2019年7月中旬，深圳市疾控中心的一紙公告，把全國性缺苗攤在了檯面上，引發眾多媒體跟進報導，深圳衛健委稱此為全國性缺貨。 深圳市疾控中心稱： 白百破疫苗缺17.5萬支，麻風疫苗及麻腮風疫苗約缺5萬支，乙腦疫苗缺苗約7萬支，流腦AC多糖疫苗缺2萬支。
實際上，全國其他地區也有不同程度缺苗現象，網上可以搜索到，但並未像深圳這樣用精確的數據公開。
要理解疫苗短缺，首先要了解我國的疫苗分類和採購機制。
我國將疫苗分為第一類疫苗和第二類疫苗（疫苗管理法實施後叫做免疫規劃疫苗和非免疫規劃疫苗），其實質就是免費疫苗和自費疫苗。
免費疫苗的使用和採購
供兒童免費接種的疫苗目前有10種，由政府採購後供公眾免費接種，有納入考核的接種率指標（規定接種率≥90%，實際接近100%，測算需要量時一般就按100%接種測算）。
免費疫苗的需要量一般根據出生人口數和需要接種的劑次來測算。以白百破疫苗為例，每個兒童要接種 4劑，2018年新生兒有1523萬人，那麼2019年全國的需要量就是6092萬支。 這個需求量不可能增加（除非調整接種程序，增加接種劑次），也不太可能減少（除非很多兒童漏種，但是有接種率考核； 另外還有自費疫苗替代，稍後會講到）。
免費疫苗的政府採購價偏低。根據 2009年國家發改委發布的《國家發展改革委辦公廳關於制定重組B型肝炎疫苗等14種國家免疫規劃疫苗出廠價格的通知》，這些疫苗的出廠價平均不超過6元/劑，白百破疫苗僅為3.5元/劑。
2016年我國給兒童接種10種免費疫苗22個劑次，每個兒童的疫苗成本約130元，當年的疫苗採購成本約24億元。
各省通常每年採購一次各種免費疫苗，由省級疾控中心或衛健委與疫苗企業籤訂採購合同，約定供應量和單價，企業根據各省的需求發貨（不是一次性發貨）給省級疾控中心，後者逐級下發。 一種免費疫苗通常只與一家企業籤訂合同。
自費疫苗的使用和採購
自費疫苗由公眾自願自費接種，不存在接種率指標考核要求。
自費疫苗目前也有近10種，有些自費疫苗和免費疫苗有重疊。不同的自費疫苗的接種率差別較大，2018年全國流感疫苗的人群接種率不到2%，水痘疫苗和手足口疫苗的接種率超過95%，四聯疫苗接種率約為9%，五聯疫苗接種率約為3%。
自費疫苗的需要量一般根據往年的接種量和人口增長率來大致估計。對於兒童疫苗，其需要量的上限不超過新生兒數乘以需要接種的劑次數。有些成人可接種的疫苗，其需要量很難用人口數估計，比如流感疫苗、宮頸癌疫苗和狂犬病疫苗。
與免費疫苗有重疊的自費疫苗有B肝疫苗、流腦疫苗、乙腦疫苗、A肝疫苗，四聯疫苗和五聯疫苗裡則含有免費的白百破疫苗成分。這種情況下，使用自費疫苗會抵消一部分免費疫苗的需求量，各省通常會根據自費疫苗的使用量，對相應種類的免費疫苗需要量進行扣除。比如，四聯疫苗和五聯疫苗的合計接種率為10%左右，那麼免費白百破疫苗的總需求量就要在6092萬支上打九折，約為5480萬支。
《疫苗管理法》生效前，各省級疾控中心或衛健委每年對自費疫苗招標一次，確定當年自費疫苗供應廠家和單價的白名單，但省級不直接採購自費疫苗。縣級疾控中心在省級疫苗採購平臺上，從白名單中選擇本轄區使用的疫苗。同一種自費疫苗，縣級疾控中心可以選幾個廠家，也可能選單個廠家。《疫苗管理法》生效後，將由省級採購自費疫苗，逐級供貨至接種門診。
自費疫苗的供貨價，由廠家根據成本和市場競爭格局自行確定，不存在發改委指導的出廠價。
疫苗短缺的影響、原因、和解決方案
對於任何疫苗，如果孩子沒能及時接種，就相當於處於裸奔狀態，增加了感染疾病的風險。免費疫苗由政府承諾提供，如果出現大面積缺貨，會導致公眾質疑政府的管理水平。自費疫苗缺貨，公眾通常會遷怒於接種門診。
深圳披露多種疫苗嚴重短缺，且全部是免費疫苗，這在以往是比較罕見。
由於免費疫苗存在政府限價，通過市場機制來調解免費疫苗供應量的可能性不大。我國的免費疫苗主要由國藥集團下屬的國有疫苗企業來承擔，以白百破疫苗的供應為例：
中國食品藥品檢定研究院（http://t.cn/AiTKTQQK）網上公示數據顯示：
2014～2018年只有3家企業供應白百破疫苗，武漢生物是國企，雲南沃森和長春長生是民企。其中武漢生物的供貨比例為73%～92%。2019年截止7月中旬，武漢生物供應白百破疫苗佔71%，雲南沃森佔14%，成都生物佔15%，但全部供應量僅滿足接種需要量的93%，1-6月供應量與去年同期相比減少了20%。
無論是免費疫苗還是自費疫苗，其生產周期都很長，通常需要3～6個月。再加上批籤發需要2～3個月，實際的供貨周期至少在6個月以上。免費疫苗全部按訂單生產，要臨時增加產量很難；自費疫苗由企業根據既往接種量與市場預期來生產的，臨時增加產量也非常困難。
比如備受關注的宮頸癌疫苗，2018年4月李克強總理火線批准中國上市宮頸癌9價疫苗。該疫苗是目前最高價的疫苗（1300元/劑），但也一直處於嚴重供不應求的狀態。造成這種現象的關鍵原因就是批准得太突然，企業手裡沒有多餘的疫苗可以供應中國內地市場，該疫苗嚴重缺貨的現象至今仍未緩解。
免費疫苗供應以國企為主，民企為輔，由於免費疫苗的採購價較低，國藥集團為了壓縮成本，通常只安排1-2家國企集中生產某種免費疫苗。這種情況下，如果國企出現疫苗質量問題，很容易出現全國性短缺。
長春長生疫苗造假事件是這一輪全國性免費疫苗短缺的重大誘因。此事件之前也有免費疫苗短缺，但是並不嚴重。長春長生事件發生後，疫苗安全性成為公眾神經敏感的話題。原來質量合格的疫苗，現在要求更加嚴格，整個疫苗供應體系運轉的效率下降了。長春長生由於信譽掃地，之前供貨的合格疫苗（比如白百破疫苗和A肝疫苗等），也被視為不合格疫苗而不予接種，直至過期報廢。
同時，由於武漢生物和長春長生之前的白百破疫苗不合格在這次事件被再次曝光，導致白百破疫苗的質量成為媒體和業內關注的焦點，容不得半點閃失，為了確保質量，白百破疫苗的供應量有明顯下降。
免費疫苗短缺並不常見，這次短缺的直接原因是轟動性的長春長生疫苗造假事件，但深層次原因是：疫苗供應周期長、短期增產難度大、免費疫苗的需求量大、企業供應意願不強。
解決免費疫苗短缺問題，需要國家在保障疫苗供應安全方面進行頂層設計，不能把雞蛋放在一個籃子裡，維持一定的疫苗庫存和產能冗餘，同時合理測算成本提高採購價。
不能把雞蛋放在一個籃子，一方面指國家需要根據每一種免費疫苗的用量和生產特點，確定最少由幾家企業生產。另一方面指各省在採購免費疫苗時，考慮選擇2個企業輪流供貨，或在合同中約定出現斷供時可以直接由備選企業供貨。
維持疫苗庫存，指企業的冷庫應該保證有相當於2～3個月發貨量的庫存疫苗，每次新批籤發的疫苗先入庫，存貨疫苗先出庫。如果出現各種意外情況導致疫苗無法獲得新的批籤發，企業還可以靠庫存支撐一段時間。但是，這個庫存量還需要考慮到疫苗的有效期。
產能冗餘，指每個企業的疫苗生產線應該保留空餘產能、平時按70%的產能正常生產，遇到緊急情況，可以立刻按100%產能生產。
目前某些免費疫苗的採購價過低，導致民企不願意生產，國企背著指令生產，他們解決疫苗短缺問題的主觀能動性明顯不夠。建議相關部門仔細測算免費疫苗的成本，通過合理的價格機制，發揮市場經濟配置資源的關鍵作用。
自費疫苗通常由多個生產企業供貨，較少出現短缺現象。但是，對於獨家生產的疫苗種類、比如宮頸癌9價疫苗、五聯疫苗、肺炎13價結合疫苗等，也都出現過缺貨現象。這種缺貨通常是由於企業對市場需求估計不足，或是遇到意外的質量問題導致疫苗報廢。自費疫苗短缺問題，主要由企業自行解決。
流感疫苗在全國大多數地區是自費疫苗，雖然有多個廠家生產，但最近兩年缺貨現象很常見，其缺貨原因複雜些，詳見：為什麼流感疫苗總是缺貨？