邱毅，1956年5月8日出生於臺灣高雄一個基層公務員家庭，父親曾擔任過高雄縣教育局局長。高中畢業後，邱毅先後在臺灣大學取得農業推廣學系學士、農業經濟碩士、經濟學博士，隨後於1986年赴美國康奈爾大學從事博士後研究。邱毅曾任臺灣大學教授、中華經濟研究院研究員、法國巴黎商學院客座教授等。
大學時期邱毅雖然專攻經濟學，但也寫過不少小說，從愛情小說到武俠小說都有。19歲時，邱毅的武俠小說《對決》得到導演賞識，被拍成電影。此外，瓊瑤的《問斜陽》是根據邱毅所寫的小說改編，而臺灣知名電影《歡顏》也是改編自邱毅的小說《失去》。 在從政以前，邱毅最為人知的，是在補習班授課的補教生涯。邱毅曾是臺灣補教界的所謂「天王名師」，專教公職考試，慕名上他課的學生絡繹不絕。邱毅一度用自己在補教界的化名「陳偉」，成立「陳偉補習班」，經營得風風火火，收入豐厚。
1994年，臺灣省長首次開放直選，中華社會民主黨黨魁朱高正在新黨提名下參與選舉，邱毅為朱高正助選，出資成立地下電臺，因為不斷參加談話節目，累積了不少經驗，邱毅也逐漸在臺灣政論圈打開知名度，最終因為時任臺灣省長宋楚瑜的賞識，走上了從政之路。
2000年聲勢如日中天的宋楚瑜參選臺灣地區領導人，邱毅作為宋楚瑜的得力幹將，出任宋楚瑜競選總部發言人。宋楚瑜惜敗給民進黨的陳水扁後，成立親民黨，邱毅也隨之加入親民黨，並於來年的民代選舉中，代表親民黨投入高雄市第二選區選舉，在國民黨提名的三席民代夾殺下，順利突圍並當選。
2004年邱毅再度當選連任民代，同年的臺灣地區領導人選舉，因選前 「3.19槍擊案」，國民黨「連宋配」以微小差距落敗。選舉結束當晚，因懷疑民進黨操縱選舉，泛藍支持者在全臺灣各地集結，邱毅也帶領支持者，到高雄地方法院門前要求驗票，並指揮貨車衝撞高雄地方法院，邱毅因此被網友稱為「衝車大將軍」。
2005年，宋楚瑜與陳水扁的「扁宋會」登場，雙方發表十點聲明表態開始全面合作。邱毅因為堅決反對扁宋合作而退出親民黨，並於2006年1月在中國國民黨榮譽主席連戰、臺立法機構負責人王金平等人的推薦下，加入中國國民黨。期間邱毅因為成功揭發陳水扁家系列弊案，成為臺灣政壇的「揭弊天王」，名聲大噪。2008年邱毅被提名為國民黨不分區民代，此後邱毅還出任過國民黨第十八屆第一任中央常務委員，第十九屆中央委員。
2016年，邱毅獲新黨提名為不分區民代候選人，名列第二，但最終因新黨政黨票未跨越5％的門檻，無緣進入臺立法機構。
2019年11月13日，國民黨中常會通過2020選舉不分區民代建議名單，邱毅名列第八。但因為他一貫支持兩岸統一的立場，民進黨網軍對他發起了排山倒海的攻擊，再加上國民黨內也有人附和綠營的所謂「倒邱」言論，邱毅主動宣布退出。
時為2020新黨不分區民代候選人邱毅：「我不願意為了一個所謂的「立法委員」，放棄我的理想。第二個我是個不連累朋友的人，我認為既然有人要支持我，我心裡就得到安慰了，所以我選擇讓大家解套。」
2019年11月21日，新黨召開記者會，公布2020年不分區民代提名名單，邱毅名列第一名。
時為2020新黨不分區民代候選人邱毅：「國民黨不敢提的，新黨提。國民黨不敢說的，新黨說。國民黨不敢做的，新黨做。我在新黨，我的戰鬥力爆棚。」
2020年1月11日，臺灣地區民意代表選舉結果出爐，新黨的政黨票未跨越5%的門檻，無法得到不分區民代席次的分配，邱毅再度憾失進入臺立法機構的機會。