古代中國一直以農為本，從皇帝到佃農，都以此為根本，商卻被視為末流，不僅得不到鼓勵，甚至還遭到各種限制，甚至無端打壓。
說起來，宋朝的經濟倒是被時人和後人津津樂道的，不僅在於官家的奢華，還有小民的滋味。
《清明上河圖密碼2》中有一個關鍵人物——牙絕馮賽，通過商業經紀翹楚的視角，將北宋中心汴京的繁盛描繪地淋漓盡致。
馮賽和現在大多數從家鄉到北上廣尋求機會的年輕人一樣，剛開始帶著一點盤纏來汴京闖天下，通過自己的勤奮和誠信，成了牙人中的精英，置辦了寬敞雅致的院舍，還和妻子邱函有了玲兒、瓏兒兩個可愛的女兒，更娶了汴京行院「念奴十二嬌」的茶奴柳碧拂做側室，可謂齊人之美。
然而，一開始的飛錢奇案，就註定了汴京在發生重大改變，三商案更是給了馮賽迎頭痛擊，不僅炭行因供貨人跑了為難他，把小舅子柳二郎扣下，魚行、豬行等案子也把馮賽的生存空間更加收窄，更要命的是，馮賽的妻妾和兩個女兒，都被人以弟弟馮寶的名義給劫走了，生死不明。
為了找回妻妾女兒，也為了生存，馮賽一直奔走在解決與被解決的路上，但一波未平一波又起，百萬案的到來又讓馮賽多了一愁，他發現糧行、鹽行、茶行等都出了問題，而且出問題的供貨人，還都是自己的老鄉江西人，他懷疑是在家鄉的時候得罪了什麼人，但卻想不明白到底是誰在報復自己。
馮賽的境況越發落拓，但他沒有喪氣，就算住在寺廟偏房也一直在想辦法解決問題，三商案、百萬案先後得到了解決，商海裡的鬥爭讓不少無辜的人捲入其中，甚至丟掉了性命；而飛錢案則是三案匯總，首先就牽出了汪石等供貨人在江西犯下的大案，他們還用假錢換出真錢，然後途中再把假錢偷出來，賣給了谷家銀鋪，利用這些錢在汴京各行攪出腥風血雨。
而這左藏庫的飛錢案也與此有關，由於真錢早就被換走，假錢又被偷了，箱子裡裝滿了冰塊，天氣一熱冰化了就成了空箱子，汪石等人利用左藏庫裡愛偷錢賭博的人，通過風鷂裡應外合做出飛錢異象。
馮賽最終也想明白了一件事，確切的說是一個人，柳二郎，這個人在馮賽身邊時間不長，卻跟各種疑點貼合，他也正是幕後主使李二郎、劉公子。
馮賽想從監獄裡把柳二郎找出來，卻發現他已經被放走了，這時盧饅頭已經發現了邱函母女的下落，馮賽跟崔豪等人一起救出了邱函和瓏兒，看守的婦人告訴他一個驚人的消息，柳碧拂是一個知情人，綁架她也是參與人之一，孩子打掉了，人已經出家了。
馮賽見到了已經成了尼姑的柳碧拂，柳碧拂告訴他自己一開始就是在報復，因為馮賽的誠信和正義，讓她父親的報復之舉沒能實現，導致家破人亡，自己也被賣進了妓院，現在萬念皆空，還給出了玲兒被困的地方。
馮賽救出玲兒，返回寺院，發現了柳二郎留下的百萬銀票，之後還有一連串的真相，等著被揭開。
馮賽賭上命的拼搏，將大宋的繁榮介紹地淋漓盡致，然而，這已經是宋徽宗時期，危機四伏啊。