2020年9月9日下午，北京大學召開校長辦公會，對迎接第五輪學科評估等相關事宜進行了通報和審議。校長郝平主持會議。這是自1980年2月22日學校召開第1次校長辦公會以來，北京大學連續召開的第1000次校長辦公會。
在校史上，北大的行政管理議事決策機制，經歷過許多重要變化。蔡元培校長曾設立「北京大學評議會」，將其作為學校的最高權力機關和立法機關，評議員由教授選出。之後又設立了北京大學行政會議、教務會議等。
改革開放之後，1980年2月9日，北京大學第43次校務會議通過了《校部行政會議制度》，規定每月召開一次（周六下午）校務會議，每月召開四次（周五下午）校長辦公會。校長辦公會的職能，是「處理全校重要行政工作，決定提請黨委常委審批的問題及提交校務會議討論的議題」。
從1980年至今的40年，是北京大學歷史上發展最好最快的時期。1000次，這個具有特殊意義的數字，反映出來的，是幾代北大人接續奮鬥的歷程，是北京大學行政管理改革的成果，也是北京大學不斷探索和完善現代大學治理體系的縮影。
校長辦公會是北京大學堅持和完善黨委領導下的校長負責制的重要實踐。北京大學堅持實行黨委領導下的校長負責制，嚴格執行「三重一大」決策制度，積極推進學校黨政會議制度和工作機制改革，先後制定並適時修訂《北京大學黨委常委會工作規則》《北京大學校長辦公會工作規則》等相關規章制度，並將黨委常委會、校長辦公會在校務決策中的成功實踐經驗上升為制度成果。
校長辦公會是校長研究決定學校教學、科研和其他行政管理工作的重要形式。校長通過校長辦公會行使職權，提出擬在黨委常委會通報或討論決定的重要事項，並具體部署落實黨委決議。在校長辦公會上，校長可以根據需要指定列席人員，聽取會議意見後在其職權範圍內作出決定。
校長辦公會是北京大學不斷完善中國特色現代大學治理體系的重要探索。學校不斷深化治理體系改革，探索建立中國特色現代大學制度，持續推進依法治校和綜合改革，提升決策的科學化、民主化、法治化水平，學校治理的現代化水平不斷提升。