伏苓向珍妃獻計，由她邀隆裕和瑾妃為光緒表演舞藝，可惜瑾妃舞技有限，令隆裕受傷。瑾妃斥責珍妃，更將多年不滿情緒向她發洩，珍妃心中受屈。伏苓從其他嬤嬤打探到陳嬤嬤常取得宮中的名貴藥材，她不知已有神秘人在旁窺探。杜仲對陳嬤嬤每次由百川診治抱疑問，忽想起百川拇指上有一玉斑指，與陳嬤嬤臉上的瘀痕位置相似，他擔心伏苓有意外。
伏苓以為百川是消息人士，向他念暗號，百川不明，卻怕她洩密要殺她。杜仲伏苓互相躲避 伏苓乘時制服百川將他繩之於法。杜仲由於與百川打鬥扭傷頸椎，伏苓幫他推拿，二人有講有笑，令戴娣和明珠誤會他們餘情未了。伏苓向她們表明與杜仲沒有任何關係，卻給杜仲聽到大為尷尬。伏苓一早到杜家為百合蒸腳，杜仲藉故提早離家到太醫院，避開伏苓。敏全擔心百川倒賣藥材受牽連，懷安囑他小心行事，他要想辦法消除杜仲，避免被他破壞好事。各御醫抱怨杜仲處事魯莽，令太醫院蒙羞。杜仲不以為自己有罪，在各人爭論得面紅耳之際，涴佳奉慈禧口諭要隨杜仲學習醫術。
杜仲給涴佳大堆醫書要她熟讀，涴佳頭痛。 餘嬤嬤瘋癲祭嬰靈 伏苓借送玉貴名貴禮物，教授宮中各太監推拿為名，實為找尋消息人士，玉貴答應幫忙。錫庚給涴佳背誦醫書，怎知發現她在書堆裡睡著，伏苓到太醫院找杜仲幫忙教太監推拿，杜仲藉詞教涴佳醫術推辭。幼蘭臉上長滿紅點，杜仲懷疑她吃了致敏食物，幼蘭有意隱瞞，杜仲故意離開，卻在門外大聲指出幼蘭病情惡化。原來她誤信載灃所講吃花瓣會散發體香，杜仲知道如何醫治幼蘭。珍妃念著死去胎兒每夜睡不安寧，伏苓願代她去拜祭嬰靈。伏苓與杜仲前去祭祀，突然看到餘嬤嬤瘋瘋癲癲來拜祭嬰靈，更說不是她害死它，伏苓杜仲感奇怪。 杜仲暫停伏苓推拿 杜仲推測餘嬤嬤與珍妃滑胎有關，是夜他與伏苓再到北三所，由伏苓假扮珍妃向餘嬤嬤追問是誰殺死她的孩兒！餘嬤嬤不肯招出誰是主謀，還嚇至暈倒。
二人返回太醫院，錫庚跑來告知餘嬤嬤懸梁自盡，杜仲檢驗餘嬤嬤死因沒可疑。杜仲警惕伏苓勿將事件張揚開去，要她保守秘密。百合將伏苓留下的餅送給杜仲吃，杜仲不期然思念伏苓。為免對伏苓生情，杜仲藉詞伏苓宮中事忙，向百合暫停推拿，百合贊成。光緒召載漪要他向慈禧闡明義和團的騙人伎倆，向洋人議和才可避免生靈塗炭，載漪卻道是奉慈禧之命向洋人開戰，光緒警告載漪，並說對他曾作過的行為，他可以既往不咎……
慈禧率眾妃到廟中禮佛，光緒與珍妃在廟外跪拜，請慈禧停止向聯軍宣戰，慈禧覺得光緒向西洋諸國屈服，不配為人君。光緒願退位讓賢，以請慈禧收回成命。慈禧以為光緒受珍妃唆擺威脅她，命人掌摑珍妃，光緒哀求至吐血暈倒。懷安向杜仲單打，認為有人多管閒事，引起光緒關注外間事，使他未能安心靜養。1900年八國聯軍攻入北京，載漪和載灃接慈禧離宮西狩，玉貴到瀛臺接走光緒，但獨留珍妃在北三所，光緒囑杜仲接珍妃跟上大隊。 伏苓留下珍妃躲藏 杜仲帶珍妃和伏苓離開紫禁城，遇上英軍殺入。杜仲指珍妃和伏苓是宮女，才獲英軍放行。紫禁城到處被聯軍擄人放火，杜仲要伏苓帶珍妃往小屋躲藏，他則去救其他宮女。葛根返存仁館保護各人，金贊到杜家接走百合。伏苓和珍妃等了一段時間，尚未見杜仲回來，伏苓決定外出找杜仲，留下珍妃躲藏。伏苓在宮中遇見到一聯兵穿朝服的男子，以為是杜仲，奮不顧身拯救，冷不防聯兵從後刺殺伏苓，這時杜仲撲出擋了一刀。
二人趕返小屋，珍妃已不知所終。德齡到存仁館找葛根，卻被鐵骨脅持走入存仁館躲避洋兵追殺。 杜仲伏苓各懷心事 杜仲邀伏苓到家中暫避，兩人閒聊，講述她當年與鴻儒離開北京到廣州，因生活逼人，伏苓也外出打工幫補生計，直至有晚下班回家不見鴻儒，他留書謂不能再吃苦，此後她再沒見過他。杜仲讚賞她曾有一段轟轟烈烈的愛情，伏苓卻羨慕他與百合無風無浪過日子。半夜，伏苓與杜仲各懷心事，伏苓拿著玉佩嗟嘆下半生要孤獨終老，無聊下拿起杜仲的醫書翻閱，竟找出杜仲寫的詩，想起當年離開杜仲的情景，令她增添幾分愁緒，時杜仲送厚被給伏苓保暖，伏苓的手無意中觸碰杜仲，杜仲也添惆悵。翌日錫庚找杜仲返太醫院收起藏書，這時日軍大佐領兵進駐，他要御醫交出《青囊書》。 杜仲救治日帥槍傷 杜仲向大佐推薦錫庚能默寫《青囊書》內容。杜仲要錫庚將他多年行醫心得寫出來，既瞞天過海，又可拯救太醫院各人。伏苓等候杜仲多時尚未見他出現，折返太醫院，只見數字太醫，獨不見杜仲，擔心他有意外。待大佐出現時，伏苓向大佐襲擊，混亂間槍傷大佐，伏苓被副官擒獲。杜仲和錫庚已默寫完醫書走出房間，看到大佐流血不止，杜仲請纓為大佐做手術，但要保證不可傷害各人。杜仲憑著他曾看過泰來神父做手術，成功取出子彈，大佐手術成功身體無恙。大佐答應放過太醫院各人，唯獨用槍指著伏苓……