一般情況下，有關牡丹的作品中，畫面上與花頭和葉片相比，枝幹所佔的比重較少，但是卻是不可或缺的東西，枝幹乃是牡丹之骨，在描繪時千萬不可低估它的重要性，更不能隨意點畫。
我們應該了解枝幹的結構規律和生長特徵，作畫時才能表現出主幹與葉子的不同質感，使畫面更趨於完美。
畫枝幹可用宿墨，要畫出其前後層次，穿插關係，用筆要蒼勁有力。
牡丹的枝幹分老乾和新枝，作為多年生木本植物，每年春季在老乾的基礎上發新枝。
作畫時，無論是用墨還是用色，都要注意用筆方法。畫新枝多用弧線，中鋒用筆使其圓潤有力。畫老枝可以用雙勾皴擦法，以表現出樹幹上的鱗片，體現其蒼老感。
枝幹是牡丹之骨，在畫面中起著整體的支撐作用。根據構圖的需要，畫牡丹的枝幹時，有以下幾種基本表現手法：橫出枝、豎出枝、斜出枝、下垂枝。作畫時，具體採用什麼方式應根據畫面的需要而具體對待。出枝時，要注意主幹和輔枝之分，枝與枝之間要注意穿插交錯的安排，要多變化，少重複，並要注意乾濕、長短和粗細的對比。
下出枝：
豎出枝：
斜出枝：
橫出枝：
老乾的畫法：老乾多呈粗老曲折狀，行筆時要蒼勁有力，穿插時要簡潔明確。畫牡丹枝幹時可根據具體情況或肥或瘦，或長或短。
第一步：用赭石調少許墨，筆中水分適量，筆尖蘸墨，中側鋒運筆畫出老乾的形態，注意在畫的過程中以頓筆表現出枝節的轉折。
第二步：繼續用赭墨，筆尖蘸墨，在右側添加一條枝幹。
第三步：中鋒用筆，繼續用赭墨在前一條枝幹上畫出側枝，注意與第二條枝幹的遮擋關係。
第四步：以同樣的顏色，在兩枝後方添加小枝。然後換一支筆，蘸胭脂加墨，中鋒用筆點畫枝幹上的嫩芽，使整個枝幹看起來更有生機。
老乾的常見畫法：
嫩莖的畫法：牡丹的嫩莖顏色比較淺，呈紅綠色。畫嫩莖時應筆觸生動，線條流暢，形態活潑，色彩溫潤。
因品種不同，牡丹花莖有長有短，有粗有細。畫花莖一般用中鋒，以流暢的線條畫出圓潤的質感和挺拔秀麗的姿態，用色一般以花青、藤黃和胭脂調和。
第一步：以藤黃、花青加少許赭石調和，中鋒運筆，以流暢的線條畫出嫩枝的主枝。
第二步：以同樣的顏色和運筆方式，筆尖蘸少許胭脂，畫出另一側嫩枝。
第三步：同樣的方法再增加嫩枝，然後在主枝上畫出小枝。運筆要流暢，手筆要有頓筆。
第四步：繼續添加小枝，注意筆尖蘸胭脂，並處理好小枝的疏密和穿插關係。換一支筆，蘸濃墨，連接嫩枝，繪製出老乾的形態。然後調和胭脂與藤黃，在幹與枝的連接處畫出嫩芽。
嫩枝的常見畫法：
枝幹的組合畫法：牡丹枝幹老嫩、高矮、聚散姿態各異，其枝幹彎曲向四周伸張並具有向中心聚攏的狀態。單幹生長姿態呈弓字形，兩幹在一起要畫出主輔關係，三幹組合要畫出疏密關係，這樣才能畫出多姿多彩的作品
第一步：毛筆蘸濃墨，中鋒用筆，畫出底部的兩條老枝。
第二步：在右側略遠處添加一條老枝，注意不要與前兩枝平行。
第三步：用藤黃與花青調和成淺綠色，蘸滿筆肚，筆尖蘸胭脂，中鋒用筆，添加嫩枝，並在嫩枝上勾畫出兩側細小的側枝，豐富枝幹形態。
第四步：胭脂與藤黃調和，在側枝上添加嫩葉，未乾時以淡墨中鋒用筆勾勒葉片的筋脈。最後蘸胭脂點畫枝幹上的嫩芽。
常用的枝幹組合畫法：