本周最新文獻速遞
❞一「文獻題目：」 Integrating human brain proteomes with genome-wide association data implicates new proteins in Alzheimer's disease pathogenesis
「不想看英文題目：」 整合人腦蛋白質組與全基因組關聯數據，揭示阿爾茨海默氏病新蛋白質
「雜誌和影響因子：」 Nat Genet（27.603 1區 ）
「研究意義：」 全基因組關聯分析（GWAS）鑑定了多個阿爾茨海默氏病（AD）風險位點，但這些位點是如何影響AD仍不清楚。通過整合人腦蛋白質組與全基因組關聯數據，為AD的發病機理提供新見解。
「結論：」
1）整合AD GWAS結果（n=455,258）與376個人腦蛋白質組進行蛋白質組關聯分析（PWAS），發現13個基因的蛋白質水平與AD相關；
2）13個基因中，10個基因在重複隊列被驗證出來；
3）使用COLOC和SMR進行共定位分析，13個基因中，9個基因進一步被證實與AD相關；
4）結合共定位分析和重複隊列的結果，9個基因中，5個基因 (CTSH, DOC2A, ICA1L, LACTB 和 SNX32)在重複隊列中被重複出來；
5）對 AD（n = 63,926），肌萎縮性側索硬化（n = 80,610），帕金森病（n = 1,474,097），神經質（n = 390,278），身高（n = 693,529），體重指數（n = 681,275）和腰臀比（n = 694,649）進行PWAS分析，發現AD PWAS與AD GWAS重合度最高，說明AD PWAS結果具有特異性
「文章連結：」
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33510477/
DOI: 10.1038/s41588-020-00773-z
「公開的資料：」
pQTL：https://doi.org/10.7303/syn23627957
二「文獻題目：」 Dysregulation of the NRG1-ERBB pathway causes a developmental disorder with gastrointestinal dysmotility in humans
「不想看英文題目：」 NRG1-ERBB通路失調引起人類胃腸道運動能紊亂相關的發育障礙
「雜誌和影響因子：」 J Clin Invest（11.864 1區）
「研究意義：」 先天性巨結腸症(HSCR)為常見的腸神經系統發育異常疾病，活產發生率為1/5000。慢性假性腸梗阻(CIPO)的發生率較低，按照發病來源可分為肌源性和神經源性。CIPO具有遺傳異質性，通常由平滑肌特異性突變基因引起。本文通過研究一系列胃腸道運動能紊亂發育障礙相關疾病，探究其潛在的分子機制。
「結論：」
1）外顯子測序表明雙突變ERBB3/ERBB2主要與HSCR、CIPO、周圍神經性疾病和關節軟化有關；
2）腸道組織學檢查觀察到神經節和腸平滑肌異常；
3）此外，單細胞RNA測序數據進一步揭示ERBB3在腸祖細胞的重要作用；
4）RT-qPCR顯示ERBB3/ERBB2突變表現為基因表達水平降低或受體磷酸化發生改變；
5）總結：ERBB3或ERBB2的失調會引起廣泛的發育異常，包括胃腸道運動能紊亂相關的發育障礙；
「文章連結：」
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33497358/
doi: 10.1172/JCI145837
三「文獻題目：」 Exploiting the GTEx resources to decipher the mechanisms at GWAS loci
「不想看英文題目：」 利用GTEx資源揭示GWAS位點的機制
「雜誌和影響因子：」 Genome Biol（10.806 1區 ）
「研究意義：」 從轉錄組層面揭示全基因組關聯研究發現的基因座潛在的規律。
「結論：」
GTEx：49個組織、70例全基因組測序數據（WGS）、87個研究、23,268個蛋白質編碼基因和lncRNA；2）GWAS數據集：納入了74種不同複雜特徵，包括心臟代謝、血液學、神經系統疾病和人體測量學等；
3）整合GTEx和GWAS數據，觀察到複雜性狀相關位點主要為eQTL和sQTL，表明在複雜性狀相關位點參與基因的表達和剪接調控；
4）eQTL和sQTL位點對複雜性狀呈現劑量依賴性效應；
5）通過enloc和PrediXcan方法整合共定位和關聯分析結果，發現47％的GWAS基因座調控基因表達；
6）比較enloc、PrediXcan、SMR三種方法，顯示PrediXcan和enloc均表現出較好的靈敏度和特異性；
「文章連結：」
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33499903/
10.1186/s13059-020-02252-4
「公開的資料：」
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-02252-4#availability-of-data-and-materials
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