載灃宴請慈禧和兩位貴妃品嚐由德齡烹調的牛扒，他本想向慈禧說出喜歡德齡的心意，卻被瑜貴妃搶先一步要他趕快迎娶幼蘭，載灃無奈把話收回。世凱特意送來賀禮，他向載灃分析娶了榮祿女兒，能令他事業更上一層樓，載灃被世凱一言驚醒。載灃深知世凱為人，他想留守京師以及取代鴻章職位，盼載灃向慈禧引薦。載灃與瑜貴妃約會，被德齡發現載灃親吻瑜貴妃。當載灃打算將德齡金屋藏嬌時，德齡卻揭穿其惡行。
杜仲查出問題藥丸
葛根向德齡示愛，德齡明白葛根對她的愛意，但她只視其為知己，祝福他日後能遇上值得去愛的人，然後黯然離去。葛根明知載灃非善類，他向伏苓表明願意留在載灃身邊，替她打探情報。
慈禧忽然上吐下瀉找杜仲請脈，杜仲檢查慈禧的消渴症藥物沒有相衝徵狀，最後懷疑藥材出問題，找來涴佳和錫庚一起試藥，卻只有涴佳出現上吐下瀉症狀，而涴佳也只吃過由慈禧賞賜的白鳳丸。杜仲檢查白鳳丸，發現只有部分味道已變壞。錫庚查出白鳳丸竟是來自良濟贊堂。此時順天府緝拿金贊歸案，並將良濟贊堂查封。杜仲返太醫院了解，得知是懷安向太醫院上報。
杜仲查案嶽父身故
杜仲往順天府監牢探望金贊，見他被打至重傷，金贊向杜仲重申沒有賣過期藥，杜仲決要為嶽父翻案。他轉向載灃求助，但案件已交順天府審理，載灃也不便插手，他提醒杜仲儘快找出證據。杜仲求文光出面向順天府發還白鳳丸檢驗，懷安認為杜仲只想救其嶽父而不理太醫院存亡，文光怕連累太醫院而拒絕。杜仲返家，卻見百合和婢僕傷心拭淚，百合告知金贊死在獄中且已籤押認罪，杜仲明白是衙門嚴刑拷打結案，百合苛責杜仲查白鳳丸累事。
伏苓幫忙追查案件
杜仲向涴佳查問宮中的白鳳丸，杜仲認為順天府存放有問題白鳳丸，他打算求載灃重審案件，此時有神秘人偷聽他們討論。載灃告知順天府已銷毀證物，杜仲失落。順天府衙差到杜家緝拿杜仲審問，杜仲進家門前已被伏苓截住帶他到石屋躲避，並表示願意幫杜仲。
伏苓潛入慈禧寢宮搜查白鳳丸，怎知連英折返將其逮著，慈禧知她是幫杜仲查白鳳丸案，誤會她對杜仲仍存有感情，伏苓向慈禧解釋不想杜仲含冤受屈，步其嶽丈後塵。慈禧覺得伏苓有情有義，姑且原諒她，還要連英交出私藏的白鳳丸。杜仲將白鳳丸膠囊切開，伏苓發現包裹藥丸的蜂蠟有可疑伏苓和葛根到蠟廠追查金贊購買的蜂蠟，查出御醫殷福致曾買下一批下價貨。
杜仲發現有人貪財，將舊藥丸用下架蜂蠟重新包裝，當作新藥賣給太醫院賺取利潤，期間因為包裝過程出錯令藥丸變壞。錫庚要挾福致要分一杯羹，約定在廟中交錢。福致帶懷安來殺錫庚，杜仲將懷安、福致繩之於法。良濟贊堂解封重開，由百合打理。光緒有感太醫院腐敗，需進行改革。
載灃強奪世凱軍火
百合得悉杜仲破案是伏苓暗中幫忙，又認為杜仲留在太醫院，實為留於宮中與伏苓相見，因而對伏苓更恨之入骨。載灃和幼蘭完婚，慈喜促他們為皇族開枝散葉。太醫院重建落成，由光緒主持搬遷儀式，光緒建議引入西洋醫學，並交由杜仲全權執行，各御醫對西醫有保留，只有錫庚替杜仲高興。世凱向載灃追問添購的軍火何故會落在他手中，載灃稱取去軍火是為加強保衛京師，令世凱氣上心頭。
伏苓離京杜仲惆悵
伏苓遇見玉貴與乞丐糾纏，她追趕時被失明的老乞丐阻撓，待她追至山神廟，突然被人從後偷襲，赫見偷襲者正是剛才的老乞丐。武功高強的老乞丐把伏苓制服，又逼她供出組織名單，伏苓視死如歸。老乞丐向伏苓擲出三把飛刀，最後一把刀竟把綁著伏苓的麻繩割斷。原來此人就是組織的負責人徐扁，徐扁收到線報，得知載灃得了一批軍火，組織要伏苓協助劫走。
伏苓在頤和園遇見杜仲，告知翌日離開京師南下廣州，杜仲看著伏苓的背影感到惆悵。杜仲到王府為幼蘭胎兒把脈，聽見玉貴向載灃報告革命黨要劫他的軍火。杜仲擔心伏苓，立即坐車趕去倉庫，至山腰時看到倉庫爆炸。
伏苓失蹤下落不明
倉庫共撿出八具被炸至面目全非的死屍，推測是革命黨搶軍火引致爆炸，伏苓卻生死未卜。杜仲晚上再到倉庫尋找線索，最終被他找到伏苓的玉珮。杜仲和百合過著平靜安穩的生活，百合明白不能留住杜仲的心，但願留住他的人，其他事一概不重要。杜仲為已有八個月身孕的幼蘭把脈，載灃只關心胎兒健康。慈喜與各妃嬪吃過茶點後，囑咐幼蘭到廟裡祈福。隆裕、瑾妃和瑜貴妃眼見幼蘭受慈禧關愛，心中妒忌。拜畢菩薩，幼蘭一時失足竟在石階上跌倒……