在湯森路透發布的《2013年度期刊引用報告》（JCR）中，《自然》（Nature）《自然通訊》（Nature Communications） 和《科學報告》（Scientific Reports）分別在多學科類科學期刊排名上佔據第一、三、五位。
期刊影響因子是衡量期刊引用影響力的一個指標。《自然》影響因子42.351，2013年被引用高達590324次，至今已連續六年蟬聯多學科類科學期刊第一名。在2013年度期刊引用報告科學版中，《自然》及其子刊共有10種躋身期刊前20強，並有17種期刊位居單一學科或多個學科類期刊的榜首。
《自然通訊》連續第二年保持多學科類科學期刊第三位，其影響因子上升到10.742。《自然通訊》也提供開放獲取模式供作者選擇，目前每月收到1500篇投稿，比《自然》多出50%。
開放獲取期刊《科學報告》的被引用量則從2012年的500次升至2013年的超過4000次，影響因子5.078，在2013年期刊引用報告科學版收錄的全部8474種刊物中，躋身排名最靠前的7%之列。「我們的開放獲取期刊發表了不同科學領域的優質研究成果，並最大程度地與更多的讀者分享這些成果。社交媒體的關注和新聞報導反映了它們的影響力已深入研究人員和公眾。」自然出版集團暨帕爾格雷夫•麥克米倫負責開放研究的董事總經理山姆·伯裡奇（Sam Burridge）說。
另一方面，2012年3月正式創刊的開放獲取期刊《光：科學與應用》（Light: Science & Applications）獲得創刊以來的首個影響因子，分值為8.476，在該報告收錄的82種光學類期刊中位列第四，榜首則由《自然光子學》佔據。
《光：科學與應用》是自然出版集團與中國科學院長春光學精密機械與物理研究所的合作期刊，也是自然出版集團在中國推出的第一個物理類開放獲取合作期刊。
「我們的目標是將該刊打造為一個促進國際學術交流、合作和創新的平臺，發表光學領域優秀的學術論文。」期刊總編暨中國科技部副部長曹健林說，「如今，這本期刊無疑在這一領域顯示了重要影響力，為此我想向我們的作者、讀者、編委、審稿人和有關工作人員表示感謝。」
山姆·伯裡奇表示：「首個影響因子的發布，意味著自然出版集團與中科院長春光機所的合作取得了實質性的成功，並有助於提升中國光學研究的全球影響力。這符合我們通過我們的國際出版平臺、建立互惠互利的夥伴關係，以及專注於出版高質量的開放獲取期刊來促進中國科研發展的戰略。」（編輯：Calo）