南京農業大學和遼寧大學兩所學校都是211工程，世界一流學科建設高校，目前來看，兩所學校的「品牌」差距並不大。不過，兩所學校的隸屬單位並不相同，南京農業大學隸屬於教育部；而遼寧大學隸屬於遼寧省，這種隸屬關係的不同，決定了兩所學校的實力差距。
南京農業大學，屬於老牌農林院校，而且很早就確定為全國重點大學。他是1963年增選為全國重點大學的農業類高校，屬於第一期重點院校評選中，增選列入的高校，實力比較強。當時，華東地區並沒有現在這樣發達，工業基礎相對弱一些，農業佔比較大，所以農業的重要性較高，需要一所標杆院校帶動華東地區農業整體發展，所以南京農業大學被增選列入。
恢復高考之後，華東地區開放的比較早，而且屬於收益地區，工業發展速度極快，近些年，第三產業的發展速度更快，致使農業佔比逐年下降，這就使得農業類高校，在這裡受重視程度相對較低，獲得大項目的概率更低，因此南京農業大學也深受影響。沒有產業基礎，很難出現真正的成果，更難於獲得成果推廣，所以即使論文再多，都是假大空而已，根本不能提升學校的整體實力，泛泛教育而已。
遼寧大學，獲得了原東北財經學院的部分資源，財經實力比較強，整體偏向於人文社科方向，不過遼寧大學是一所地方性高校，相對重視程度較低，所以發展速度也相對慢一些。總體來看，南京農業大學的實力略微勝過遼寧大學，這主要是因為南京農業大學規模更大，涉獵的學科和設置的專業更多所致。