血統的傲慢的男性。他把知己愛因茲貝倫的鍊金術加以應用，編出在聖杯大戰得勝的策謀…從者 黑之saber菲奧蕾·弗爾維吉·尤格多米雷尼亞 尤格多米雷尼亞一族的魔術師。可愛顯貴印象的女魔術師。在二流較多的一族中是首屈一指的傑出人物，被認定為族長達尼克的後繼者。由於魔術迴路的變質而雙腿麻痺，被迫過著輪椅生活。從者 黑之Archer達尼克·普雷斯通·尤格多米雷尼亞 尤格多米雷尼亞一族的魔術師，已經有接近一百歲，但是外表怎麼看都是二十到三十多歲；與納粹黨一起搶奪了以前存在於冬木市的大聖杯，並且隱藏在羅馬尼亞；宣言要從魔術協會獨立，企圖啟動大聖杯作為其象徵。從者 黑之Lancer塞蕾尼凱·愛斯科爾·尤格多米雷尼亞 尤格多米雷尼亞一族的魔術師，聰明貌美而殘忍的女魔術師。以詛殺他人謀生，對自己召喚出的Rider有著執著之念。雖屬於尤格多米雷尼亞陣營，卻優先於自己的私慾從者 黑之Rider羅歇·褔雷因·尤格多米雷尼亞 尤格多米雷尼亞一族的魔術師，年僅十三歲的少年，卻是著名的魔偶（Golem）使用者。將同為魔偶使用者的Caster視為前輩予以尊敬，與其說是主從，更接近於師徒。從者 黑之Caster考列斯·弗爾維吉·尤格多米雷尼亞 尤格多米雷尼亞一族的魔術師。天賦方面比姐姐菲奧蕾要差劣。雖是平庸的魔術師卻被選上成為御主，不情願地接受了從者 黑之Berserker六導玲霞 是一個不只是他人、甚至連自己的生命價值都看不到的，僅僅過著行屍走肉生活的女性。職業是妓女，年齡23歲。大致上擁有作為人的正經的倫理觀，但這倫理卻帶有破綻。雖然完全沒有作為魔術師，以及御主使役從者英靈的才能，但和Assassin相性最高。原本被另一名魔術師捉去作為召喚英靈時的獻祭，但由於臨死時強烈的求生欲望而與恰好出現的暗匿者之英靈——被稱為「開膛手傑克」的少女結下契約。而那名原來的魔術師則被傑克砍下下顎和刻有令咒的手。而玲霞則在傑克的幫助下轉寫上了令咒，成為了正式參與「聖杯戰爭」的御主之一。相良豹馬從者 黑之Assassin尤格多米雷尼亞的魔術師之一。在新宿召喚出「黑」之Assassin之後，被六導玲霞奪去了御主權，並遭到殺害。
該作中從者的設定幾乎與原作《Fate》系列完全不同，分為代表「時鐘塔」的「紅」與代表尤格多米雷尼亞一族的「黑」兩大陣營，每一方陣營擁有七名從者，共計十四名從者，而從者分為七大職階，分別為分為劍士（Saber）、槍兵（Lancer）、弓兵（Archer）、騎兵（Rider）、魔術師（Caster）、暗匿者（Assassin）、狂戰士（Berserker）。另外該作中擁有兩名特殊職階從者——裁定者（Ruler）。