一、清軍收復新疆概述
1864年（同治三年），中亞細亞浩罕國趁新疆內亂之際，派將軍阿古柏入侵新疆，佔據天山南北大片領土，並在公元1867年（同治六年）在俄、英兩國支持下，悍然成立哲德沙爾汗國，自立為王。1871年，對我國西北領土垂涎已久的沙俄乾脆直接出兵，佔領西北重鎮伊犁。
1875年，清政府任命左宗棠為欽差大臣，全權督辦新疆軍務。清軍收復新疆困難重重，這是一場拼後勤的戰爭，左宗棠準備了一年半時間，籌備糧草軍需、整頓編組部隊，集合了包括道員劉錦棠部（老湘軍）、都統金順部（八旗軍）、提督張曜部（嵩武軍）、提督金運昌部（卓勝軍）、提督董福祥部（甘軍）、提督徐佔彪部（蜀軍）等為主的作戰部隊組成西徵軍，約六七萬人，入疆作戰。其中以劉錦棠、 金順部為主力。從 1876年（光緒二年 ）8月中旬首戰古牧地開始，西徵大軍僅用了不到一年半的時間，就收復了除伊犁以外的全部失地。
二、劉錦棠擔任前敵指揮
劉錦棠（1844～1894），字毅齋，湖南湘鄉人。15歲時跟隨叔父劉松山開始了在湘軍的軍旅生涯。深受左宗棠賞識，後來親自保舉他「 以道員即選，並加按察使銜 」。1870年 （同治九年）初，劉松山在金積堡之戰中陣後，劉錦棠接管了老湘軍。1875年左宗棠督辦新疆軍務，年僅31歲的為左宗棠所賞識，被任命為總理行營營務、前敵指揮，負責指揮進疆作戰，金順以西徵軍第二長官的身份擔任前敵指揮。
進疆作戰是一項艱巨的任務。1876年4月7日，左宗棠部由蘭州移防肅州，兵分多路西進，開始進擊阿古柏部。劉錦棠率馬、步軍二十四營，共一萬餘人，進入新疆。按照左宗棠制定的「先北後南」的方針，西徵大軍決定首先收復南北疆的交通要衝烏魯木齊。得知清軍入疆後，阿古柏急命馬人得、馬明、白彥虎等分守烏魯木齊、昌吉、呼圖壁、瑪納斯、古牧地等地頑抗，阻止清軍前進。7月，劉錦棠到達吉木薩爾後，會合先期進疆的金順部三十九營人馬，採用聲東擊西戰術，明走大道暗抄小道，經過數天激戰，攻克古牧地（今新疆米泉），殲敵六千餘人。接著，清軍乘勝進攻，於1876年8月18日攻克烏魯木齊，跟隨叛亂的匪首白彥虎、馬人得等棄城而逃。後又克昌吉、呼圖壁諸城。之後，劉錦棠因病駐守烏魯木齊，清剿本地殘匪，金順西進瑪納斯城，先收復瑪納斯北城，後完成對南城的包圍，從9月2日始，清軍攻擊瑪納斯南城，守敵負隅頑抗，因金順和伊犁將軍榮全爭克城之功，導致兵力分散，久攻不下，後在劉錦棠部羅長祜率領的十一營老湘軍增援下，至11月6日，清軍攻克瑪納斯南城，徹底肅清了北疆阿古柏勢力，平定了整個北疆地區。此時，清軍西可進取伊犁，南可直下南路八城，完成了收復新疆的第一階段作戰任務。
第二年，清軍強取天山，阿古柏戰敗身亡，是收復新疆之戰的第二階段。這一階段，清軍三路並進，目標是收復吐魯番、鄯善、託克遜盆地，打開通向南疆八城的大門。1877年4月14日，劉錦棠率領主力15000餘人及炮營，從烏魯木齊南下，於4月16日包圍了天山要隘－達坂城，趁敵慌亂之際迅速發動攻擊，打退增援之敵，4月19日，架築炮臺炮轟達坂城守敵，打了一個漂亮的殲滅戰，此役，清軍共擊斃敵軍2000餘人，俘敵1000多人。此時，清軍張曜部、徐佔彪部分別從哈密、木壘出發，於4月21日拔除奇克騰木之敵壘，22日攻克闢展，25日攻克勝金臺，向吐魯番挺進。4月26日，劉錦棠「自率十四營」七千人攻克阿古柏幼子海古拉據守的託克遜城。隨後，張、徐二部在羅長祐部湘軍協助下收復吐魯番。在整個進軍南疆的過程中，清軍取得節節勝利，劉錦棠始終實行了寬待俘虜的政策，對分化瓦解敵人起了重要作用，為徹底打敗阿古柏創造了條件。5月，阿古柏集團四分五裂，就在清軍開始南下之時，阿古柏突然於1877年5月29日死於喀拉沙爾（新疆焉耆縣）。
清軍挺進南疆，追殲阿古柏殘匪，這是收復新疆之戰的第三個階段，也是最艱巨的一個階段。1877年秋，清軍開始部署收復南疆八城之戰。9月，劉錦棠率領馬步32個營為前鋒，張曜率馬步16營為後隊，共2萬餘人，長驅西進。而喪家之犬般的白彥虎放棄庫爾勒，西循庫車。10月9日，劉錦棠部抵達庫爾勒，此時的庫爾勒，已是空城，人畜早被劫掠一空，清軍糧草補給都成問題，所幸在當地百姓的幫助下，發掘出白彥虎的大批窖糧，才得以轉危為安，保證了大軍繼續前行。此後，劉錦棠又親率精兵追擊，趁勢西進，邊追邊戰，18日追到庫車城外，又斃敵千餘。24日，又進擊阿克蘇，切斷白彥虎逃路，迫使其穿越沙漠逃往喀什噶爾。清軍在一個月內馳驅1000多公裡，連克南疆東四城（喀喇沙爾、庫車、阿克蘇、烏什）。也迫使伯克胡裡（阿古柏之子）集團分崩離析，駐守喀什噶爾的原清軍何步雲也趁機起兵反正，惱羞成怒的伯克胡裡率殘匪猛攻率軍攻打漢城，何步雲急派人向清軍求援。正準備進攻葉爾羌的劉錦棠決定兵分兩路，向喀什噶爾晝夜進發，12月16日夜，會集喀城外，12月17日，劉錦棠率軍先克喀什噶爾回城，後解漢城之圍。兵敗後的伯克胡裡在沙俄幫助下慌忙逃往國外。此後，清軍又收複葉爾羌、英吉沙爾、和闐等城。一月之內，清軍馳驅2000多裡，奪取西四城，勝利收復了南疆。至1878年1月，除伊犁為沙俄所佔外，淪陷阿古柏手十三年的新疆地區均已光復。
整個新疆之戰，前後歷時不到一年半，劉錦棠本人也被許多外國觀察家給予了好評，稱其「可與西方國家統帥們最光明燦爛的功績相比擬」（美，馬士《中華帝國對外關係史》），是「最值得欽佩」的人（英，包羅傑《阿古柏伯克傳》），《清史稿》上也稱其為「飛將軍」。
三、新疆首任巡撫劉錦棠
1880年（光緒六年），左宗棠離開新疆前，力主劉錦棠接任自己署理欽差大臣督辦新疆軍務一職，清廷降旨同意，但是委婉點明了他並非朝廷最佳人選。
彼時，清廷更傾向於資歷更老的滿人身份的金順，來接手新疆事務。金順（1831～1886)，曾任烏裡雅蘇臺將軍（後犯錯誤被革職處理），其參加西徵軍以前就已是一品大員，而且入疆還比劉錦棠早兩年，在收復北疆過程中，也有不俗的表現。1876年（光緒二年），金順出任伊犁將軍，職銜從一品，率部鎮守天山北路，配合劉錦棠收復南疆。之後，代表清廷順利完成了從沙俄手中接收伊犁，主持了戰後伊犁百廢待興的重建。而劉錦棠只不過是地方湘軍的首領，實際還沒有被正式納入清朝的官僚體系當中，西徵時的一些職務，也不過是一些榮譽性的虛銜，直到後來左宗棠力薦他擔任署理欽差大臣督辦新疆軍務一職，才算真正進入 晚清政府的官僚體系當中。而且從封疆大吏的後備人選上，滿八旗身份的金順顯然閱歷、資歷要超過漢族身份的劉錦棠。
1880年十一月，左宗棠又再次上摺奏請求將哈密、鎮迪道的管轄權力交給劉錦棠，清廷降旨同意。至此，在陝甘總督兼欽差大臣左宗棠的力薦下，收復新疆的36歲的將領劉錦棠，在與50歲的滿族將領金順的比較中勝出，被清廷任命為「署理欽差大臣督辦新疆軍務大臣」。此時的劉錦棠，已是握有號令新疆各路軍隊的最高長官，權力從軍務擴展到民政，為他日後出任新疆巡撫一職，奠定了政治基礎。
此前，左宗棠曾多次上書朝廷，力陳在新疆開設行省的主張，但清政府以伊犁未經收復為由暫時被擱置。繼左宗棠建議之後，新任陝甘總督譚鍾麟又重新提出的設立新疆省之事，對此，劉錦棠也提出了比較切實可行的辦法。1884年（光緒十年）11月16日，清政府最終批准了這一建議，由戶部奏請添設新疆巡撫、布政使各一人，除劉錦棠任首任巡撫外，又調甘肅布政使任新疆布政使。次日，新疆省正式建立。這是清朝的第十九個行省，也使新疆擺脫了長期「藩部」的地位，同時，清政府宣布廢除伯克制，新疆全境實行與內地相同的官僚體制。在此後劉錦棠的五年任期內，新疆逐漸實現了與內地行政建置的一體化。不僅如此，劉錦棠認真整頓邊防，實施正確的民族政策，著手興辦私塾，營造城市，修改賦稅政策，推行的法律、文化和宗教政策，修改了以往的屯田辦法，發動軍民屯田，興修水利，設廠開礦等等，對新疆社會發展作出了積極貢獻。
1890年9月2日，劉錦棠從湖南上奏申請開缺養病，此後他一直在籍休養。1894年8月去世。