學校收費必須給每個學生出具票據，否則收費行為就是違規的。很多學校既有免稅收費項目又有應稅收費項目，在收取這些費用時，應區分不同的項目出具不同的票據。這裡應注意兩點：一是正確使用票據，二是財務上對應稅項目和免稅項目要分別核算。
財稅[2006]3號規定，「提供教育勞務取得的收入是指對列入規定招生計劃的在籍學生提供學歷教育勞務取得的收入，具體包括：經有關部門審核批准，按規定標準收取的學費、住宿費、課本費、作業本費、夥食費、考試報名費收入。超過規定收費標準的收費以及學校以各種名義收取的贊助費、擇校費等超過規定範圍的收入，不屬於免徵營業稅的教育勞務收入，一律按規定徵稅。」
文件以正列舉的方式明確了對超過標準的上述6項收費以及除6項之外的其他各種形式的收費，如補課費、跨區費、擇校費、新入學學生的軍訓、飯卡、體檢、保險、住宿和洗澡等費用，都不屬於免稅收費，即使是符合條件的從事學歷教育的學校收取的上述費用，仍然需要繳納營業稅。
《中華人民共和國營業稅暫行條例》規定，「納稅人兼營免稅、減稅項目的，應當單獨核算免稅、減稅項目的營業額；未單獨核算營業額的，不得免稅、減稅。」
因此，學校在收取各項費用時，應將免徵營業稅的收費與其他的各項收費分別核算，如果不分別核算的，免徵營業稅的6項收費收費將不能免予徵稅。
在收費票據的使用方面，財政部關於印發《行政事業性收費和政府性基金票據管理規定》的通知（財綜字[1998]104號）規定，「收費票據包括行政事業性收費票據和政府性基金票據，分為通用票據和專用票據兩類。通用票據是指滿足一般收費特點，具有通用性質的票據，適用於普通行政事業性收費。專用票據是指為適應特殊需要，具有特定式樣的專用性票據，適用於特定的行政事業性收費和政府性基金。專用票據分為定額專用票據和非定額專用票據兩種。」未按規定使用收費票據等違反收費票據管理規定的行為，「由財政部門或其委託的票據管理機構依法予以沒收，並可處以警告或罰款。對非經營性活動中的違法行為，處以1000元以下罰款；對經營性活動中的違法行為，有違法所得的，處以違法金額3倍以下不超過30000元的罰款，沒有違法所得的，處以10000元以下罰款。構成犯罪的，移交司法機關依法追究有關責任人員的刑事責任。」
按規定標準收取的學費、住宿費、課本費、作業本費、夥食費、考試報名費收入等6項收費屬於免徵營業稅的收入，應開具財政部門印製的《行政事業收費專用收據》。
學校收取應稅項目時，應使用稅務發票。《中華人民共和國發票管理辦法》規定，「所有單位和從事生產、經營活動的個人在購買商品、接受服務以及從事其他經營活動支付款項時，應當向收款方取得發票。取得發票時，不得要求變更品名和金額。不符合規定的發票，不得作為財務報銷憑證，任何單位和個人有權拒收。對於未按照規定取得發票等違反發票管理法規的行為，由稅務機關責令限期改正，沒收非法所得，可以並處1萬元以下的罰款。」
超過規定標準收取的學費、住宿費、課本費、作業本費、夥食費、考試報名費以及學校收取的補課費、跨區費、擇校費、新入學學生的軍訓、飯卡、體檢、保險、住宿和洗澡等費用，屬於營業稅應稅項目，學校在收取時應該出具稅務發票。
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