人類腸道微生物群204938個參考基因組的統一目錄

2020-12-15 科學網

人類腸道微生物群204938個參考基因組的統一目錄

作者：

小柯機器人

發布時間：2020/7/22 14:23:31

歐洲生物信息學研究所(EMBLEBI)Robert D. Finn課題組為人類腸道微生物群的204938個參考基因組建立了的一個統一目錄。 該項研究成果發表在2020年7月20日出版的《自然—生物技術》上。

研究團隊提供了統一人類胃腸道基因組(UHGG)合集，包含4644種腸道原核生物中的204938 個非冗餘基因組。這些基因組編碼了超過1.7億的蛋白序列，研究人員也將這些蛋白序列收集到統一人類胃腸道基因組（UHGP）目錄中。

超過70%的UHGG物種缺乏可培養的代表，40%的UHGP缺乏功能注釋。種內的基因組變異分析顯示大量的附屬基因和單核苷酸變異，其中許多屬於特定單個人類。UHGG和UHGP合集有助於研究人類腸道微生物組中基因型與表型的聯繫。超過200000的腸道原核生物的參考基因組及其編碼的蛋白質都被收錄整理，為微生物研究者提供全面資源。

研究人員表示，全面、高質量的參考基因組對於人類腸道微生物群的功能表徵和分類學是必須的。

附：英文原文

Title: A unified catalog of 204,938 reference genomes from the human gut microbiome

Author: Alexandre Almeida, Stephen Nayfach, Miguel Boland, Francesco Strozzi, Martin Beracochea, Zhou Jason Shi, Katherine S. Pollard, Ekaterina Sakharova, Donovan H. Parks, Philip Hugenholtz, Nicola Segata, Nikos C. Kyrpides, Robert D. Finn

Issue&Volume: 2020-07-20

Abstract: Comprehensive, high-quality reference genomes are required for functional characterization and taxonomic assignment of the human gut microbiota. We present the Unified Human Gastrointestinal Genome (UHGG) collection, comprising 204,938 nonredundant genomes from 4,644 gut prokaryotes. These genomes encode >170 million protein sequences, which we collated in the Unified Human Gastrointestinal Protein (UHGP) catalog. The UHGP more than doubles the number of gut proteins in comparison to those present in the Integrated Gene Catalog. More than 70% of the UHGG species lack cultured representatives, and 40% of the UHGP lack functional annotations. Intraspecies genomic variation analyses revealed a large reservoir of accessory genes and single-nucleotide variants, many of which are specific to individual human populations. The UHGG and UHGP collections will enable studies linking genotypes to phenotypes in the human gut microbiome. More than 200,000 gut prokaryotic reference genomes and the proteins they encode are collated, providing comprehensive resources for microbiome researchers.

DOI: 10.1038/s41587-020-0603-3

Source: https://www.nature.com/articles/s41587-020-0603-3

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