有機棉GOTS認證審核包括文件審核還有生產現場的審核，以確定指定的文件和實際現場是否相符，有沒有正確實施。
現場檢查是評估有機管理體系有效性的重要途徑。通過對加工管理人員，車間員工，操作者的訪談來驗證申請者提供的文件記錄等是不是有機操作中真正的得到實施。
對於GOTS認證項目，還要對最低社會標準進行審核，如種族歧視，自由結社，體罰，強迫勞動，童工，工資工時等進行審查。
檢查範圍：對於申請的產品設計到得所以加工工序及設施進行審核，需要在非加工現場分裝貼標籤等也要對這些場所進行檢查，以保證認證產品的完整性。
文件：確認其對有機生產的風險及申請者採取措施的有限性，是否存在平行生產，有機與非有機生產隔離措施的有效性。
人員：對於GOTS/GRS認證標準還需要訪問財務，衛生，消防，工會人員以及其他相關人員如汙染物處理人員等的訪談，判斷申請者對有機標準的理解，有機管理體系的掌握與實施，有機生產的加工與標準的符合性等，對工人的訪問是單獨的訪問，避開所屬領導，便於工人能夠提供真實詳細的信息，訪問人員不低於3人。
產品的取樣：
在現場檢查過程中，檢查員必須考慮產品的取樣問題，根據標準的要求，如有對有機操作有任何懷疑，可以取樣，並填寫取樣文件。
投入物的審核：
但對於GOTS標準，還需要關注在生產過程中助劑和添加劑的使用，尤其是涉及到印染工藝的，需要重點關注使用的印染料和其它化工產品是否符合要求。
汙染物排放和能源管理：
對於GOTS/GRS標準還需關注其汙染物的排放是否符合要求，例如重金屬，溫度，PH,COD等；對於能源方面 ，需要關注是否建立了節能減排的政策和持續改進計劃並實施 。
檢查中其它需要注意的內容：
對認證產品的產量與銷售量的匯總核算
對產品和認證認證標誌追溯體系，包裝標誌的情況和驗證
對上一年度的不符合項採取的糾正或糾正措施進行驗證