從1939年9月18日開始， SS「髑髏」師首任師長提奧多爾·艾克旗隊長就奉阿道夫·希特勒之命，全身心地投入到組建SS「髑髏」師的工作中。除了SS但澤本土衛隊成建制併入SS「髑髏」師外，還有6500名軍事素質達標的獄警也加入了SS「髑髏」師這個大家庭。不過，無論是但澤本土衛隊還是獄警都沒有受過專業訓練，不可能在短時間內充當工兵、炮兵和通信兵等技術兵種。這個時候，黨衛隊特別機動部隊伸出了援手，許多參加過波蘭戰役的黨衛隊特別機動部隊工兵、炮兵和通信兵奉命轉屬SS「髑髏」師，幫提奧多爾·艾克解決了一個大難題。
此外，來自黨衛隊的1萬名志願兵也補入了SS「髑髏」師，他們的出身和集中營獄警這行沒有任何瓜葛。這樣，在提奧多爾·艾克旗隊長的努力和各方的協助下，SS「髑髏」師指揮部和各團營得以迅速組建。建軍之初，兵營可謂人滿為患。不過，提奧多爾·艾克旗隊長可沒打算讓這些新兵蛋子休息，很快全師就進入了士兵基礎訓練和士官、軍官專業密集培訓的艱苦訓練月。
教官們正在教導新兵如何使用MP38型衝鋒鎗。MP38式衝鋒鎗是世界上第一支成功地使用摺疊式槍託和採用鋼材與塑料製成的衝鋒鎗。波蘭戰役以後，德國軍工企業根據實戰的經驗，在1940年對該槍進行了改進，使它造價更低，工時更少，安全性更高，這個改進的型號就是大名鼎鼎的MP40衝鋒鎗
指導新兵如何使用Karabiner 98k步槍，該槍是二戰期間產量最多的輕武器之一，從1935年開始服役，直到二戰結束前都是德軍的制式步槍。Karabiner 98k步槍射擊精度高，經加裝4倍、6倍光學瞄準鏡後，亦可以作為一種優秀的狙擊步槍投入使用，還有相當多的精度較好的Karabiner 98k步槍被挑選出來改造成狙擊步槍。此外， Karabiner 98k步槍還可以加裝榴彈發射裝置發射槍榴彈，多功能性是Karabiner 98k步槍在德軍中服役如此之廣泛的原因之一
成軍以後，SS「髑髏」師的軍紀行政管理和人事調度權歸武裝黨衛軍，軍事部署和訓練則由國防軍負責，並歸德國陸軍第2集團軍節制。
在敘述SS「髑髏」師展開西線戰役前，再來小結一下SS「髑髏」師的編制、組織和訓練水平。自成軍以後， SS「髑髏」師一直是標準的摩託化步兵師編制，直到1942年11月9日最高統帥部決定將SS「髑髏」師改編為裝甲擲彈兵師。師長為提奧多爾·艾克地區總隊長，首席參謀為馮·蒙蒂格尼（Montigny）旗隊長。蒙蒂格尼曾經參加過第一次世界大戰，在舍爾海軍上將麾下服役於德國大洋艦隊。其他師主要參謀幹部如下：
後勤主任為保羅·蓋斯勒（Paul Geisler）二級突擊隊中隊長，情報主任為阿爾弗雷德·弗蘭克-格裡克克斯希（Gricksch）一級突擊隊中隊長，師副官為保羅·霍佩（Paul Hoppe）一級突擊隊中隊長。
SS「髑髏」師全師下轄3個摩託化步兵團：
SS第1「髑髏」摩託化步兵團，團長：馬克斯·西蒙（Max Simon）旗隊長
SS第2「髑髏」摩託化步兵團，團長：海因茨·貝特林（Heinz Bertling）旗隊長
SS第3「髑髏」摩託化步兵團，團長：漢斯-弗雷德裡曼·格策旗隊長（Hans-Friedemann Goetze，原但澤本土衛隊指揮官）其他師屬部隊：
SS「髑髏」偵察營，營長：希爾特斯（Hierthes）二級突擊隊大隊長
SS「髑髏」反坦克營，營長：卡爾·萊納（Karl Leiner）二級突擊隊大隊長
SS「髑髏」工兵營，營長：海因茨·拉默丁（Heinz Lammerding）二級突擊隊大隊長
SS「髑髏」通信營，營長：薩斯奧尼（Sansoni）二級突擊隊大隊長
成立之初，SS「髑髏」師從輕機槍到裝甲偵察車的主要武器裝備都是清一色的捷克斯科達兵工廠所造，雖然這些武器在戰鬥中發揮了重要的作用，但這些武器畢竟和德式武器構造性能差別較大，要掌握這些武器裝備並充分運用， SS「髑髏」師在訓練中多付出了不少心血。
1939年10月16日， SS「髑髏」師達到滿員編制。1939年10月27日，德國陸軍補充集團軍司令官下達命令，正式確定了SS「髑髏」師的軍人守則，並成立了相關的補充營機制。
儘管陸軍補充集團軍早就答應按編制撥給SS「髑髏」師武器裝備，但艾克還是為使部隊儘早實現裝備滿編而東奔西走。此外，艾克狠抓軍事訓練，讓新兵蛋子接受基礎步兵訓練，已經有過基礎訓練的老兵則進行野戰實彈射擊和兵種協同戰鬥訓練。這些士兵的努力和在訓練中灑下的汗水很快就會獲得百倍的回報。SS「髑髏」炮兵團駐於慕尼黑（弗萊曼軍營）、SS「髑髏」工兵營駐於德勒斯登，SS「髑髏」通信營駐於烏納（Unna）。在炮兵、高射炮/反坦克炮、步兵炮、戰鬥通信、裝甲偵察、後勤補給和反炮兵光測、聲測和測距捕捉敵目標等訓練上，SS「髑髏」師嚴格按照陸軍訓練大綱的要求對各個技術兵種進行了嚴格訓練。軍官、士官和選拔出來的優秀士兵也輪番到杜貝裡茨的步兵學校、尤特堡的炮兵學校和哈萊的通信兵學校進修。在指揮結構上，武裝黨衛軍分為隊長和分隊長，區別於陸軍的軍官、士官和士兵。同時強調上下級相處融洽，彼此熟悉，增強凝聚力，便於發揮戰鬥力。
談到戰鬥力，就不能不提軍紀，只有嚴明的軍紀才能保證一支部隊的戰鬥力。在這點上，1名前德意志帝國陸軍高級將領曾評價道，武裝黨衛軍在軍紀上比國防軍嚴明，可指揮素質卻令人不敢恭維。SS「髑髏」師的指揮和控制部隊能力的缺陷，在日後諸多戰役中暴露無遺，這種失誤往往會造成不應有的慘痛損失的發生，例如法國戰役一開始，因為上級胡亂插手指揮，導致SS第3「髑髏」摩託化步兵團團長格策旗隊長戰死。
對於SS「髑髏」師一系列的指揮失誤，大家都把矛頭指向艾克地區總隊長，他在1943年哈爾科夫反擊戰中不幸戰死。雖然他在戰爭中始終衝鋒在前，到處插手一線團營的戰鬥指揮和部署確實給部下造成了一定的困擾，但不可否認的是，他頻繁往返一線的行為鼓舞了士氣，是部隊戰鬥力巨大的驅動力，同時他的領導氣質和魅力以及他在危急的情況下堅如磐石的決心和價值觀都成為了SS「髑髏」師的靈魂。曾任德國陸軍南方集團軍群司令的埃裡希·馮·曼斯坦因元帥就評價道：「他（艾克）是一位真正的勇士。」除此之外，武裝黨衛軍總司令保羅·豪塞爾高級總隊長也在回憶錄中對武裝黨衛軍軍官衝鋒陷陣，與眾不同的精神評價道：在此，我有必要就當時德國陸軍內部廣泛流傳的所謂武裝黨衛軍軍官就是「黨官」的說法闡述一下自己的看法。我完全可以理解陸軍高級軍官與武裝黨衛軍同階軍官保持距離和不屑一顧的態度，因為大部分黨衛軍軍官都出身於原先各個地區的黨衛隊大小頭目，這些人沒有受過正規的軍事訓練，能力也十分有限。這類典型主要就是指澤普·迪特裡希和艾克，以及戰爭末期轉入武裝黨衛軍的（黨衛隊）大小頭目。針對這個問題，我想說說我自己的看法……
拿艾克來說，直到戰爭爆發前，他還只是SS「髑髏」旗隊的指揮官，他的資質很有限。他也從未從別的渠道爭取外援來協助訓練他的部下。這種孤立封閉、偏而不全的訓練方式，讓他們在1940年甚至1941年的戰爭中吃了不少苦頭。不過，艾克這個人的特點是意志堅定，這在防禦戰鬥中發揮了決定性的作用。
他的師（指SS「髑髏」師）在1941年-1942年的傑米揚斯克包圍圈內的惡戰苦鬥和1943年初的哈爾科夫反擊戰中證明了自己的價值，艾克本人也在戰鬥中陣亡。對艾克在傑米揚斯克包圍圈內堅如磐石的表現，眾多陸軍文獻和陸軍軍官的證詞足以證明，在此不復多言。對艾克戰前曾擔任看押集中營的SS「髑髏」旗隊長一職，我想勿過多指責。但就整個戰爭過程來看，因訓練片面而不足，加上素質上有所缺失，使艾克和他的部下從投入戰爭開始就蒙受了很大的損失。