宋江徵討完方臘，梁山好漢損兵折將失去了一大半，早就對招安不滿的武松，為了義氣一路跟著宋江打完方臘，夜深時刻，吳用找到宋江，告訴宋江武松要在六和寺出家為僧，不願回京領賞。宋江得知這個消息後，似乎也是一點都不意外。武松畢竟是叫了自己哥哥的人，宋江即便是知道武松心意已定，但他還是去見了武松，希望能最後說服挽留住兄弟。打虎英雄武松已經失去了一個手臂，用武松的話說，他已經形同廢人了，希望宋江能放自己一命。場面一度陷入尷尬時，突然有小兵大喊：敵兵來了！剎那間所有人帶著兵器往外趕，到了外面後才知，根本不是什麼敵兵來了，而是外面錢塘江漲潮了，潮水的顏色略微泛紅，可能這一幕也暗示了他們所有人的結局，正如宋江的名字「及時雨送江」一般，終究是把好漢們都送到了江裡。
宋江班師回朝的路上，李俊不願跟宋江回京，但又不想傷害了大哥的心，他在半道上假裝生病摔倒下馬，安道全把了把脈，趁機幫了下李俊，告訴宋江氣血兩虧需要休息，李俊見安道全幫了自己，他趁機向宋江提出要童威童猛照管，軍師吳用也是猜到了李俊的意思，他趁機幫腔，助李俊兄弟三人稱病離開宋江。等宋江梁山隊伍回京後，宿景早就在門口等待，領著梁山好漢們進京面聖，儘管在宋江回京之前，童貫已經押解了方臘，但好在皇上還是比較明智，沒有信了高俅的小人之言。梁山好漢們每個人論功封賞，等到了阮小七封賞時，高俅突然站出，在皇上面前告狀說阮小七穿黃袍跑馬，本就不願進京當官的阮小七，正好被高俅這一告，被皇上貶為了庶民，回到石碣村自由自在的生活，就在阮小七辭別宋江回家當日，柴進、戴宗、關勝三人也來找宋江告別，他們要一起回鄉辭別。
一時之間兄弟們都要辭官回鄉，宋江懷疑自己難道自己真的做錯了嗎，看著遠去的兄弟，宋江低下頭留下了眼淚。浪子燕青害怕正面跟宋江告別，他趁宋江不注意時，偷偷坐船跟李師師二人浪跡江湖。送完這些回鄉的兄弟們後，宋江也準備去楚州當官去，一心要追隨哥哥的花榮，悄悄交了自己的官印，隨著宋江一起去楚州，防止朝中有些奸詐小人要害宋江。
梁山上被封了官的好漢們都悉數離去做官，然而朝中的高俅和蔡京，仍然是不願放過這些人，等梁山好漢一離開朝廷，高俅立馬給皇上進言，說是盧俊義招兵買馬要叛變，皇上自然也是不敢輕信高俅的話，奸詐蔡京見皇上搖擺不定，趁機給皇上進言，把盧俊義宣進宮裡問個清楚。
遠在廬州的盧俊義一接到皇上的聖旨，立馬坐船往宮裡趕。一向身體極好的盧俊義，不想卻被小人坑害，飯菜裡被人下了毒，盧俊義站在床頭直接噴出一口鮮血，隨後栽倒在河裡。梁山又一位好漢玉麒麟盧俊義就此隕落。此時梁山好漢已經悉數被滅，但朝堂上的高俅仍然是不願放過宋江，這一次他換了一個套路，在皇上面前一個勁的誇宋江好，必要時更是說服皇上，去給宋江送一壺御酒安撫宋江。也許是宋江已經猜到了自己的結局，他站在穿上，望著底下跟梁山水泊一樣的水泊，宋江臉上寫滿了哀愁。
朝廷送的御酒一送到宋江的府上，小李廣花榮和宋江都對酒起了疑心，花榮出於義氣搶先一步喝下第一杯御酒，喝完後沒有感覺任何不適，宋江這才喝下了第二杯。儘管宋江和花榮算盡了朝廷的詭計，但他們仍然沒有想到，御酒中竟然被下了慢性毒，喝下毒酒幾天後，兄弟兩人每日腹痛難忍。宋江知道自己跟花榮時日將近，但他在臨死前還需要做一件事，就是殺李逵！他知道李逵是最仗義，最聽自己話的弟弟，如果李逵知道自己被朝廷的酒給殺害了，一定會去大鬧朝廷給自己報仇，鐵牛李逵是從心底裡把宋江當哥哥，他明知宋江叫他來是給他喝毒酒，但他還是把剩下的半壺毒酒一口氣全喝了。
李逵花榮宋江一死，軍師吳用抱著他們的骨灰來到梁山，當初他是最後一個離開梁山的人，如今他又是唯一個回到梁山的人，梁山好漢們就此全部隕落。