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一、順理成章，依理定形
一般來說，文章採用的基本推理形式，決定著文章的內在結構形式。例如，一篇文章主要是想探討某一事物產生的原因，反映在結構上，必然有因果關係的兩個部分。或者由結果推斷原因，或者由原因推斷結果，缺一不可。又如，論述事物一般與個別的關係，或從個別到一般，或從一般到個別，或從個別到個別，反映在結構上，從個別到一般，總是要逐一分析個別事物的特徵，然後歸納出一般事物的特性；從一般到個別，也必然一般結論在先，而後再觸及個別事物的特徵。如果違背了這一發展邏輯，其結構就會顯得不合理。比如，有的學生為了得出一個一般結論，只建立在一個事例的剖析上，如果沒有充分理由證明這一事例本身具有普遍性，那麼從中得出的一般結論是沒有說服力的，論文的結構是不合理的。再如，在論述事物的對立統一關係時，總少不了正反、前後、表裡、上下、質量等各對矛盾的兩個方面的分析對比。
忽略一個方面，就會產生片面性。不少畢業論文也往往犯這一錯誤，比如《國有公路運輸企業單車承包之我見》一文，針對社會上和企業內部對單車承包的各種否定看法，提出自己的見解，這雖然是可以的，但問題在於論文基本上完全肯定了這種承包方法，實際上這種承包方法既有其正面作用，也不可否認有它的反面作用，這已為實踐的發展所證實。片面地肯定某一方面，這種偏激的論述方式往往經受不住時間的考驗。所以，理的發展，不能不遵循人類的思維規律。違反了，理就不通，文就不順。講同樣一個道理，比如，人類是在不斷進步的，社論、文學評論、經濟論文的外在形式，可以是完全不同的。但在這個理論的內部結構上又是一致的。當然，我們這裡講的是基本形式，並不排斥與其它推理形式的結合與交替使用。
二、以意為主，首尾員一
意是文章的中心，是主腦，是統帥。要寫好畢業論文，就要抓住中心。這個中心的要求應當是簡單明了的，能夠一言以蔽之，可以達到以簡治繁的目的。抓住這樣的中心，緊扣不放，一線到底，中途不可轉換論題，不可停滯，不可跳躍遺隙，這樣就能使中心思想的發展具有連續性。比如，論文《關於提高國有公路運輸企業整體優勢之我見》就緊緊圍繞中心論點，論述了：
1．國有公路運輸企業整體優勢綜述；
2．國有公路運輸企業整體優勢下降的現狀；
3．國有公路運輸企業整體優勢下降的原因；
4．提高國有公路運輸企業整體優勢的途徑。
可謂「以意為主，首尾貫一」，點滴不漏。
作為一篇論文，從思想的發展來說，要一層一層地講，講透了一層，再講另一層意思。開頭提出的問題，當中要有分析，結尾要有回答，做到前有呼，後有應。比如論文《對發展和完善建築市場的有關問題思考》，圍繞發展和完善建築市場這一中心論點，首先從理論和實踐雙重角度論述了發展和完善建築市場的地位和作用，其次從深化體制改革和諸多因素共同作用的分析中探索了發展和完善建築市場的條件和基礎，從條件和基礎的差距出發再探究發展和完善建築市場的方向和過程，提出了建築市場的長遠發展方向和發展全過程；最後，對近期建築市場的發展提出操作性很強的措施和對策。層層剖橋，前後呼應，成為一篇優秀論文。雖然，作為一篇優秀論文，還須做到每層之間瞻前顧後，後面講的與前面不要有矛盾，留在後面說的，也不要在前面一氣說光。中心思想能夠貫通始終，才能真正做到「文以傳意」，不流其詞，文章自然增色。
三、層第有序，條理清晰
文章要有層次，有條理，這和材料的安排處理關係極大。材料之間的相互關係不同，處理方式也不同，不能錯亂，錯亂了，層次就不清楚，自然也不會有條理。
例如，平行關係。文章各部分材料之間，沒有主從關係，在順序上誰先誰後都可以，影響不大。例如介紹利潤率，有成本利潤率，工資利潤率，資金利潤率等；介紹價格，有消費品價格、生產資料價格、服務價格、土地價格、住宅價格等等，不論先介紹哪一個都可以。
遞進關係，有些材料之間的次序不可隨意顛倒，遞進關係就是這樣，這些材料之間是一種一層比一層深入的關係，顛倒了就會造成邏輯混亂。同樣以上面的價格為例，如果要結合經濟體制改革的進程來談論它，那就應該先講消費品價格，因為我們最早承認消費品是商品，其次應介紹生產資料價格，在黨的十二屆三中全會之後，我們拋棄了傳統的「生產資料不是商品」的觀點；接下去才介紹服務價格、土地價格、住宅價格，等等，這一類要素價格一直到1992年之後，我們才認識到必須主要由市場形成，以上這種表述，表明了我們認識的不斷深化。遞進關係處理得好，就能造成步步深入，道理猶如剝繭抽絲，愈轉愈雋。
接續關係。前一部分與後一部分有直接的邏輯聯繫，層次雖分，道理末盡。前一層有未盡之意有待後面續接，不可中斷。比如按行進過程順序安排論據，闡述某些事實，就比較多的採取這一種方式。像在論述股份合作制經濟的發展時，作者就往往從起緣、發展、完善這樣一個行進過程來層層展開，顯得層次清楚，有條有理。
對立關係。文章論述的事理是對立統一體。為正反、表裡、前後、質量、勝負、成績缺點等等。它們有聯繫又有區別。論述的重點在於闡明它們是辯證的統一，不能將它們孤立地對待。那麼在論述時，就不能強調了一面而忽略了另一面。由於畢業學員理論功底不很深厚；辯證思維的方式掌握得不是很好，所以，往往在畢業論文的撰寫中犯片面性錯誤，為強調某一事物的作用，就把其說得好得不得了，通篇都是正面材料，沒有任何不足之處；而要否定某一事物，就把其說得差得不得了，通篇都是反面材料，沒有任何長足之處，這種論文從結構的角度來說是層次失衡，有悖常理。
總之，理清了事物間的相互關係，並在結構中體現出來，文章的眉目就清楚了
四、接榫細密，轉折自然古人作文講究起、承、轉、合。起、合是總起、總結問題。承、轉是接榫、轉折問題。要使文章上上下下渾然一體，沒有斷裂痕跡，使文氣貫通下來，說理有節奏，接榫和轉折是不能不注意的問題。
接榫是一部分內容與另一部分內容接頭的地方。就像木製家具的「榫頭」。凹凸之處，不能大，不能小，要正好合適，做出來的東西才能精美。如接不下、接不緊，就既難看，又不適合，寫畢業論文也是如此。一篇論文很好，但一個接榫出毛病，就會鑄成錯誤。因為它在文章中起著承上啟下的作用，是上下聯繫的紐帶，稍不留意，就會造成意的脫節。要解決這個問題，就要交代明白聯繫的媒介與中心環節，通常是通過過渡來實現的。在論文中有段落作過渡，比如，一篇論述農村股份合作制的論文，在介紹了五種不同的開發農村股份合作制形式之後寫道「上述這些形式，由於生產要素不同，入股合作的方法也不同，因此，收益分配的比例也有差異。」用這段過渡，接下去就很自然地轉到對這幾種不同股份合作制形式的收益分配的剖析上。
也有以句子作過渡，比如有一學員對鄧小平的農業思想指引著××市農業生產不斷發展進行論述，先敘述了鄧小平同志一系列「農業是根本」的思想，接著要論述××市農業生產在這一思想指引下不斷發展的問題，中間就以「在鄧小平同志『農業是根本』的思想指引下，××市對農業重要性認識不斷深化」作為過渡，顯得很平穩、自然。還有更多的是用詞語作過渡，像「所以」、「因此」、「顯然」等等都屬於這一類。為使過渡得法、得體，必須弄清楚上下兩段關係怎樣，然後再決定用什麼形式把它們聯結起來。有些地方需要議論發揮，有的地方需要借曾穿插，有的地方要有比較複雜的判斷與推理，不能抽掉它們。省略了，文章就會急轉直下，使人感到突冗。
轉折，指兩層意思的轉換。在論文中也同樣有段落作轉折，有句子作轉折，也有詞語作轉折。比如有一學員對傳統勞動用工制度進行剖析，先實事求是地論述了我國國有企業實行的固定工制度曾經起過作用，接著要論述這種固定工制度的實行越來越不適應社會經濟的發展，帶來了一系列問題，中間就以「但是由於長期來片面地把人人就業當作社會主義制度的優越性看待，由此帶來了兩大問題」，這就是以句子作為轉折，使上下文之間顯得轉折得體、自然。此外，我國傳統的轉折手法還有提法(明轉)、駐法(暗轉)，有急轉、緩轉，有在前頭富開一筆勾魂動魄的後轉，也有篇末暗送秋波的前轉。具體選取何種方法轉折，要看具體情況而定。
五、瞻前顧後，調整結構
結構是文章內容的組織安排形式，論文的結構應是順暢有序，層次清晰，前呼後應，合乎邏輯。結構一旦確定下來，還須進行一番修改工作，以防止事後的返工。結構的修改主要從三方面檢查入手：其一，看各層次是否明白清晰，有無重複或相互矛盾的地方，有無缺少或多餘之處，意思上是否連貫通暢，是否達到了各分論點的證明要求；其二，看各層次之間的過渡與照應是否吻合，起承轉合是否自然得體，各段落之間的銜接是否緊密；其三，看序論、本論與結論是否協調一致，是否有前已呼而後不應，前面提出問題而後面沒有做回答的情況。總之，結構上的修改，是要把混亂的層次劃分清楚，把不合理的段落安排妥當，把上下不銜接的改得連貫，把前後不照應的改得呼應，把詳略不得體的改得相宜。儘量做到天衣無縫，不留痕跡。