設立手冊
1 企業申請設立手冊應向海關提交的單證資料
（1）經營企業委託加工的，應當提交經營企業與加工企業籤訂的委託加工合同、主管部門籤發的加工企業「加工貿易加工企業生產能力證明」；
（2）如果經營企業自身有加工能力的，應當提交主管部門籤發的「加工貿易加工企業生產能力證明」；
（3）經營企業對外籤訂的合同。
2 企業申請設立手冊應向海關提交的單證資料
海關總署2016年第56號公告要求，企業應按照合同有效期申報手冊有效期，原則上不得超過一年。（沒有變化）
3 加工貿易企業申請手冊數量
加工貿易企業可根據生產計劃和執行情況，向海關申請手冊。金關二期未對手冊份數進行限制。
4 海關要求企業提供擔保
有下列情形之一的，海關可要求經營企業在辦理手冊設立手續時提供相當於應繳稅款金額的保證金或者銀行、非銀行金融機構保函：
（1）涉嫌走私，已經被海關立案偵查，案件尚未審結的；
（2）由於管理混亂被海關要求整改，在整改期內的；
（3）租賃廠房或者設備的；
（4）首次開展加工貿易業務的；
（5）加工貿易手冊延期兩次（含兩次）以上的；
（6）辦理異地加工貿易手續的；
（7）涉嫌違規，已經被海關立案調查，案件尚未審結的。
5 申請設立手冊表頭「進出口岸」欄應如何填報
企業應當根據合同和生產經營安排如實選擇填報有關加工貿易貨物實際進出境口岸，「進出口岸」應詳細填報有關隸屬海關的4位關區代碼，不能籠統填報直屬海關關區代碼（如「深圳海關5300」）。
確因特殊情況無法準確填報的，應當在有關設立手冊的書面申請報告中如實說明情況。經海關核准，有關欄目可暫不填報。
6 申請設立手冊表頭「單耗申報環節」應如何填報
企業申請設立手冊時，表頭「單耗申報環節」欄目有「出口前」與「報核前」兩種填報情形。除經海關核准在報核前申報單耗的企業（如參與「加工貿易單耗自核試點」企業）可填報為「報核前」外，其他企業原則上應填報為「出口前」。
合同備案
1 金關二期沒有手冊備案資料庫
簡化金關二期的操作，取消了手冊備案資料庫，企業直接通過系統開設手冊即可。
2 損耗分成無形損耗和有形損耗進行申報
「有形損耗」，指工藝損耗中除無形損耗外的部分。金關二期要求無形損耗和有形損耗分別申報，企業按生產實際分別申報無形損耗和有形損耗即可。
「無形損耗」，一般是指由於物質性質、生產技術、經濟等原因，不再進行回收、提取，而是以氣體、液體、粉塵等狀態排放的部分。
3 淨耗、無形損耗、有形損耗、單耗之間的關係
金關二期手（帳）冊設立時，「淨耗」「無形損耗」「有形損耗」等三欄是必填項，而「單耗」為非必填項。
系統將根據企業申報的淨耗、無形損耗、有形損耗等三項數據自動核算出總的耗料情況。單耗的數據不會納入到實際核算中，只是為了便於企業更直觀反映單耗。
4 金關二期手冊系統中「單耗版本」
「單耗版本」是為了與帳冊的「單耗版本」統一欄位格式而設置的，手冊系統中的單耗版本號系統已默認填報為「0」。
5 「單耗版本」備案時間及填報
帳冊設立時無需備案單耗版本，出口前應備案。企業可自定義單耗版本的編碼規則，可以包括數字和字母，4位關區代碼，因為「0」是手冊統一填寫的單耗版本。
6 企業同一成品料號對應不同的客戶用料
相同成品料號對應不同用料時，可當作不同的成品申報單耗備案。在填報這些成品的備案信息時，需根據不同客戶的用料版本分別填報1、2、3等自然數用作單耗版本號；帳冊首次備案的成品單耗版本號填「1」。
備案後，這些成品的序號、料號等信息一致，而單耗版本號及對應單耗會有所不同。在後續通關環節，企業應根據貨物的實際單耗版本號進行申報，企業也可以根據不同客戶建立不同的料號。
7 已備案的成品和料件申請變更信息
金關二期與H2010的備案要求一致。備案通過後，原則上不允許變更備案單位和單損耗。帳冊成品/料件表體的申報幣制一旦申報成功並審批通過後無法變更。
保稅核注清單
1 保稅核注清單啟用後相關申報流程變化
（1）為簡化手續，企業辦理加工貿易貨物餘料結轉、加工貿易貨物銷毀（處置後未獲得收入）、加工貿易不作價設備結轉手續的，可不再辦理報關單申報手續；海關特殊監管區域、保稅監管場所間或與區（場所）外企業間進出貨物的，區（場所）內企業可不再辦理備案清單申報手續。
（2）企業已設立金關二期保稅底帳的，在辦理貨物進出境、進出海關特殊監管區域、保稅監管場所，以及開展海關特殊監管區域、保稅監管場所、加工貿易企業間保稅貨物流（結）轉業務的，相關企業應按照金關二期保稅核注清單系統設定的格式和填制要求向海關報送保稅核注清單數據信息，再根據實際業務需要辦理報關手續。
（3）企業報送保稅核注清單後需要辦理報關單（備案清單）申報手續的，報關單（備案清單）申報數據由保稅核注清單數據歸併生成。
（4）海關特殊監管區域、保稅監管場所、加工貿易企業間加工貿易及保稅貨物流轉，應先由轉入企業報送進口保稅核注清單，再由轉出企業報送出口保稅核注清單。
2 保稅核注清單的修改、撤銷規定
（1）貨物進出口報關單需撤銷的，其對應的保稅核注清單應一併撤銷。
（2）保稅核注清單無需辦理報關單（備案清單）申報或對應報關單（備案清單）尚未申報的，只能申請撤銷。
（3）貨物進出口報關單（備案清單）修改項目涉及保稅核注清單修改的，應先修改清單，確保清單與報關單（備案清單）的一致性。
（4）報關單、保稅核注清單修改項目涉及保稅底帳已備案數據的，應先變更保稅底帳數據。
（5）底帳已核銷的，保稅核注清單不得修改、撤銷。
（6）海關對保稅核注清單數據有布控覆核要求的，在辦結相關手續前不得修改或者撤銷保稅核注清單。
3 企業按料號級進行申報
不是強制性。但金關二期全面支持料號級管理，企業申請金關二期保稅底帳時，無須將料號級數據進行歸併，可直接申報料號級數據辦理業務。這不僅為企業免去了料號歸併等不必要的工作，而且可以實現企業和海關管理顆粒度相一致，為關企底帳數據相一致創造更加有利的支持條件。
4 自定義報關單的商品序號
保稅核注清單表體中的「報關單商品序號」欄，是指歸併生成報關單中的商品序號。
非必填項，不填時，生成報關單時將按系統設定的歸併原則自動歸併，並生成相應的商品項。企業如有特殊需要，可按需填入想要生成的報關單中的商品序號。
5 一項料號的商品拆分成報關單上的兩項商品
保稅核注清單上一項料號的商品不能直接拆分成報關單上的兩項商品。
但可以在保稅核注清單上申報兩項相同料號的商品，並在保稅核注清單表體「報關單商品序號」欄錄入不同的報關單商品序號，從而在報關單上申報為兩項商品。
6 並為報關單（備案清單）同一商品項
（1）料號級料件同時滿足下列條件的可予以歸併：10位商品編碼相同；申報計量單位相同；中文商品名稱相同；幣制相同；原產國（地區）相同。其中，根據相關規定可予保稅的消耗性物料與其他保稅料件不得歸併；因管理需要，海關或企業認為需要單列的商品不得歸併。
（2）出口成品同時滿足下列條件的可予以歸併：10位商品編碼相同；申報計量單位相同；中文商品名稱相同；幣制相同；最終目的國（地區）相同。
其中，出口應稅商品不得歸併；涉及單耗標準與不涉及單耗標準的料號級成品不得歸併；因管理需要，海關或企業認為需要單列的商品不得歸併。