雖然民進黨長期以來把鄭南榕當做「英雄」來追思。但臺灣《遠望》雜誌發表文章指出，鄭南榕當年高喊臺獨時，民進黨人唯恐避之不及，甚至因鄭是外省人，懷疑他是國民黨安排的臥底。
文章說，1980年代初，臺獨仍是禁忌，當時黨外人士都努力撇清臺獨，直到1986年組成民進黨時，都還假裝該黨「只是追求民主」，但鄭卻在1987年用閩南語大聲宣揚「臺獨」。民進黨創黨元老陳興正醫師回憶：「有些政治臺面人物後來裝模作樣地對鄭南榕造神、紀念、感念等等，其實事實完全不是這樣。他們說鄭是爪扒仔（奸細），要不就說他腦袋進水，秀逗了。有幾位大佬當時還當我的面講得樂不可支，把鄭南榕當成笑話看。」文章最後總結，鄭南榕是外省人的悲劇，也是臺獨用以獲利的慘劇。
民進黨當局去年上臺後，將4月7日訂定為「言論自由日」，標榜鄭南榕在主張言論自由的地位，卻隱諱了他主張臺灣獨立的事跡。不過，在4月6日臺「文化部」策劃的「100%言論自由」特展上，鄭南榕遺孀葉菊蘭稱，「鄭南榕爭取的不只是100％言論自由，還要有獨立自主的國家，不要在中國恐嚇威脅下妥協。」
鄭南榕遺孀葉菊蘭
臺灣《聯合報》7號發表評論文章指出，言論自由不只是「我想說什麼就說什麼的自由」，仍應衡量言論的真偽、正誤與是非。鄭南榕在28年前以自焚主張臺獨，或可謂乃是政治激情的表現。但這一代的民進黨或時代力量，不必自焚也可主張臺獨，但他們卻開始退縮，反映出臺獨的可實現性面臨前所未見的低點。
例如，時代力量曾堅持訂定所謂「我國與中華人民共和國締結協議處理條例」，「我國」一詞，既不願用「中華民國」，又不敢用「臺灣國」，已是進退維谷；更用「聯席審查」來抵制議事，暴露出其不敢明目張胆宣揚「兩國論」的色厲內荏。此時，似也聽不到有人說「我是XXX，我主張臺獨」。而最近包括林飛帆、陳為廷等當年的太陽花學運頭目，也都開始質疑民進黨在制訂「兩岸協議監督條例」的態度，民進黨「立法院」黨團總召柯建銘則反嗆「太陽花學運已經走到盡頭了」，可謂一語道破，鄭南榕的臺獨主張，未必禁得起社會理智與社會責任的考驗。
文章還指出，就連鄭南榕主張的所謂「百分之百的言論自由」，也已被蔡當局戳破。民進黨爭取到了主張臺獨的言論自由，但退役將領為何沒有參加大陸政治活動的「言論自由」？難道蔡英文所說的「任何人都不必為他的政治認同而道歉」，只是不必為主張臺獨而道歉？
民進黨重新上臺執政以後，採取了很多隱蔽的手法推動「軟性臺獨」。外界普遍認為，蔡英文利用手中掌握的行政權力，表彰一名鼓吹「臺灣獨立」的偏激文人，並要求全島各機關每年都進行紀念活動，其目的已經十分清楚，就是要以溫水煮青蛙的方式，厚植他們的「臺獨」民意基礎。