國民黨政權遷臺後，農復會利用他們的知識和經驗，運用美國的經濟援助（每年從援華經費3.38億美金中撥付不超過10%作為其運作經費），積極推動臺灣土改、農會改組、生產技術的創新與推廣等，並協助國民黨政權完成了對臺灣農村社會的徹底改革。農復會所做的工作主要有以下幾項：
一、為臺灣耕者有其田的土地改革提供專業智力支持
國民黨當局遷臺後，為儘快站穩腳跟，獲得臺灣民眾的支持，50年代初期積極推動臺灣的土地改革。此次土改雖然由「政府」負責，但若無農復會的幫助與推動，恐怕難以完成。農復會在土改中的主要作用是：
1、為土改提供總體的政策規劃和諮詢。
在農復會中美專家的建議下，國民黨當局決定土改採取比較溫和的政策，分三步進行：
● 先實施「三七五減租」(編者註：即限定耕地租額不得超過主要作物全年收穫總量的37.5%，同時租期不得少於6年)，還沒有實施土地所有權的轉移，只是減租。第二步是「公地放領」，就是在轉移私有土地的所有權之前，先拿公家的地做示範，把公家所有的地拿出部分放領，轉移所有權（編者註：轉移為農民私人所有）。到第三步才是民間私有土地所有權的轉移，使「耕者有其田」。（《臺灣「土改」的前前後後——農復會口述歷史》，九州出版社第138頁）
在第三階段贖買地主土地時，為避免採用現金收購會導致通貨膨脹，農復會建議建議採用債券的方式贖買土地。在農復會的主導下，國民黨當局公布了「耕者有其田條例」，其中對地主土地的贖買政策為：
● 徵收地價之規定與補償：徵收地價，依各等則耕地主要作物正產品全年收穫總量的2.5倍計算。由政府以實物土地債券70%，公營事業股票成搭配補償。實物土地債券年利率4%，分10年均等償清。（於維君《中國農村復興委員會對臺灣土地改革的影響》）
2、協助「政府」清查耕地，採取措施減少地主農民之間矛盾。
在減租階段，農復會積極推動建立督導檢查制度，減少了地主和農民之間的矛盾。土地改革進行到「耕者有其田」階段時，為了徹底清查地籍，農復會提出實施地籍總歸戶的辦法，即將某人散及臺灣任何地區的土地都登記到其名下，避免在土改時有所遺漏和隱瞞。農復會為臺灣省政府的地籍清查活動提供了技術和經費協助，保證了這一措施有效執行。
3、訓練「土改」工作人員，為土改各項工作提供撥款。
農復會為了推進土改的順利進行，積極配合臺灣省「政府」對工作人員進行訓練。主要的訓練有4次共6269人次，此外農復會還針對土改中的不同分工對各類工作人員進行專門訓練，比如，農復會以撥款並訓練司法人員的方式，協助政府解決大量不同的土地糾紛。