「踽踽獨行，摸索中國新聞史研究」
「小野秀雄是日本新聞史學的開山鼻祖，相當於中國的戈公振。平井隆太郎是小野秀雄的嫡系大弟子，在平井老師的推薦下，我得以拜訪了當時已年逾八十高齡的他。」卓南生對初次見面時的情景仍記憶猶新，「第一次去，小野先生就從衣櫃裡取出了用布巾包裹著的他在大英博物館查閱《察世俗每月統記傳》時做的手抄讀報筆記。他還拿出了一冊私藏的《遐邇貫珍》原件給我看，並且建議我最好從資料較易找到的漢文報刊著手研究。」
正是因為這次見面，卓南生「萌發了步中國報史專家戈公振先生及日本新聞史學者小野先生後塵，前往英國倫敦查尋早期報刊原件及相關資料，以便整理近代中文報史的念頭」，並最終在跑遍日本、英國的各大公私圖書館，查閱多份中文近代報刊原件後，分別於1972年和1986年完成了碩士論文《中國近代新聞發生史（1815-1856）》與博士論文《中國近代新聞成立史（1815-1874）》。
卓南生說：「小野秀雄很追求新聞的發生史，戈公振也很重視這一點，但由於戈公振英年早逝，小野秀雄在這方面的成果和影響要比戈公振大些。在一些交叉性的史料中，我發現戈公振還留下不少可讓後人探討的空間。我的研究重點就是解析中國近代報紙從何而來，它與傳統的『邸報』等之間的聯繫性與非聯繫性，其實就是在小野秀雄和戈公振的基礎上填補或者糾正了原有史料的一些混亂。」
在談及論文撰寫的過程時，卓南生毫不諱言當時的孤寂與隱憂，「我在寫碩士、博士論文的時候，可以說是完全在孤立的環境下自娛自樂，因為在日本沒有任何的中國新聞史專家或者同學可以交流，雖然起步研究的時候我會儘可能地向日本新聞史學界的老師學習嚴謹的治學態度與方法論，他們也會對我給予鼓勵，但基本上就是自己一個人在摸索」。而即便是在論文完成之後，卓南生依舊心存忐忑，「我的研究在80年代末期以前都是孤軍奮戰，也沒有人給我一個正式的反饋。東京大學新聞研究所的內川芳美教授曾對我說：『真正的考驗要在中國』。」
幸運的是，內川芳美教授（時任日本新聞學會會長）在70年代末第一次訪問中國之後，就與中國新聞史學界常有交流並將卓南生的研究介紹給了中國。有一天，他很高興地向卓南生傳遞了一個信息：中國新聞史學界特別是方漢奇先生對卓南生的研究給予高度評價。原來在80年代，卓南生有關中國新聞史幾篇論文的日文稿經由復旦大學的張國良教授翻譯成中文，先後刊於《新聞傳播》（黑龍江省新聞研究所）、《新聞大學》（復旦大學新聞系）、《新聞研究資料》（中國社會科學院新聞研究所）等學術刊物上，開始逐漸得到了中國新聞史學界的關注，復旦大學的新聞史學家寧樹藩教授更是熱情地為他撰寫了推薦文。
在獲得中日學界廣泛認可的同時，卓南生也於1986年9月獲得立教大學首個社會學（主修新聞學）博士學位，他也是當時日本新聞學界少有的博士。
「那時候日本對學術看待得很崇高，據說早年東京帝國大學要頒給小野秀雄博士學位，但是被他婉拒了，因為他怕玷汙了新聞學的招牌。就連小野秀雄都不肯要博士學位，所以他的學生們，其中包括我的老師——平井隆太郎、內川芳美、香內三郎、荒瀨豐，也就沒有一個人提交博士論文。」卓南生說，「當時日本的學術風氣非常嚴謹，就是因為這些原因，平井老師幾次催我提交論文，我都推辭了；香內三郎老師要我把其中的《遐邇貫珍》那篇發表出來，並且學術刊物都為我聯繫好了，但我還是以必須到大英博物館補讀完整原件為由婉拒了。」所以，卓南生在1986年拿到新聞學博士學位算是一件比較轟動的事情。
「因為我是社會學研究院第一個提交博士論文的學生，審查答辯的時候立教大學也沒有什麼程序經驗，請來了東京大學的內川芳美和立教大學的三位老師，大家就是喝茶、聊天，討論要怎麼跟出版社談條件出書，因為百利堅出版社的社長早在兩年前就曾從東京打電話到新加坡表示有意出版。」卓南生舉重若輕地笑道。
實際上，從1972年開始讀博，到1986年2月完成博士論文，再到同年9月獲得博士學位，卓南生的留日求學生涯不可謂不艱辛。子曰：「君子以文會友，以友輔仁」，卓南生也終以他令人敬服的才、學、識、德贏得了中國學界的尊重。