《火影忍者》其中最大的看點之一就是各種各樣的忍術對決了。從最前期的卡卡西帶領的第七班和霧隱叛忍忍刀七人眾的再不斬鬥智鬥勇，第一次中忍考試下忍們的戰鬥。再到大蛇丸決戰三代火影，再到鳴人開掛戰我愛羅，一直到佩恩入侵木葉村。戰鬥更是高潮不斷，此起彼伏。
就從第一次戰鬥第七班對決再不斬和白吧。第一次遭遇戰，卡卡西分心照顧沒有戰鬥經驗的三個學生，依靠著寫輪眼勉強打退這次敵人的試探。
第二次正面迎敵，戰鬥很有針對性了。再不斬展開濃霧抵消掉寫輪眼，依靠著自身天賦在霧中靠著聽力對卡卡西下手，卡卡西通靈出狗子利用嗅覺捕捉到再不斬，然後寫輪眼發威，再來一記「神威」解決了戰鬥。而另一邊三人組對決白，也是各種秘術鬥智鬥勇，最後佐助開了寫輪眼鳴人洩露九尾查克拉，勉強保住了小命。這是第一次戰鬥，就給人們展示了忍者們驚心動魄的戰鬥。
第二次大型戰鬥，第一次中忍考試，無論是鹿丸對決手鞠，還是小李對決我愛羅。然後大蛇丸帶領音忍砂忍進攻木葉忍村。三代華麗的忍術和大蛇丸的「穢土轉生」更是打開了新世界的大門。
然後就是卡卡西帶著豬鹿蝶狙擊角都飛段。兩方的戰鬥更是高潮不斷。卡卡西偷襲角都，一記雷切「以雷克土」破掉了角都的土遁心臟。然後發現角都是有五顆心臟的，要一起打死才能完全殺死角都。
角都用風火各自加成攻擊卡卡西，卡卡西用水陣壁格擋，但是風火克水。卡卡西被擒。鹿丸採到角都的血假裝被飛段詛咒，結果飛段咒掉了角都一顆心臟。角都大怒，剛要殺死卡卡西，鳴人駕到，一記風遁·螺旋手裏劍將角都送上天。
火影忍者中，最為高潮的戰鬥就是鳴人戰佩恩了。現實卡卡西帶著秋道父子對決佩恩，「雷分身、突襲、雷切、土壁流、神威」卡卡西眼花繚亂的操作，都被佩恩一記神羅天徵格擋，然後卡卡西被打死。木葉村毀滅，鳴人駕到。
現實一記螺旋丸殺死修羅道，蛙組手殺死餓鬼道，仙法·螺旋手裏劍殺雞人間道，在蛤蟆丸肚子裡殺死畜生道，用計殺死地獄道，然後因為老婆受傷暴怒激活九尾，殺死天道。戰鬥堪稱火影最經典一戰了。
在這之後開始，從鼬使出須佐能乎後，所有的戰鬥就都是核彈對轟了，誰的核彈威力足誰就贏，火影就從這裡開始崩壞了。