我最近迷上了一個很棒的文件資料管理軟體：Zotero，可謂是科研人員的必備工具。我搜索了一下發現網上對Zotero的介紹文章大多陳舊不堪，於是我寫下這篇文章來推薦一下Zotero。
簡介Zotero是一個資料管理軟體。對於科研人員來說，每天需要閱讀大量的文獻資料，要對其進行整理、歸類，方便日後寫作的時候能引用、總結。這是一個相當痛苦的過程，數百上千篇文章使用文件夾進行管理，很快就會凌亂不堪。更糟糕的是，從學術網站上下載的文章，文件名大多是機器自動生成的隨機名，你需要手動一個一個更改。最後，為了能在寫作的文章中引用論文，你還需要手動維護一個Bibtex列表（或是其它任意的引用列表）。我相信大部分科研人員都經歷了和我一樣的過程，先是手動整理，後來實在崩潰了，就會到處找文檔管理軟體。我試過了Mac上的Papers以及Mendeley，後來選擇了Mendeley，因為其跨平臺並且免費。用了相當長一段時間Mendeley，但是覺得其功能單薄，不是很滿意，直到遇上了Zotero。
Zotero擁有Mendeley所有的功能，文檔整理、文件夾式分類、輸出BibTex、小組分享等等，還擁有強大的全文搜索、Zotero Connector等等強大貼心的獨有功能。Zotero不僅可以整理文檔，還可以收錄網頁、博客、郵件、圖片、視頻等等，幾乎就是一個Evernote和Mendeley的綜合體。
下面我將向大家詳細介紹Zotero的安裝配置與使用心得。
Zotero安裝Zotero是免費軟體，可從其官網直接下載安裝：https://www.zotero.org。值得一提的是，Zotero有各個平臺的Standalone版本，也可以通過安裝Firefox Extension在Firefox中直接使用。我並不推薦在Firefox中使用Zotero.因為我沒有Firefox。
各個平臺版本的安裝過程可能略有不同。在Mac上，把Zotero移入Application文件夾後第一次啟動，會提示你是否安裝Zotero Connector和Word processors add-in。前者是一個瀏覽器插件，是Zotero兩大神器之一，必裝。後者是字處理軟體插件，目前只支持Microsoft Office和LibreOffice兩種。這個可以按需安裝，我從不使用Word來寫paper，所以我就選擇了...安裝。當然即使你選擇了不安裝，日後需要用了，也可以在Preference->Cite中選擇安裝。
Zotero的配置首先我們來配置Preference->Search項。這裡我們需要安裝兩個xpdf插件（pdftotext和pdfinfo），從而實現Zotero第一個神級功能：全文檢索。
安裝好並等待全文檢索Index建立好後，就可以使用全文檢索啦：
檢索結果如下：
我們注意到，這時候Zotero會搜索文中」multi-hop「這個關鍵詞，而不是僅僅搜索Title/Tag裡的關鍵詞。這是Mendeley不具有的功能，非常實用。
然後我們來配置Preference->Sync同步功能。首先我們需要註冊一個Zotero的帳號用來同步。
值得一提的是，Zotero的免費雲存儲空間只有300M。我們可以通過WebDav的方式來把實際的文檔存儲到其它的雲服務，這樣就不用使用Zotero本身的付費服務了。我推薦使用堅果雲，這也是我唯一找到支持WebDav並且每個月有1G免費流量的雲存儲服務了，希望它能越辦越好！設置非常簡單，註冊好後就可以使用：https://www.jianguoyun.com
另外還有一種解決方法是，可以吧Preference->Advanced->Files and Folders下的Data Directory Location改到任意一個雲服務（如Dropbox或iCloud），直接同步Zotero所有數據，從而實現多臺電腦間Zotero的同步。
不過我不是很推薦這種方法。第一我沒有試過，不知道會不會造成數據混亂。第二個這個方法會導致沒法使用後文將提到的Papership（iPad上的文檔管理App）。
Zotero還可以配置支持OpenURL的搜尋引擎。Zotero默認就支持Google Scholar搜索。下圖是添加哈佛大學的搜尋引擎示意。我覺得這個功能不是很實用，就不多做介紹了：
最後，我們可以在Export裡選擇需要的輸出格式（我自然選擇BibTex了）。我還建議在General調大字體，Mac上默認是最小字體，實在是太小了。
Zotero的使用從Mendely到Zotero首先在Mendele中，選中要所有導出的文件，然後右鍵->Export，選擇輸出格式：RIS，保存即可
如果在Mendele中用了文件夾對文檔進行分類管理，目前我的解決方法只能是一個一個文件夾導出，然後在Zotero裡File->Import一個一個導入。這樣Mendeley中的文件夾結構可以在Zotero裡得到完整的導入。使用這種方法，文檔信息和實際文檔都會導入到Zotero中，非常方便。
Zotero Connector厲害了我的哥，這就是神器啦！實際上這是一個瀏覽器的插件，可以自動獲取頁面內容並保存到Zotero裡。Mendeley也有類似的功能，但是它只是一個簡單的書籤，只能把簡單地把頁面信息保存起來。而Zotero這個插件功能強大，不僅可以保存頁面信息，還可以根據不同頁面內容，把相應的文件、圖片、視頻等一起抓回來自動保存。比如我常用到的IEEEXpolore搜索，在搜到一篇文章後，Zotero Connector會把文章信息、文章簡介、文檔都抓回來保存好，省去了我們手動下載文件、修改文件名、手動維護BibTeX條目等等繁瑣的步驟
新條目會被自動保存到當前選中的文件夾：
所以在使用這個功能的時候，我們要事先選好新增條目要放在哪個Zotero的子目錄下。當用Zotero Connector獲取一般網頁的時候，它會把網頁做一個完整的snapshot保存下來，非常方便。
Zotero Connector並不是在每個網頁都可以使用，只有其支持的網頁才能被激活。但是它是可以被擴展的。通過Preference->Advanced->Files and Folders->Data Directory Location，選擇Show Data Directory，我們可以看到Zotero保存的所有數據，其中translators文件下的js文件，就是Zotero Connector的配置文件了，每一個js文件支持一個特定的網頁，我們新增js文件即可擴展Connector。當然具體怎麼擴展，就不是我這種懶人會的啦，有興趣的讀者可以查看Zotero的官方文檔。
值得一提的是，使用Shadowsocks科學上網的童鞋，需要把proxy模式設置成auto proxy，全局模式下，Zotero Connector無法自動下載文件，不清楚為什麼。
Zotero資料管理Zotero既支持tag管理，也支持文件夾式管理。這就使得文件管理靈活多樣。我推薦使用文件夾式管理做大方向的縱向樹狀管理，用tag做精細的交叉橫向管理。具體說來，我會把我看的文章按研究大方向分成幾個大類，比如是CS或者是通信的，然後CS下會有Big Data、Computer Network等，通信下有D2D、D2D-MIMO等。一般說來，這樣的方向性分類兩層是最合適的，不推薦超過三層，否則會非常分散和凌亂。而Tag非常靈活，適合根據文章內容做橫向管理。比如一篇Computer Network下的文章，可能用了新的優化算法，涉及了D2D某部分應用，是某個大牛系列文章中的一篇，於是tag就可以根據這三個內容做標記。結合兩者，可以很好地整理、歸納我看過的資料，搜索起來也非常方便，比Mendely不知道高到哪裡去了。
Zotero裡新建分組文件夾是很簡單的，在左邊文件夾的pannel裡右鍵即有選項。Zotero給文章建立tags，可以點擊某一篇文章，右邊的信息欄選中tags，Zotero會自動列出它根據文章內容分析得到的tags列表，你可以選擇其中的添加，也可以自己新建tags添加。
與Mendeley不同的是，Zotero沒有內建的pdf瀏覽器，當你點擊文件的時候，會自動打開默認的文件瀏覽器。這點我覺得比Mendeley贊多了。
Zotero有個小小的遺憾，就是不能夠如同Mendeley那樣直接添加PDF文檔然後通過搜索自動補全文檔信息形成新條目。我每次添加PDF文檔的時候，需要新建一個新條目（手動輸入內容，或是在網上搜索，通過Zotero Connector抓取回來），然後右鍵選擇添加附件，把這個PDF放進去，這個過程稍微有些繁瑣。不清楚大家在添加PDF文檔的時候是否有更好的解決辦法？
小組分享Zotero和Mendeley一樣有分享功能。我們在軟體裡點擊新建分享組，軟體會自動打開建立新分享組的頁面。你可以選擇這個分享組是public的、public limited的還是Private的。
新建分組後，可以在網頁裡邀請新成員，也可以給每個成員設置權限（是否可以edit，是否可以邀請其它成員）。Zotero的小組分享功能比Mendeley強大很多。小小遺憾在於它需要在網頁裡操作，沒有集成到軟體裡來，略有不便。
PapershipMendeley有自己的Android/iOS Apps，而Zotero沒有。於是我們就需要Papership這個App啦。這是一個很贊的iOS/Android（好吧，其實我沒關注Papership是否有Android版本，我覺得有的）文件管理App，通過登錄Zotero帳號和在Settings->Zotero File Hosting把WebDav設置成Zotero裡的WebDav即可同步所有Zotero的信息。
Papership是一個相當清爽的文件管理App。免費版不支持文檔標記。我一般會將要看的文檔export到這篇文章中提到的LiquitText或者GoodReader來閱讀和做筆記。當然這會出現一個問題：標註後的文檔如何才能保存回原來的Zotero條目中，我目前還沒有什麼好辦法可以解決。
結語總體說來，Zotero是一款非常棒的文件管理軟體，是科研工作的好幫手，希望大家喜歡！