萬曆二十年（1592年）六月，寧夏鎮。各路平叛兵馬已經將寧夏鎮圍了二個月，但由於寧夏鎮城池高大堅固，城內存糧甚多，加上魏學曾一意主撫，各部官兵也不肯用事，所以戰況沒有絲毫進展。此時，魏學曾正跟城內的哱拜談判，但哱拜不信任官軍，所以談判沒有絲毫進展。當甘肅巡撫葉夢熊到來後這一切就起了變化。
萬曆三大徵：大明帝國最後的輝煌
魏學曾的意思是已經跟哱拜達成和議，如果不履行，會有辱國體。葉夢熊說，哱拜時降時叛不可信也，況且韓戰已經爆發，聖上急需解決寧夏問題。
在葉夢熊的督促下，魏學曾開始布置總攻，董一奎攻南門、牛秉忠攻東門、李昫攻西門、劉承嗣攻北門，麻貴率遊兵策應。一聲炮響後，四鎮士兵為了搶功開始爭先恐後地攻城。戰鬥至正酣處哱拜親率大軍從北門衝了出來。他想向河套的卜失兔部求援。結果參將馬孔英力戰哱拜，哱拜只好又退了回去。
六月二十二日，李如松統率的大軍抵達寧夏鎮，官軍聲威大震。李如松單獨立營，似乎在這場平叛戰爭中要跟魏學曾劃清開來。眼見李如松高傲的姿態，魏學曾不禁怒從心起。二十三日，魏學曾命李如松跟他一起攻城。李如松不理，魏學曾拿他也沒辦法。到了二十四日，李如松命麾下3萬命士兵每人提一沙袋放在南城下，這樣減少了城牆的高度。然後，再命士兵搭著梯子開始攻城，這依然沒有起作用。哱拜的兒子哱承恩指揮著叛軍一通火炮打下來迅速將梯子掀翻。
大明宣府總兵李如松
二十五日夜晚，監軍梅國楨讓李如松的弟弟李如樟率蒼頭軍搭梯子悄悄登南城。有人將這個消息告訴了葉夢熊。葉夢熊害怕梅國楨拔得頭功，趕緊讓自己手下苗兵也登城。等到蒼頭兵和苗兵剛登上城樓，早已埋伏在城頭上的叛軍一聲吶喊。就這樣，攀上城的蒼頭軍和苗軍又紛紛撤了下去。
二十六日，總兵董一奎、遊擊龔子敬率苗兵開始攻城。這些跟隨葉夢熊從貴州來的苗兵的確善戰，他們憑著一股狠勁很快登上城樓。與此同時，李如松帶著大隊人馬開始猛烈攻擊城門。城門被撞開後，李如鬆手提大刀當先衝了進去。很快城內叛軍如潮水般向李如松湧來。一陣長銃射擊，官軍倒下不少。眼見叛軍越來越多，李如松正陷入苦戰，李如松的弟弟李如柏拼死護送李如松撤出城去。此時，攀城的苗兵也撤了回去，但攻城的兩座雲梯還擺在那裡。這時候從城上縋下一人將兩座雲梯點燃了。
這天夜裡從南城上縋下一人。此人直奔魏學曾的中軍大帳。見到魏學曾後，此人自稱姚欽，乃城內指揮趙承光部下。姚欽言稱，他們都是受哱拜和他的部將劉東暘所逼，願意反正，相約於明夜丑時舉火為號。
二十七日深夜，城外的官兵密切注視著城上的動靜。到了下半夜只聽見城內喊殺聲四起，城樓上燃起了篝火，城門也被打開了，從城內跑出來幾名士兵在拚命招手，呼喚城外官軍進城。此時的魏學曾自然瞪著眼睛看著這一切，手下的軍隊已經準備好了，就等著他一聲令下。但他在猶豫。他擔心是陷阱。就在這一猶豫間，城內的叛亂已經結束了。從城內出來一撥人將這幾個人抓了回去，城門隨即關閉了。
二十八日凌晨，昨夜叛亂的趙承光、葛臣、姚欽、張遐齡一共51人被綁縛南城門樓上。行刑完畢後，有人將這51人的首級扔了下來。這件事情結束後，魏學曾親自上疏朝廷請罪，梅國楨也將這件事情報告了朝廷。事實上，官軍就算進了城效果也不大。
二十九日官軍開始在北城門外挖地道。三十日哱拜又派人前往魏學曾大營議和。結果魏學曾又為所動，但還是被葉夢熊勸住了。
眼見葉夢熊來到後，和談已經不可能，哱承恩便想派人向河套的著力兔部和卜失兔部求援。先是克力益率50名騎兵出城向著力兔部求援，李如松發現後便命李寧在後緊緊追趕。官軍一路放槍，連同克力益在內一共打死29個。另一路是300騎兵攜帶金銀珠寶出城，不跟官軍糾纏，直向卜失兔部求援。
接到求援的卜失兔聯合莊禿賴部，盡起3萬兵馬殺奔寧夏鎮而來。但是，由於蕭如燻鎮守平虜，使得卜失兔的援軍無法從北而下，所以只能繞道從東南方向的沙湃口殺奔而來。消息傳來，魏學曾、葉夢熊趕緊制定軍事應對方案。此時援軍的先鋒部隊土昧、弭糾雷已經在攻打定邊、小鹽池，打正率兵1萬已經越過沙湃口正向寧夏鎮奔來。魏學曾命麻貴率兵5000抵擋打正，董一元率兵3000出塞掃敵巢穴，遊擊龔子敬率苗兵800扼守沙湃口，堵住敵軍歸路。
麻貴的5000騎兵跟打正的1萬人在石溝城連戰兩天。明軍依託火炮與鳥銃，蒙軍始終無法衝破明軍的防線。第二天晌午有哨馬來報打正，說明軍出塞攻擊我部，婦孺皆被屠戮，牲畜都被擄走，卜失兔、莊禿賴已經退去。
打正聞聽此言，立刻昏厥在地。眾人救醒後，打正已無心再戰，遂率兵回撤，麻貴在後追趕。蒙軍抵達沙湃口的時候，龔子敬的800苗兵堵住去路，雙方展開一場大血戰。苗兵的確勇猛，龔子敬戰死。800苗兵以大半戰死的代價拖住麻貴的到來。打正奔出沙湃口後正碰上董一元大軍出塞歸來。滿腔怒火的打正率兵迎了上去，雙方正在酣戰，麻貴又引兵前來，打正又往北撤。麻貴、董一元合兵一處，追出塞外80裡。此戰下來，打正1萬兵馬連死帶俘折損大半。打正敗退後，土昧、弭糾雷也撤退。就這樣，哱拜的第二次求援也以失敗而告終。
寧夏與播州：萬曆三大徵形勢圖
寧夏城由於處於窪地之中，西北面有金波湖、三塔湖，東南面有觀音湖、新渠、紅花渠，這些水源都比寧夏城要高。早在三月份哱拜叛亂的時候，朝廷廷議的時候就有人提出決水灌城。如今寧夏鎮久攻不下，葉夢熊就建議水攻。
與此同時，朝鮮的倭情已經如火如荼。神宗急需解決寧夏問題，好將大軍調往朝鮮。但前方傳來的消息是魏學曾剿撫不定，各部推諉忌功。皇帝於是罷免魏學曾平叛總督的職務，讓葉夢熊節制一切軍務，並將尚方寶劍由魏學曾改授予葉夢熊。
魏學曾既然被免職，便待罪軍中。七月十七日，環寧夏鎮的堤壩建成，魏學曾和葉夢熊想將大水引入堤壩內，然後再讓大水水淹寧夏城。大壩既然建好，葉夢熊便召開總督會議，布置軍事進攻戰略。
李如松竟然也懼怕葉夢熊，接到葉夢熊的命令，第一次參加了總督會議。
「聖上平叛心意已決，明日決水灌城，各路兵馬歸我統一調度。有不服從號令者，我有先斬後奏之權。」葉夢熊的一句話不僅預示著和談的最後破裂，也令李如松交出了兵權。
第二天，官兵挖開了高處的水源，大水沿著挖好的溝渠奔向寧夏鎮，大水灌至七月三十日，寧夏城外水深已達八九尺。一陣風吹來，水面竟起波浪。水已透過城牆滲了進來，城內士兵開始堵漏。
當天夜裡，城內叛軍從城上放下小舟，兩名士兵從城頭用繩子墜了下來。兩個人乘著小舟打算挖開外圍堤壩放水。埋伏在外面的官兵發現後射死一人，又生擒一人。官兵將此人帶到中軍大帳見到了葉夢熊。
「城內情況如何？」葉夢熊問道。
「自從官兵淹城以來，城內軍民惶恐，夜晚人都睡在房頂上。前些日子，百姓跟軍士發生衝突，百姓們要求軍士投降。哱承恩說朝廷已經頒發招安鐵券，官兵卻將鐵券藏而不發，欲破城後殺光百姓。百姓因此對城外官兵憤恨異常。」被捕軍士說。
聽此情況，葉夢熊便讓人寫了數百份告示，讓人綁在箭上射進城去。告示上的大意是官兵以招撫為主，城內百姓休要聽哱承恩謊言。可讓百姓先出城，由官軍供應糧食。告示一射進去，城內民情出現了鬆動。
八月十六日，葉夢熊謊稱朝廷的免罪鐵券已經來了，讓叛軍出城納降，同時令總兵劉承嗣暗暗埋伏。哱拜的先鋒軍劉東暘帶人出城，行至城外，發現明軍大營安靜異常，遂撤回城內。
十七日，抓捕魏學曾進京的錦衣衛來到軍中，並帶來了內閣旨意，嚴禁監軍梅國楨越權幹涉軍務。魏學曾走的時候，軍中將領皆來相送，梅國楨也前來送行。說來這還是兩個人的第一次見面，因為梅國楨主剿，魏學曾主撫，兩人一直是互相看不起，所以在軍中一直是通過書信來往。如今魏學曾要走了，梅國楨竟也悽悽然前來送行。
十八日，哱拜又遣人往河套著力兔處求援。二十一日，著力兔率3000騎兵劫了陝西運往寧夏的平叛糧餉，李如松出塞奔至賀蘭山，斬著力兔120騎，奪回糧餉。九月三日，1000浙兵在參將楊文的帶領下抵達寧夏鎮。葉夢熊督造的100艘衝鋒舟已經建造完畢。苗兵、漢兵、莊浪兵開始乘舟攻城。七日在水的浸泡下，北面城牆開始崩裂。九日，官兵與南城門的薛永壽約為內應，麻貴帶蒼頭軍猛攻北門，將叛軍主力吸引到了北門。在這種情況下，南城門的守將薛永壽撤了南門守衛，李如松一舉拿下南門。
這時候，南城門的守軍都撤入城內，官軍駐紮在城牆上，葉夢熊嚴禁官軍入城。此時城內仍有叛軍3萬人，城外的數萬官軍並不太佔優勢，而且進行巷戰比攻城戰更加艱辛，所以城內形勢比城外更加兇險。這場平叛看起來遠非那麼輕鬆。葉夢熊是想讓城內漢軍與蒙軍互相猜忌，然後將堡壘從內部攻破。
梅國楨讓人進入南關，找到一個賣油郎李登。李登說經常給哱拜家送油，識得哱拜。梅國楨給他10兩銀子，然後吩咐他行事。
李登先來到哱拜府上將梅國楨的信交給他。哱拜拆開信，只見信中寫道：將軍父子自歸朝廷以來，替朝廷鎮守邊疆，大小邊功數十次。現朝廷已查明，此次兵變完全是巡撫黨馨剋扣軍餉引起的，罪在黨馨。況且殺黨馨的乃是漢將劉東暘。將軍父子何苦代人受過，只要能殺劉東暘便可贖罪。
梅國楨的信無疑打動了這位蒙古族將領。他告訴李登，讓他回去告訴梅國楨，從葉夢熊那裡討來免死憑據。李登從哱拜府上離開後，又悄悄來到劉東暘府上。李登將梅國楨寫給劉東暘的信掏出來給他看。只見信中寫道：將軍乃漢臣，何必跟著別人造反，替他人頂罪。朝廷已經查明，殺黨馨乃哱拜指使。將軍只要殺掉叛黨，便可重歸朝廷。劉東暘看後不免心動，便把許朝招來商議對策。
這邊葉夢熊聽了李登帶回的消息後，便給哱承恩父子開了免死憑據。
九月十五日夜，劉東暘將土文秀喚來殺死。十六日清晨，哱承恩、周國柱帶人前往南城關殺掉許朝。接著周國柱又帶兵殺到北關，跟劉東暘手下打了起來，最後劉東暘及其手下兵馬全部被殺死。哱承恩隨後將劉東暘、許朝、土文秀的首級懸於城上。城內漢兵和蒙兵連殺兩日，已是血流成河。接著，官兵開始入城。官兵入城後將城內叛軍繳了械。
官兵入城後戲劇性的一幕出現了，無論是官兵，還是城內叛軍都歡天喜地，雙方像兄弟一樣擁抱起來。哱承恩將城內所餘馬匹、牛、羊盡數宰殺。哱拜也將家中之酒盡數拿出來。官兵與叛軍四處豪飲，行酒猜拳、稱兄道弟，而官兵將領皆去叛軍將領家中喝酒。
九月十七日，南城門大開，哱承恩出城迎接梅國楨和寧夏巡撫朱正色入城。十八日，葉夢熊入城慰問慶王宗室和城內百姓。葉夢熊看到街道上到處都是喝酒喧譁的士兵，還有很多百姓也跟著士兵們一起喝酒、吃肉。看見葉夢熊等人過來，軍士們竟然端起酒碗勸葉夢熊等人喝酒。看著眼前的場面，葉夢熊總覺得哪裡不對。他猛然醒悟過來，連忙將李如松喚來。葉夢熊在李如松耳邊如此吩咐一番，李如松隨即帶著那些沒有喝酒的士兵來驅散四處喝酒的士兵。
此時哱承恩正在梅國楨住處喝酒。喝完酒的哱承恩剛出門即被浙江參將楊文帶來的浙江兵綁了起來。這天清晨，總兵牛秉忠帶著禮物前往哱拜家拜訪。哱拜大喜，設宴款待牛秉忠。酒至正酣處，忽聞外面喊殺聲四起，牛秉忠慌忙辭別哱拜而出。哱拜遂將屋門關閉，哱拜對小兒小女說道：「我不能讓官兵將你們押進京活剮了啊！」
說完，哱拜將一家十幾口殺死，然後自殺。很快，李如松帶兵將哱拜府團團圍住。哱拜府上上上下下2000家丁被李如松搜殺乾淨。寧夏平後，哱承恩及其他被俘人員被押解進京，凌遲處死。