南宋初年，戰禍不斷，北方難民紛紛逃往江南，金人也意圖過江入侵南宋，國家江山岌岌可危，百姓也已處於水深火熱之中。
偏偏就在這危難之時，江南蘇州府轄地出現了一個飛針奪命之徒，傳言說他已研究出可以致人於死地的奪命穴，被其飛針擊中此穴者前六天病重，第七天死亡，完全無藥可救。正當家人為死者操辦後事時，中針者卻突然迴光返照，活了過來。病症全無不說，還要比未病之前更加生龍活虎。因此搞得民間人心惶惶，談針色變，每家每戶若有人死，都不敢掩埋，生怕死者是中了飛針奪命穴而枉死地下。
蘇州知府接案後，大為驚嘆，若此穴為賊人所用，必將生靈塗炭，便立即吩咐蘇州名醫濟世楷前往常熟查探，協助常熟知縣將飛針奪命之人緝拿歸案。
濟世楷奉命來到常熟，這裡曾是飛針奪命案案發最為猖獗之地，常熟知縣孫營、鄉吏王種、商賈劉德等人都曾被飛針奪命。而當濟世楷一一為其切脈診斷時，卻發現他們脈象極為平和，毫無病象。濟世楷向他們詢問起中針之前有何徵兆，賊人是否盜竊府中財物。孫營等人紛紛搖頭，說家中未曾丟失財物，更無先兆可言，飛針奪命盜來無影去無蹤，他們也未曾見識過他的廬山真面目。
經過幾日調查，案件還是毫無頭緒，濟世楷也是一籌莫展。這賊人飛針奪命目的究竟為何？濟世楷怎麼也想不出答案。
這日，豔陽高照，濟世楷出了常熟縣衙，來到城中茶樓飲茶。其間，茶客們正在議論飛針奪命穴，於是濟世楷也走上前去湊個熱鬧，說不定還能得到些線索。聽茶客們說，常熟一帶最負臭名的綠林大盜洪一刀，不久前也中了飛針，現在正一病不起，眼見就要不省人事。茶客們說：「這種人死掉才好，飛針奪命俠應該一針要了他的狗命！」濟世楷早在蘇州府就聽說過洪一刀罪惡滔天、無惡不作，便在一旁搭訕道：「對，這種人死掉方才妙哉！亦大快人心哉！」
茶客們聽聞濟世楷如此一說，便有人問道：「聽兄臺口音是蘇州人氏？」濟世楷連忙作揖：「在下蘇州濟世楷，來此地正為查探飛針奪命一案，還望各位不吝賜教！」茶客們一聽他是蘇州名醫濟世楷，便都圍了過來，捋起袖子請濟世楷幫他們診脈。濟世楷大笑道：「諸位，這裡是茶樓而非醫館，只要大家能助我破案，我便留在常熟懸壺一年，不知可否？」茶客們頓時熱鬧了起來，紛紛向濟世楷獻計獻策。
茶客中有一位是常熟縣衙的仵作，他對濟世楷說，幾位中針者在中針之後他都前往查驗過，但中針穴位並不一致，他也曾拜訪過本地多位名醫，得知那中針穴位只不過是普通穴位，並非民間所傳說的奪命穴，無半點玄妙之處。
濟世楷聽後大驚，他之前也曾向知縣、鄉吏等人詢問過他們中針的穴位，但因時間過久，傷口早已癒合，他們也說不出具體位置。今天得遇仵作，濟世楷便請他畫出幾人中針的穴位。而當仵作畫出所有的穴位之後，濟世楷不禁眉頭緊鎖，因為這幾個穴位的確平常，或許飛針奪命不在於穴位而在於針。而幾枚飛針濟世楷也早已見過，是民間醫家常用的針灸之針，並無異常之處。
這時，一位茶客說，知縣孫營在中針之前是個貪官，貪汙受賄糊塗判案，具體事例不勝枚舉。另外一位茶客也說，鄉吏王種在中針之前是個酷吏，霸佔農田，強佔民女，收取苛捐雜稅從不眨眼。還有人說商賈劉德中針之前是個奸商，以次充好、欺行霸市也是常有之事。可他們幾人中過飛針之後，卻仿佛都變了個人，知縣孫營變得清正廉潔愛民如子，鄉吏王種近來減少租稅不說，還常常捐款救助難民，而商賈劉德則變得誠摯本分，童叟無欺。
濟世楷聽後，仿佛終於找到了這賊人飛針奪命的目的，難道他在飛針上塗抹了可以讓人棄惡從善的藥物？飛針奪命的真正目的不是為了要取人性命，而是要人放棄邪念、改邪歸正，為民造福？濟世楷向大家說出了自己的想法，仵作卻搖了搖頭，說飛針奪命的確是為了要人性命，后街妓院的老鴇在中針之後的頭一個月就暴病身亡了。濟世楷又陷入了困惑之中，為什麼有人中針還活著，有人中針卻死了？濟世楷真是百思不得其解。
回到縣衙後，濟世楷本想詢問孫知縣中針前後為何變化如此之大，但又怕他下不了臺，只好作罷。濟世楷對孫營說，他想去為綠林大盜洪一刀診脈，也只有這樣，他才能查出飛針奪命穴的所在。孫營大驚，說洪一刀歷來殺人不眨眼，這一去恐怕兇多吉少，他勸濟世楷多帶些兵士一同前行，以防萬一。濟世楷說，帶了兵士去反而會引起賊人懷疑，便租了條小船獨自前往。
洪一刀一夥兒賊人聚集在常熟北部湖泊中的一個小島上，向來不與外人交往，除非是去打家劫舍。濟世楷所租小船剛行至湖中時就被賊人攔下。濟世楷連忙自報家門，當賊人聽說他是蘇州名醫濟世楷時，頓時喜出望外，請他到島上為洪一刀診療。上島後，濟世楷在忠義堂內見到了奄奄一息的洪一刀，經過一番診斷後，濟世楷手足無措，因為洪一刀的脈象混亂，無法得知究竟傷在何處。
濟世楷不禁額頭出汗，要知道洪一刀可是匪首，搞不好會讓他人頭落地。而當洪一刀看到濟世楷面色驚慌時，卻說道：「先生勿需煩惱，我洪一刀作惡太多，有此一病實屬天意，先生這就請回吧！」濟世楷見洪一刀已抱必死之心，便向他說出飛針奪命穴一事，看來他們久居小島，對外面的事情並不知曉。洪一刀聽後，面露疑惑：「世上竟有如此神奇之事？可那高人如何上得小島？先生又是如何確定我中了奪命穴？」
濟世楷一愣，因為自己的確是道聽途說。洪一刀苦笑道：「先生快請回吧，如果我有個三長兩短，先生恐怕也無法活著回去！」濟世楷在走之前，再三叮嚀洪一刀的兄弟，若洪一刀去世，切不可當即掩埋，以防他真的中了飛針奪命穴而起死回生。
船行至湖中，濟世楷發覺不對，因為洪一刀向來暴虐成性，今天怎麼會變得如此寬容大度，放他離去？濟世楷連忙吩咐船家將船開回，不料還未轉頭之時，就見小島上火光沖天。船家說：「濟先生，不用回去了，洪一刀已經死了？」原來，小島上的賊人一向無土葬之禮，人死之後都以火葬處置。濟世楷暗叫不好，要出大事。幾日之後，果然不出濟世楷所料，島上的賊人為了幫洪一刀報仇，紛紛潛入常熟城內殺人放火，揚言非要找出飛針奪命之人方肯罷手。原來，洪一刀在被火葬之時，突然從木柴中翻身而起，但為時已晚，他還是喪生在了熊熊烈火之中。
孫知縣見事情突變，便責怪濟世楷辦事不力，如果不是他告訴賊人飛針奪命穴一事，恐怕他們至今還蒙在鼓裡，以為是洪一刀詐屍。濟世楷也沒有爭辯，就在這時，縣衙外的堂鼓突然響了起來，不一會兒，衙役就跑來說衙門外有一人自稱是飛針奪命俠，前來投案自首。
濟世楷和孫知縣面面相覷，不知是真是假，升堂之後，衙役將飛針奪命俠帶上堂來。孫知縣拍了一下驚堂木，厲聲道：「堂下所跪何人？報上名來！」而當那投案之人抬起頭時，孫知縣卻倒吸了一口冷氣，原來此人竟是本地有名的老中醫馮定坤。
孫知縣連忙將馮定坤請至後堂，問起原由。原來馮定坤真的是飛針奪命盜，他自幼習武，輕功了得，飛刀絕技也最為擅長。馮定坤長大後，曾遍訪名醫研習醫術，起初他學醫是為了養家餬口，但多年行醫之後，馮定坤經歷了很多，看慣了朱門酒肉臭，路有凍死骨的事情。而他，作為一名醫者，卻又無能為力。許多病人因買不起藥在他面前死去，許多人本沒有病，卻因為沒有錢而被活活餓死。馮定坤開始厭惡這個人吃人的世界，但又無法改變。有一次，他突然發現一個病人在經歷了一場大病之後好像是變了一個人，變得比以前寬容、大度、善良，正所謂大病方能使人大悟。
馮定坤心想，如果可以找出一個讓人假死的穴位，讓人經歷過一次生死，會不會對人有所改變呢？於是，他鑽研數年，終於發現了飛針奪命穴。
濟世楷問馮定坤，為什麼每個人所中穴位會有所不同？妓院老鴇在中針之後為什麼會暴病身亡？馮定坤說，當他研究出飛針奪命穴後，害怕被奸人所用，危害百姓，便在施針之時加入內力，飛針在擊中人體其他穴位之後，內力會在人體內繼續運行，直達奪命穴，從表面上看並不能得知奪命穴位之所在。而妓院的老鴇之所以會暴病身亡，是因為她大病初癒之後並未從善，人做壞事時比常人更加容易得意忘形，也因此而常常會血氣逆行，衝破尚未癒合的奪命穴，從而導致她命喪黃泉。
孫知縣聽後暗自慶幸，幸虧自己病癒後及時從善，要不然也早已不在人世了。當濟世楷問起馮定坤飛針奪命穴究竟在人體何處時，馮定坤卻閉口不答。濟世楷笑道：「兄臺還信不過我濟世楷嗎？」馮定坤嘆了口氣道：「不是我信不過你，只是怕會因此給你引來殺身之禍！濟兄還是不要追問為好！」濟世楷想了想，也只好作罷。
幾日之後，孫知縣在通報蘇州知府後找了一個死囚，當做馮定坤的替身，拉到刑場上當眾正法。飛針奪命穴一案就此平息，而馮定坤也被濟世楷帶回蘇州府秘密保護起來。
幾年之後，馮定坤在住處被人殺害，蘇州知府立即派人徹查此案。知縣孫營和名醫濟世楷也因此被抓了起來，因為知道此事的除了蘇州知府就只有他們。就在蘇州知府準備對他二人進行嚴刑拷問時，殺害馮定坤的三個人突然前來自首，他們交代了謀殺馮定坤的經過。原來他們之前曾是常熟縣衙的衙役，當他們偷聽到濟世楷與馮定坤的對話後，便想借飛針奪命穴發筆橫財。後來他們辭去了衙役一職，跟蹤濟世楷來到了蘇州府，經過幾年的暗中打探，終於被他們發現了馮定坤的藏身之地。
而當他們威逼馮定坤說出飛針奪命穴的位置時，馮定坤卻寧死不屈，就是不說。三人無奈，在打鬥中殺死了馮定坤。而馮定坤則在將死之時，向他們擲出了最後三枚飛針，將飛針奪命穴的秘密永遠帶離了人間。而那三人在七天之內，經歷過一番生死之後，終於大徹大悟，從而前來投案自首。
孫營和濟世楷在得知此事後，唏噓不已，幸虧他們當時沒有刨根問底。馮定坤死了，飛針奪命穴事件的真相也終於被公之於眾，民間頓時一片譁然。從那以後，在江南的一些地方，便遺留下人死七天之後方能安葬的習俗。奪命穴雖然已經失傳，但這個風俗卻一直保持至今，這恐怕是馮定坤至死也沒有想到的結果。
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