有關特赦臺灣前「總統」陳水扁的話題隨著政黨輪替再度成為焦點，臺南、高雄市議會先後通過提案，建請馬英九卸任前特赦陳水扁，以促進藍綠和解。高雄市長陳菊和臺北市長柯文哲也都表態支持由馬英九來特赦陳水扁。但蔡英文對此避而不談。
據臺灣「中央社」報導，柯文哲10日赴高雄探視陳水扁，柯文哲當天透露，看到陳水扁綁尿袋、持拐杖、手不斷抖得厲害;該怎麼處理他的特赦案，盼大家用政治智慧好好處理。柯文哲9日首度表態，希望馬英九特赦陳水扁，表達一種藍綠和解的氣氛。陳菊10日也呼籲，讓馬英九把握這個歷史機遇。
臺灣《聯合報》10日報導稱，前「行政院院長」謝長廷表示，特赦陳水扁不是法律問題，是政治問題，若由馬英九來做，可顯出他的度量及藍綠和解的機會，由蔡英文來做可能會有爭議。不過在9日的民進黨「臨全會」上，對於陳水扁的特赦議題，蔡英文避而不答。
民進黨「立委」蔡易餘日前在臉譜上貼出臺「高等法院」5月13日將開庭審理陳水扁涉貪汙治罪條例的通知書，質疑「法務部」選在5月20日前開庭動機不單純。臺「總統府」人士8日稱，關於「總統」特赦是在個案判決確定後才會發生的問題，陳水扁所涉及刑案，仍有數案尚在審理當中。新北市長朱立倫10日表示，有關特赦陳水扁案，最重要的還是司法程序，司法程序未走完，馬英九也沒有資格宣布特赦。
臺灣《中國時報》10日評論稱，在此之前綠營一直要求重大事務上「看守政府」不能做決策，但如今面對特赦陳水扁這種重大且爭議性十足的議題，卻一改往日態度。事實上，要不要特赦陳水扁完全可以等蔡英文上任後再決定，泛綠之所以如此著急，當然是知道這是個燙手山芋，不希望由自己來處理，以免帶來反效果。文章稱，綠營所引用諸如「消弭藍綠對立」的理由，根本站不住腳。誰都知道，現在藍綠對立的加劇並非是因陳水扁定罪入獄這件事。