原文丨Jonathan P. Saxe
編譯 | 覺主在路上
責編 | 兮
對於所有的科研人員來說，實驗驗證、數據整理、論文撰寫和期刊投稿這些流程已然是家常便飯。然而，當我們仔細閱讀了那些似懂非懂的投稿須知，勾選了一堆不知所云的責任條款，懷著激動的心情戰戰兢兢地點擊了提交之後，我們的論文會經歷什麼？知否知否，應是同行評議（peer review）。
同行評議，是目前期刊雜誌對投稿論文進行篩選的一個過程，期刊編輯通過邀請論文相關領域的若干專家（同行專家/審稿人，reviewer）對論文進行評價，基於這些評價，編輯決定投稿論文是否值得發表。在投稿過程中，同行評議是必不可少的，通常也是最為折磨人的。然而，對於大多數研究人員而言，同行評議過程仍然是個謎。那麼，同行評議到底是如何進行的？2019年6月6日， Cell Stem Cell（CSC）的高級科學編輯Jonathan P. Saxe撰文Opening the Black Box of Peer Review，來跟大家聊一聊同行評議的那些事兒。
共同同行評議是如何發生的？
閱讀論文的時候我們經常會在同期雜誌中發現同領域或方向的幾篇相關或類似的論文，我們會暗自嘀咕，怎麼會這麼巧？這是如何實現的呢？那我們就要從頭開始講起。當論文提交到CSC後，所有編輯都會收到論文的相關信息。接下來，在常規例會中，編輯們會進行簡單的討論，主編Sheila Chari會將所有論文分配給不同的編輯進行深度閱讀、分析和決定是否送審。儘管不同領域和雜誌都有不同的送審標準，但是一般來說，編輯們最關注的在於，論文的分析和結果是否能夠挑戰現有的解釋和認知，從而拓展該領域的視野或形成嶄新的理論思想與研究方法（比如conceptual advance，即帶來觀念上的進步）。之後，編輯會將自己的初審意見提交給主編和整個編輯團隊進行交流，團隊中的其他成員隨即可以提出自己的建議。基於這種流程，編輯們可以對同一時期內收到的獨立稿件進行整合分類，經過送審、修回、接收等一系列流程之後，將相似或相關領域、並在相近時間內接收的論文發表在同一期中，有時甚至可以作為一期專刊（special issue）同時發表。除此之外，另一種可能發生的情況就是，類似領域的課題組共同進行投稿（co-submit）。
以2018年發表在CSC的來自Jim Wells 課題組【1】和 Jianwen Que課題組【2】的兩篇論文為例，兩個課題組都在研究如何將人類多能幹細胞（pluripotent stem cells）培養生成食道類器官（esophageal organoids）。在相互得知對方的研究工作之後，他們決定共同向CSC提交論文。他們首先進行了投稿前詢問（pre-submission enquiry），研究人員通過這種方法可以從編輯處獲得非正式的反饋信息，如果編輯認為論文不適合發表，則可以將論文及時投送到其它期刊，且投稿前詢問可在多家雜誌社進行，從而節省時間。Saxe博士認為當時尚未有食道類器官的培養方法和體系被報導過，因而這兩篇論文具有很強的創新性；更重要的是，兩個課題組通過使用不同的方法展現了食道發育過程中顯著的生物學變化。兩篇論文各自的研究成果本身就很有趣，尤其是當把二者放在一起時，能夠更好的產生聯繫和比較，從而更加全面地闡述如何使用新的方法來模擬組織特異性上皮的發生發展。對於這種共同提交的論文，CSC一般會儘量選擇相同的同行專家進行評審。CSC邀請到了三位審稿人對兩篇論文同時評審。在評審的同時，兩篇論文的作者也同意將兩篇論文在CSC的提前發表系統Sneak Peek（https://www.cell.com/sneakpeek）中公開，隨時跟蹤投稿狀態並供所有科研工作者提前閱讀。
如何根據同行評議結果進行決策？
有趣的是，對於這兩篇論文，三位審稿人返回的意見大相逕庭。第二位審稿人認為兩篇論文的結果都很令人信服；第一位審稿人認為Jianwen Que課題組的文章可稍作修改即可發表，Jim Wells課題組的論文則是直接拒絕；然而，第三位審稿人則提出了完全相反的意見，即修回Jim Wells課題組論文而拒絕Jianwen Que課題組的論文。那麼，針對這種情況，編輯們是如何進行決策的呢？相比關注於特別正面或者負面的建議，編輯往往會根據每個審稿人的專業背景，更加認真地考量審稿人所給意見的科學價值。除了評估和整合所有審稿人的意見以外，編輯要預估審稿人提出的補充實驗的難度、完成它們所需要的時間，以及完善後的論文能否進一步提高人們對這個領域的認識，更好地促進該領域的發展。
一般來說，當審稿人的意見相對積極，完善論文的工作量在一定時間內也可完成，編輯們往往會給予論文大修（major revisions）的決定。而當一篇論文需要補充大量實驗進行驗證，或是即使補充實驗也無法改變讀者目前對該領域的認知，編輯們往往會拒絕接收論文（reject）。但是，編輯們有時也會給予 「開放式拒絕」（open-door rejection）的決定，他們會具體闡述拒絕接收的理由，並附帶審稿人的意見，推薦作者將文章提交到他們認為更加合適的CSC姐妹期刊；或者，作者可以針對編輯和審稿人的意見，進行實驗補充，重新進行投稿。針對Jianwen Que課題組和Jim Wells課題組的情況，編輯則決定給予他們開放式拒絕的決定，他們可以嘗試Cell Reports，也可以根據編輯和審稿人的意見，進一步補充實驗並對論文進行修改。對於這個決定，兩個課題組都保持了積極的態度，決定對文章進行修改並重新向CSC投稿。兩個課題組首先逐點回復了審稿意見，並闡述了他們的實驗和投稿計劃，之後得到編輯的認可。在編輯看來，這樣詳細的溝通與確認對於雜誌社和投稿人都非常重要，不但可以避免出現研究人員在補充了大量實驗，浪費了大量的時間和金錢後仍無法獲得在CSC發表機會的情況；而且能夠更好的完善論文，縮短雜誌出版周期，達到雙贏。
論文修回後決策過程是如何進行的？
對於這種拒絕接收並修回的稿件，編輯們會針對修回後完整的論文，從以下幾個方面重新進行評估：
1. 這些修改是否有效地回應了審稿人提出的質疑；
2. 如果審稿人認為論文中一開始沒能展現清晰的理論突破或是令人興奮的機制發現，那麼修改後的稿件是否體現了這些；
3. 審稿人有沒有意願再次對修回的稿件進行重新審稿，還是審稿人已經建議改投其他雜誌。有時候，並不是所有補充的實驗都是成功的，或是是我們想要看到的，但是這並不影響重新審稿。
比如這個案例中，審稿人要求投稿人補充類器官移植實驗以了解類器官的重塑潛能，相應地，研究人員未能得到陽性結果，但是根據目前研究領域技術和知識的發展狀況，這個結果也是比較合理且可以接受的。接下來，編輯會優先詢問第一輪審稿人是否願意再次審稿。由於第二位審稿人已經提出了無需再次審稿，因此，編輯只聯繫了第一位和第三位審稿人。對Jim Wells提出反對意見的第一位審稿人再次審稿後，同意接收兩篇論文；但是第三位審稿人仍舊對一部分問題的解答保持質疑，那麼這時候編輯們怎麼辦呢？一般來說，編輯們只會允許一輪大修，如果仍然有問題沒有合理的答覆，則不再進行考慮，直接拒絕。這樣看起來很嚴格，但是卻能夠避免因反覆修改和審稿而造成投稿人身心俱疲及雜誌出版周期的增加。這裡，二位審稿人都持積極態度，於是，編輯給予投稿人重新分析數據和補充一小部分實驗的小修（minor revisions）決定。雖然，這並不意味著CSC最終會接收這兩篇文章，但是，編輯會給予積極的態度。修回之後，編輯有可能會再次邀請審稿人進行第三輪審稿，對於這個案例，編輯隨即接收論文。到這裡為止，理論上論文已經被接收，但是還是要符合後期一系列的如出版（production）、方法（STAR methods 【3】）、圖像處理規範等。
本文中所舉的案例是非常成功的，兩篇文章的共同接收一定程度上也得益於投稿人選擇共同進行投稿。通過共同投稿，兩個課題組可以共享有限且非常寶貴的樣本，並在投稿過程中相互討論，促進交流與合作。作為編輯，在審稿的過程中，會最大限度地平衡信息透明化和信息保密。CSC整個團隊希望通過講述這個故事，強調作者之間、作者與編輯之間進行詳細交流的重要性。編輯們很樂意就具有科學依據的申訴和修回計劃進行討論，他們無法保證作者能夠同意他們的建議和決定，但是他們會傾聽作者的心聲。他們希望這樣可以檢測出版前各個環節的合理性，同時他們也願意在各環節中開誠布公，讓出版的過程不再神秘。
原文連結：
https://doi.org/10.1016/j.stem.2019.05.017
1. Zhang et al, 3D Modeling of Esophageal Development using Human PSC-Derived Basal Progenitors Reveals a Critical Role for Notch Signaling, Cell Stem Cell, September 20, 2018.
2. Trisno et al, Esophageal Organoids from Human Pluripotent Stem Cells Delineate Sox2 Functions during Esophageal Specification, Cell Stem Cell, September 20, 2018.
3. Emilie Marcus, the whole Cell team, A STAR Is Born, Cell, August 25, 2016.
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