微生物群落功能注釋-FAPROTAX資料庫介紹及使用

2021-03-05 組學大講堂

微生物多樣性分析中，常常需要對微生物群落功能進行注釋，FAPROTAX資料庫方便簡單效果好，一行代碼即可生成功能注釋表，今天就給大家介紹該資料庫內容及使用方法。

FAPROTAX資料庫簡介1. FAPROTAX是Louca等人根據已發表的文獻手動構建的資料庫，它把原核微生物的分類和代謝等功能對應起來，目前收集自4600多個原核微生物的80多個功能分組7600多條功能注釋信息，並且還在不斷更新。2. 作者編寫了一個python腳本，把樣本的OUT錶轉換成下圖所示的六個表。分別是：樣本的功能表、過程報告、每個功能分組的OTUs、每個功能分組重疊的表、分析過程用到的注釋信息、輸入樣本OTU表的子表（僅列出與特定功能相關的OTU）。3. FAPROTAX會更適用於海洋湖泊生物化學過程（硫、氮、氫和碳循環）中的功能注釋，因為作者發表的文章中就是用FAPROTAX來分析海洋微生物的分類和功能，所以這方面的功能更全一些，但很多已發表的文章也用它將進行土壤微生物的功能注釋，效果也很好。下面是作者基於FAPROTAX資料庫生成的功能表進行繪製的圖片。Docker使用1. 準備文件：樣本的OTU表（biom格式）、作者寫的腳本和FAPROTAX資料庫。獲取連結：http://www.loucalab.com/archive/FAPROTAX/lib/php/index.php?section=Download
docker search omicsclass  #搜索omicsclass提供的docker鏡像docker pull omicsclass/ampliseq-q1  #下載擴增子鏡像docker images  #檢查是否下載完成
3. 在D盤下建立FAPROTAX文件夾，把準備好的三個文件放進去。
docker run --rm -v D:/FAPROTAX:/work -it omicsclass/ampliseq-q1:latest  #進入虛擬機
python collapse_table.py -i otu_table_clean_rare.biom  --collapse_by_metadata 'taxonomy' -v --force -o faprotax1.txt -r faprotax_report.txt
功能表faprotax1，基於這個表就可以進行樣本和注釋功能的圖片繪製（最好先進行篩選）。
過程報告faprotax_report，可以看到具體信息，挑選感興趣功能的進行篩選。
參考文章：DOI: 10.1126/science.aaf4507更多FAPROTAX資料庫使用說明：http://www.loucalab.com/archive/FAPROTAX/lib/php/index.php?section=Instructions
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