2019年發布的財政部稅務總局海關總署公告 2019 年第 39號公告，即《財政部稅務總局海關總署關於深化增值稅改革有關政策的公告》中規定，自2019年4月1日起，試行增值稅期末留抵稅額退稅制度。在之前的制度中，平時預繳的所得稅，在下年彙算清繳時如果多交的可以申請退稅，現在增值稅方面也有相關的政策。
自2016年5月營改增以來，可抵扣的增值稅範圍也是越來越廣，房屋建築物、不動產等都可以進項稅抵扣。特別是對新建企業，因前期建設有大量的基建增值稅進項稅和設備的進項稅，企業有大量的增值稅期末留抵稅額。如果是虧損企業，可能留抵稅額還會繼續增加。雖然增值稅留抵稅額是企業的一項資產，但是佔用了大量的資金。從2019年4月1日起，如果符合條件的企業，可以申請增值稅留抵稅額退稅。
首先，需要同時符合以下條件，缺一不可
1、自2019年4月稅款所屬期起，連續六個月（按季納稅的，連續兩個季度）增量留抵稅額均大於零，且第六個月增量留抵稅額不低於50萬元；
2、納稅信用等級為a級或者b級；
3、申請退稅前36個月未發生騙取留抵退稅、出口退稅或虛開增值稅專用發票情形的；未因偷稅被稅務機關處罰兩次及以上的；
4、自2019年4月1日起未享受即徵即退、先徵後返（退）政策的。
其次，公告中所稱增量留抵稅額，是指與2019年3月底相比新增加的期末留抵稅額。
下面舉例說明可退稅情況：
1、如果2019年3月期末留抵為100萬元，4-9月期末留抵分別為105、110、120、150、155萬元。4月-9月增量留抵稅額分別為5、10、20、50、55萬元，連續6個月增量留抵稅額大於0，且第6個月留抵稅額不低於50萬元，符合條件。
2、如果2019年3月期末留抵為100萬元，4-9月期末留抵分別為105、98、120、150、155萬元。4月-9月增量留抵稅額分別為5、-2、20、50、55萬元，未連續6個月增量留抵稅額大於0，不符合條件。
3、如果2019年3月期末留抵為100萬元，4-9月期末留抵分別為105、110、120、150、145萬元。因第6個月留抵稅額低於50萬元，不符合條件。
4、如果2019年3月期末留抵為100萬元，4月增值留抵為負，5-10月連續6個月看增量留抵都大於零，且10月增量留抵為60萬，5-10月符合條件，可以在11月份申請退稅。
5、2019年4月1日以後新設立的納稅人，2019年3月底的留抵稅額為0，因此其增量留抵稅額就是每個月計算的增加額。
最後，退還留抵稅額的計算
納稅人當期允許退還的增量留抵稅額：增量留抵稅額×進項構成比例×60%
進項構成比例：2019年4月至申請退稅前的稅款所屬期內已抵扣的增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書、解繳稅款完稅憑證註明的增值稅額佔同期全部已抵扣進項稅額的比重。
注意：農產品發票、高速通行費發票、火車、飛機票等普通發票是計算抵扣，不是增值稅專用發票，這部分是不能退還。
所以，增值稅留扣稅額不是全部退還的，在符合條件後，是針對增值稅專用發票的進項退稅，並且只退60%。