執行教會勸懲或許是教會長老們所實行的職務中最叫人心痛的。對忠誠的長老來說，雪上加霜的是，大多的現代教會根本沒有執行教會勸懲。所以，那些執行教會勸懲的教會被稱為是獨裁的教會，甚至被認為是旁門邪道；那些受到教會勸懲的教友也輕率的離開所屬的教會，加入其他樂意接納他們的教會。這可悲的局勢也就強調，正如《比利時信條》第29段中所提到的那樣，教會勸懲是真教會的三大標記之一。這也是我們的信條所提示的（《威斯敏斯特信條》25.3），也是大多數保守派改革宗教會所公認的。換句話說，不執行教會勸懲的教會是假教會，或是背教的教會。這是因為基督的身體彰顯於地方教會，因此，不忠實地執行教會勸懲的教會，是在摧毀基督的見證，並且使這些醜行歸於祂的名，從而褻瀆祂的聖名。
一、教會的王和頭主耶穌將教會管理權交於教會職員之手；但他們與民事長官不同（賽9：6-7；提前5：17；帖前5：12；徒20：17，28；來13：7，17，24；林前12：28；太28：18-20；詩2：6-9；約18：36）。
釋義
新約聖經表示兩個權威性的公共機構：國民政府以及教會政府。我們已在第23章中看見了國家政權的設立。在這一段中，我們看見教會的王和頭（賽9：6-7）--基督，將教會管理權交於教會職員之手，但他們與民事長官不同（與伊拉斯特主義的國家全能論不同）。聖經稱這些教會職員為「長老」：「那善於管理教會的長老，當以為配受加倍的敬奉；那勞苦傳道教導人的，更當如此」（提前5：17；比較帖前5：12；徒20：17，28等等）。
教會的管理體制必須與聖經中所教導的吻合，因為主吩咐門徒說：「凡我所吩咐你們的，都教訓他們遵守」（太28：20）。
當今，基本上有四種教會管理體制：
1、教皇制：這種體制指教皇是使徒彼得的繼承人，是基督的副攝政，整個教會的有形的元首。在教皇以下是主教，主教的權威來自教皇。
2、主教制：這種體制沒有教皇，但依然在教牧中區分等級。管理的權柄賦予主教、大主教，等等。
3、公理制：這種體制堅持每個地方教會都是一個完整的教會，教會本身有著絕對獨立的管轄權，管理權在會眾。
4、長老制：這種體制主張每一位福音的牧者，無論在職分上，還是權威上，都屬同一等級。長老會也教導說，地方教會是由所有的教導與監督長老所組成的堂會來管轄。然而，這間教會與堂會只是範圍更大的信徒中的一部分；教會眾長老代表可能成為區會的一部分，此區會在所管轄的教區內有監督權。然後，區會的成員成為總會的一部分，總會在所管轄的區會內有監督權。因此，長老制教會之教會法庭有級別之分，而高等法庭可以審評、肯定或否定初級法庭的決定。
雖然信條並沒有明確的指明它所贊同的治理系統，然而，會議支持長老制是再明白不過的了。這可以從下一章中所見，也可以從信條的附件「長老制教會行政方式與牧師的按立」中見到。
二、天國的鑰匙交給了這些職員，因此他們有權不免去或赦免人的罪，按照情形的需要，用聖道和勸懲向不悔改的人關閉天國，又藉著宣講福音和撤除勸懲，向悔改的人開放天國（太16：19；18：17-18；約20：21-23；林後2：6-8）。
釋義
主在一個場合對彼得說：
「我要把天國的鑰匙給你，凡你在地上所捆綁的，在天上也要捆綁；凡你在地上所釋放的，在天上也要釋放」（太16：19）。
主在此處所指的是教會勸懲的權力，這可以清楚地從另一處經文中看見，經文雖是在教導如何處置一位犯錯卻不悔改的弟兄，但卻表達了同樣的概念：
「若是不聽他們，就告訴教會；若是不聽教會，就看他像外邦人和稅吏一樣。我實在告訴你們，凡你們在地上所捆綁的，在天上也要捆綁；凡你們在地上所釋放的，在天上也要釋放」（太18：17-18）。
主復活後又重申了這項權利：
「你們赦免誰的罪，誰的罪就赦免了；你們留下誰的罪，誰的罪就留下了」（約20：23）。
從後兩處經文中，我們可以明白看見權威不只是賦予了彼得一個人，也賦予了其他使徒，以及教會中的永久性職員--就是代表會眾的長老。
可是，「捆綁」和「釋放」（人）或如信條所言「不免」與「赦免」罪，是什麼意思呢？
我們要注意，「天國」或「上帝的國」在聖經中有三種含義，它們就是：
1、基督作為中保的權威，或是它的施行，以及屬於它的權柄與榮耀，就好像當我們將「國度、權柄、榮耀」歸於祂（太6：13），或是肯定「祂的國也沒有窮盡」（路1：33）。
2、這個行政的各種內在與外在祝福與惠益，就如當我們說：「上帝的國…只在乎公義、和平，並聖靈中的喜樂」（羅14：17）。
3、這個國度的全體子民，就如當我們「進天國」，以及所謂的「天國的鑰匙」--就是蒙這個團體接納或排除。短語「上帝的國」或「天國」在這較後的意義上與「教會」同義（參考亞歷山大·賀智，《聖經主題大綱》，第27章）。
《馬太福音》16章19節與信條所指的「天國」是指第三項意義，況且短語「凡你們在地上所捆綁的」暗示那捆綁與釋放或接納與開除會員資格的權柄在於有形教會，就是上帝在這地上的國。
因此，「不免去或赦免人的罪」的權柄是宣告性的，而非絕對性的，這是在明白不過了。這與唯獨上帝才能絕對性地赦免人的罪的事實是一致的（路5：21）。因此，我們的信條教訓我們，教會的職員有權「按照情形的需要，用聖道和勸懲向不悔改的人關閉天國，又藉著宣講福音和撤除勸懲，向悔改的人開放天國。」
換句話說，教會職員（就是長老們）有責任確保教會的紀律與純正。當教會小心執行勸懲時，上帝在地上的國就不會有明目張胆的未重生、未稱義者。這也就解釋為什麼按照常例，在基督的有形教會之外，別無拯救（《威斯敏斯特信條》25.2）。然而，既然有形教會的成員尚未在義或罪中固定，那麼那些受到勸懲的人是有可能悔改的。的確，我們執行勸懲時應當是朝著使人悔改的目標施行。當受到教會勸懲的人悔改時，教會的職員有權利與義務解除勸懲，接納犯錯的弟兄，使他重新歸入團契（比較林後2：6-8）。
三、若教會任憑罪惡昭彰和剛愎自負的罪人，褻瀆上帝的聖約和印記，就會有上帝的震怒公平地臨到。為了矯正並得著那犯罪的弟兄，防止他人犯同樣的過犯，並除去那能夠感染全團的酵，維持基督的尊榮與福音的純正，避免上帝的震怒，教會的勸懲乃是必須的（林前5；提前5：20；太7：6；提前1：20；林前11：27-34同猶23）。
釋義
這一段強調了教會勸懲的目的與重要性，就是：
1、「為了矯正並得著那犯罪的弟兄」：「其中有許米乃和亞力山大；我已經把他們交給撒但，使他們受責罰就不再謗瀆了」（提前1：20）；「要把這樣的人交給撒但，敗壞他的肉體，使他的靈魂在主耶穌的日子可以得救」（林前5：5）。
2、「防止他人犯同樣的過犯」：「犯罪的人，當在眾人面前責備他，叫其餘的人也可以懼怕」（提前5：20）。
3、「除去那能夠感染全團的酵」：「你們既是無酵的面，應當把舊酵除淨，好使你們成為新團；因為我們逾越節的羔羊基督已經被殺獻祭了」（林前5：7）。
4、「維持基督的尊榮與福音的純正」：當教會容忍罪時，它就褻瀆上帝，並對基督的大大不敬。因此，保羅譴責猶太人（舊約下的教會成員）惡劣的見證；「上帝的名在外邦人中，因你們受了褻瀆，正如經上所記的」（羅2：24）。因此，許米乃和亞力山大被「交給撒但，使他們受責罰就不再謗瀆了」（提前1：20）。
5、避免「上帝的震怒公平地臨到」：這裡是指聖禮的使用，「若教會任憑罪惡昭彰和剛愎自負的罪人，褻瀆上帝的聖約和印記。」使徒保羅尤其講述主的震怒如何臨到容忍罪惡的教會：
「因為人吃喝，若不分辨是主的身體，就是吃喝自己的罪了。因此，在你們中間有好些軟弱的與患病的，死的也不少。我們若是先分辨自己，就不至於受審。我們受審的時候，乃是被主懲治，免得我們和世人一同定罪」（林前11：29-32）。
四、為了更完美地達成以上目的，教會的職員應當按照犯罪的性質和犯罪者的罪狀予以訓誡，或暫停聖餐，或逐出教會（帖前5：12；帖後3：6，14-15；林前5：4-5，13；太18：17；多3：10）。
釋義
當主教訓關於教會勸懲時，祂先從過犯的開始，經過四個步驟，直到逐出教會。
「倘若你的弟兄得罪你，
1、你就去，趁著只有他和你在一處的時候，指出他的錯來。他若聽你，你便得了你的弟兄；
2、他若不聽，你就另外帶一兩個人同去，要憑兩三個人的口作見證，句句都可定準。
3、若是不聽他們，就告訴教會；
4、若是不聽教會，就看他像外邦人和稅吏一樣。」（太18：15-17）
請注意，一件私人爭執，或私下察覺的罪行，直到第三步驟才成為教會事務，由教會來處理。
我們的信條從第三個步驟開始，並建議三種對策，「按照犯罪的性質和犯罪者的罪狀」對犯錯的弟兄適當的勸懲：
1、訓誡--「弟兄們，我們奉主耶穌基督的名吩咐你們，凡有弟兄不按規矩而行，不遵守從我們所受的教訓，就當遠離他…若有人不聽從我們這信上的話，要記下他，不和他交往，叫他自覺羞愧。但不要以他為仇人，要勸他如弟兄」（帖後3：6，14-15）。
2、一個時期暫停聖餐。這也稱為「小除教」，或是「第二次的警戒」（多3：10）。如果受勸懲的人在暫停聖餐一段時期後，確有真誠悔改的表現，那麼教會可以恢復他會員資格得享的一切特權。
3、逐出教會--這也稱為大除教，並包括宣布犯罪者為非信徒（「看他像外邦人和稅吏一樣」），並將他交給「撒但，敗壞他的肉體，使他的靈魂在主耶穌的日子可以得救」（林前5：5）。這並不是如天主教那般錯誤的教導--真的將靈魂交給撒旦，而是撤銷他的會員資格，將他逐出教會，進入撒旦的國度，也就是這個世界。
上文回顧：林集章《威斯敏斯特信條釋義》第二十九章：論聖餐