一）研讀《雜阿含經》的一大困難
《雜阿含經》說佛法的第一義，是四部《阿含》中最重要的一部。可惜，本經在譯出後未得到好好整理，卷次混亂，品目不明，很不好研讀；加上在譯出後短短數十年間便已失去兩卷，傳者誤以譯者求那跋陀羅的另譯《無憂王經》編入充數，這就更令後來讀本經的人摸不著頭腦，因為《無憂王經》說的是西元前三世紀的人物阿育王的事跡，其內容與本經毫無關係。
由於本經存在著上述問題，學者要理出它的脈絡就障礙重重，而脈絡不清楚，要讀通本經便非常困難。猶幸近代佛教學者呂澂先生及當今大德印順法師先後對本經深入研究，發覺本經自有一完整組織而非文亂無次。呂氏發現有宗要典《瑜伽師地論》（以下簡稱《瑜伽論》）卷八十五至九十八為《雜阿含》的本母（按：本母是順著經典來申明經義，貫通經旨的論釋），而卷三所說的九事，及卷二十五解釋契經的意義，亦說出本經的內容要略與品目次第。
印師則以呂氏的研究為基礎，著《雜阿含經論會編》一書（以下簡稱《會編》），對本經作全面性的探索、整理，使全經的原貌得以恢復。
不過，牽涉本經組織的問題紛繁複雜，而呂氏的考究言簡意賅，印師的探索則深細周密，初習本經的學者要了解是並不容易的。筆者亦有感本經組織問題之重要而又複雜，故專闢一章以明其事，並儘量去繁就簡，以三數主線理出全經脈絡，期使讀者能較易掌握全經的綱要。但有佛學同修反映，這一章還是說的繁複，不易明白。筆者由此想到，有同樣困難的讀者可能為數不少，為方便這些讀者，筆者特撰此短文，用提要方式，更扼要地說明本經的結構。希望一般讀者都能藉此窺見本經的輪廓。因為只是提要，所以偏於說明，不重引證。
（二）《雜阿含經》由三部分組成
佛陀的教法，博大深廣，但別其形式與內容，不出下列十二類：
一．契經、
二．應頌、
三．記說（或記別）、
四．諷頌、
五．自說、
六．因緣、
七．譬喻、
八．本事（或如是語）、
九．本生、
十．方廣、
十一．未曾有、
十二．論議，
此即十二分教（舊譯十二部經）。其中最先成立的，是契經、應頌及記說，也就是組成《雜阿含經》的三個部分。
契經（Sutra），音譯修多羅：本來是當日印度流行的文體，是一種簡潔的散文，用來記述複雜的禮儀制度，使傳習者易於記憶。佛教隨順世間，即用這種文體結集經教，亦以此名指稱最初結集的經典。所以，廣義說，契經是一切佛說的總稱，包括大小乘所有經典，在大乘佛教興起之前，則指《阿含經》。
狹義說，契經即指十二分教的第一類，是組成經典的十二種體裁的其中一種。在原始佛教來說，這就是《雜阿含》的宗要部分。《瑜伽論》卷八十五至九十八《雜阿含》本母所解釋的，也是這部分。此包括四誦，即五陰誦、六入處誦、雜因誦、道品誦。其中
五陰誦說五陰；
六入處誦說根、境、識三事的關聯；
雜因誦說緣起、四食、四諦、種種界及三受；
道品誦則說三十七道品、三學及四不壞淨。
這一部分賅括了原始佛教的基本教義及修道方法，使《雜阿含》成為原始佛教的最重要經典。
應頌（Geya），音譯只夜：這是以偈頌寫的經文，本來是用來重述前段契經的長行（散文），以便傳經者諷誦。在《雜阿含》則用以對一般眾生宣說較顯淺的不了義教。這部只有一誦，名「八眾誦」。八眾指剎帝利、婆羅門、居士、沙門等人四眾，及四天王、三十三天、夜摩天、梵天等天四眾。所說有對王者、婆羅門的開導，對天子的教化，對帝釋（三十三天的天主）護法的讚許，都是為普應印度社會大眾的需要而施設的通俗教化，以方便生善為主旨，少涉第一義深法。
記說（Vyakarana），音譯和伽羅那：原有三種性質。
一是佛預記弟子未來生處；
二是宣說了義的經教；
三是補充應頌的略義，以開顯經的深意。
在《雜阿含》，這是佛及弟子雜說法義的長行，內容與第一部分的 契經大約相近。所以，這本來是附於契經之內的，沒有獨立成誦。但由於記說是問答體，體裁與契經不同，印順法師因而將這部分從契經的四誦中分出來，獨立成為兩誦，由弟子說法的名弟子所說誦；由佛陀說法的，名如來所說誦。
這部分所收的經文大部分為問答體，對法義的解釋較為詳細。在說法的形式方面，有佛陀與弟子，及弟子與弟子間的問題；佛陀或弟子對在家眾及外道說法，所顯的是經的深密意，和第一部分的契經同樣了義。所以，兩類經文有時不易分辨是契經或記說，要由《瑜伽論》的《雜阿含》本母是否有論義而作辨別，有論義的是契經，沒有的便是記說，因為本母是只申明契經之義理的。
（三）七誦九事五十一相 應
由以上說明，可知《雜阿含》由三類分教組成，共有七誦，依次為
一、五陰誦、
二、六入處誦、
三、雜因誦、
四、道品誦、
五、八眾誦、
六、弟子所說誦、
七、如來所說誦。
每誦之下說一個或多個事項，如五陰誦，只說五陰，道品誦則說四念處等多種修道方法。根據《瑜伽論》（卷八十五）及《根本說一切有部毗奈耶雜事》（卷三十九），這些事項是名為「相應」的。所謂相應，是說將同一類的事義集為一誦，如凡說五陰的，便編入五陰誦；說念處、正勤、神足等與修道有關的，便編入道品誦；用偈頌說的，便編入八眾誦。
此中八眾誦依經文的形式集錄同類，其他各誦則依說法的內容集錄同類。這樣，同一類中，事義一一關聯對應，就是相應了。因此，便以「相應」稱誦中各事項，如眾相應，念處相應之類，依《會編》的考訂，《雜阿含》應分為七誦五十一相應。「誦」是大項，猶如「品」；「相應」是小項，猶如「節」。每一相應都有經文若干段。七誦中，五陰、六入處兩誦的相應數目最少，皆只得一項，其餘雜因誦有四，道品誦有十，八眾誦有十一，弟子所說誦有六，如來所說誦有十八，合計便得五十一之數。
五十一相應涉及的事義似乎多而雜，其實不出九事，這是《瑜伽論》所歸納出來的。據《瑜伽論》，九事即（引號內為論的原文）：
一、「有情事，謂五取蘊」（分析有情的身心，屬五陰誦）；
二、「受用事，謂十二處」（有情的六根受用六境，屬六入處誦）；
三、「生起事者，謂十二緣起及緣生」（說有情的流轉生死，屬雜因誦的因緣相應）；
四、 「安住事者，謂四食」（有情住世，依靠四食維持生命，原屬雜因誦的食相應，因只有八段經文，經數過少，《會編》將之附於因緣相應下，不另立相應）；
五、「染淨事者，謂四聖諦」（四諦之苦集說染，滅道說淨，屬雜因誦的諦相應）；
六、「差別事者，謂無量界」（本經說三界、六界、十八界等種種界，故言差別，屬雜因誦的界相應）；
七、「說者事者，謂佛及彼弟子」（指弟子所說誦、如來所說誦。因所說項目多而雜，故但以「說者」稱此事）；
八、「所說事者，謂四念住等 提分法」（佛說法無量，卻以教行人修道為其主旨，故獨以菩提分法得名「所說」。此屬道品誦）；
九、「眾會事者，所謂八眾」 （指八眾誦，亦因所說項目雜多，而以說法對象為事之名）。讀者若以九事覆對上文所說的三大部分及七誦，便知道全經的內容確不離此。
《雜阿含》全五十卷，佚失兩卷，七誦的前四誦佔二十一卷，為弟子說第一義法，是全經的核心。第五誦佔十三卷，說通俗的方便法門，照顧一般人天眾生。最後兩誦佔十四卷，發揮各種法義，可視之為前四誦的輔翼。全經義兼真實與方便，不但三乘行人所應共依，即人天凡夫亦可以此為出世的前導。
（四）現存本與重整本
現存本《雜阿含》除了有數處舉出品誦的名稱外，再沒有其他標題分目可藉以看到經的綱領；而且如上文開首所述，經文有兩卷佚失，而傳者硬羼入《無憂王經》以補數；另外，又有多處錯卷，如卷十本為陰相應，卻誤編入六入處誦，卷四本為八眾誦的婆羅門相應，而誤編入五陰誦之類，如果不是《大正藏》將每段經文加上經號，研讀或引據便非常不便。不過，雖然《大正藏》加上經號，對讀者探索全經的組織脈絡一事，依然毫無裨助。
《會編》依《瑜伽論》及其他三藏的文證，再比照南傳《相應部》（相當於北傳的《雜阿含》）的同異，將全經徹底整理，糾正現存本卷帙的錯亂，分全經為七誦五十一相應，這樣便釐清全經的品次組織，重現它的原貌。此外，《會編》更將經文與《瑜伽論》的本母論文比對合編，學者對讀經論，非常方便，而且更可藉此加深對本經宗要部分的理解。所以《會編》應是至今為止最完善的《雜阿含經》讀本。
除《會編》外，一九八三年出版的《佛光大藏經》的《阿含藏》亦收有編整過的《雜阿含經》。此本的修訂，亦以《會編》為根據，無論分教，相應或九事的編排，都與《會編》同，所不同的，是此本將弟子所說及如來所說兩誦的經文散附於前四誦文內。因此，全經分為五誦而非七誦，其經次第與《會編》便有差別，除此，兩本的標點句讀，亦間見歧異，而《阿含藏》則多了一點名相的注釋，以及對每經的簡短提要。
有了這兩種重整本，今人研讀《雜阿含經》是方便得多了。對於重整本經的諸大德，尤其是印順法師，學者實應深致讚嘆！