成吉思汗陵只是成吉思汗的衣冠冢，至於屍身葬於何處，這至今都還是一個未解的謎團。成吉思汗給後世留下的諸多謎團，吊足了無數人的胃口。其中，最具魅力的歷史懸念都是與死有關：一是怎麼死的？二是死了葬哪？
依明太祖朱元璋稱帝當年(公元1368年)年底即下詔篡修的《元史》記載，成吉思汗之死很明了，病重不治：「(公元1227年)秋七月壬午，不豫。己丑，崩於薩裡川啥老徒之行宮。」《元史》總編輯、一代大文臣宋濂，僅僅用了20個字，就交代清了一代天驕「崩」的過程。但，文字看似言簡意賅，實則語焉不詳，因此後世一直弄個明白，成吉思汗到底怎麼死的；蒙古民間傳說，成吉思汗被西夏王妃咬掉生殖器而死是怎麼一回事。
關於成吉思汗的死因，大概有五種，多與西夏有關。
其中最正統的，也為更多人的知道的，就是《元史》中採信的「墜馬說」。
墜馬說
蒙古人撰編的《元朝秘史》(卷十四)記載，「成吉思既住過冬，欲徵唐兀。從新整點軍馬，至狗兒年秋，去徵唐兀，以夫人也遂從行。冬間，於阿兒不合地面圍獵，成吉思騎一匹紅沙馬，為野馬所驚，成吉思墜馬跌傷，就於搠斡兒合惕地面下營。次日，也遂夫人對大王並眾官人說：『皇帝今夜好生發熱，您可商量』。」
「唐兀」，是當年蒙古人對西夏人的叫法；「狗兒年」，是宋理宗寶慶二年(公元1226年)。這裡交代一個史實，成吉思汗於1226年秋天，帶著夫人也遂去徵討西夏國。冬季時，在一個叫阿兒不合的地方打獵。不想他的騎的一匹紅沙馬，卻讓一匹野馬驚了，導致沒有防備得成吉思汗墜落馬下受傷，當夜就發起了高燒。1227七月「不豫」，病根即在此。為什麼一次墜馬傷重成這樣？據說是流血太多。
當時，也遂請隨從的將領商議這事怎麼辦，有人建議反正西夏城池都在，一時半會也逃走不了，乾脆回去養傷，等好了再來攻打。成吉思汗一生要強，心想如果這樣回去會讓西夏人笑話。也該他魂斷西夏，成吉思汗派員去西夏國探聽情況時，正好西夏一叫阿沙敢不的大臣譏笑，有本事你就來過招。成吉思汗聽說後，表示寧死不退兵，遂挺進賀蘭山，將阿沙敢不滅了。但此後，成吉思汗的傷病一直未好，反而加重，到1227年農曆七月十二(今陽曆8月25號)病死了，時虛歲67。如果當時成吉思汗回去了，這病根子就不會落下了。
雷擊說
雷電一直被古人視作最可怕的自然力。我國古文字中的神字便是雙手握雷電的形象。成吉思汗死後18年，一位羅馬教廷的使節來到蒙古，發現蒙古人也十分懼怕雷電。這位異鄉人還作出了一個判斷，成吉思汗是死於雷擊。
這種說法比較離。出使蒙古的羅馬教廷使節約翰？普蘭諾？加賓尼在其所文章透露，成吉思汗是可能是被雷電擊中身亡。約翰？普蘭諾？加賓尼當時到達蒙古國時，發現夏天的雷電傷人事故頻發，「在那裡卻有兇猛的雷擊和閃電，致使很多人死亡。」因為這原因，蒙古人很怕雷電。南宋彭達雅所著《黑韃事略》記載，「韃人每聞雷霆，必掩耳屈身至地，若躲避狀。」約翰？普蘭諾？加賓尼為葡萄牙人，出使中國的確實時間是公元1245-1247年，由教皇諾森四世派遣而來，回去後向教皇提交了題為《被我們稱為韃靼的蒙古人的歷史》出使報告。約翰？普蘭諾？加賓尼來時距成吉思汗死亡只有18年，比馬可？波羅早30年，記敘並非無稽之談。
「中毒說」
這種說法，來源於《馬可波羅遊記》。馬可波羅是十三世紀義大利商人，於1275年到達中國。其時正是元世祖忽必烈當政時間，有元朝有過17年的交往。其在遊記中記敘的成吉思汗的死因：在進攻西夏時圍攻太津(吉州，古要塞)時，膝部不幸中了西夏兵士射來的毒箭。結果可想而知，毒箭攻心，傷勢益重，一病不起。但民間另有傳說，成吉思汗是「中毒」而死，但卻不是中了西夏兵士的毒箭，而是讓被俘虜的西夏王妃古爾伯勒津郭斡哈屯下了毒，當時這位西夏王妃乘陪寑之機行事的。
「被刺說」
這種說法與上面說的被俘西夏王妃古爾伯勒津郭斡哈屯有關，是下毒說法的另一種版本。在蒙古民間傳，成吉思汗的軍隊進攻西夏的過程中，兵士俘虜到了很漂亮的西夏王妃古爾伯勒津郭斡哈屯，進獻給成吉思汗。就在陪寑首夜，這位西夏王妃刺了放鬆警惕性的成吉思汗。被刺一說，源於成書於清朝康熙元年(公元1662年)《蒙古源流》。此書很珍貴，100年後，即1766年蒙古喀爾喀部親王成袞扎布作為禮物，將此書手抄本進獻乾隆皇帝。乾隆令人將其譯為滿、漢兩種文本，並題書名《飲定蒙古源流》，收入《四庫全書》。應該說，成吉思汗被刺一說是有很高的可信度的。
「被咬掉生殖器說」
這種說法，即未見於正史，野史也沒有記述，但在外蒙古人中間流傳。這一風流事件也是因為西夏王妃古爾伯勒津郭斡哈屯，「兇手」當然就是這位美麗女人了。據說，這位主妃被獻給成吉思汗後，成吉思汗要她做他的妃子，王妃表面同意了。但不甘受辱，集家仇國恨於一身的王妃在陪寑當天夜裡，借行房時成吉思汗正在興頭之機，將他的陰莖給咬掉了，頓時血流如注。一個長年在外徵戰的67歲老人，哪遇到過這種事情，又哪經得起這樣的折騰，羞恨交加，遂致病重。因為這是一件發生在帝王身上的難以啟齒的特大醜事，就被瞞了下來，對外只稱大汗是墜馬受傷致病重。本來就不想活的西夏王妃，自知成吉思汗不會過放過她，跳黃河自盡。
此說荒誕不經，但細分析一下還是有道理。如果成吉思汗真是死於西夏王妃之手，那麼行刺和下毒都是不具體條件的，陪寑時乃裸體，何處藏帶兇器和毒藥?即使帶有兇器和毒藥，作為一個被俘之人也是要搜身的。在這種情況下，兩手空空的王妃最致命的暴力行為自然是「咬」了——咬男人的要害處。
這個傳說夠得上是中國古代帝王風流故事中的極品了!真是這樣，這也是一種報應——風流人物風流死。
在幾十年的南徵西進中，每到一地，成吉思汗和他的手下，必奪搶女人，帶著一副生殖器處處留情，後代子孫無數，被史學界戲稱為「播種機」。據估算，目前在世界上有1600萬的男子與成吉思汗有血緣關係。而成吉思汗對女人如此嗜好，大概是一種「遺傳」。當年，蒙古族有搶人家女人的習慣，把女人看作是一種財物。成吉思汗的母親就是其父親也速該把阿禿兒搶來的，在今天看來就太流氓了。有一次也速該在斡難河邊放鷹，篾兒乞惕人也客赤列都帶著美麗的妻子從旁邊經過。也速該見少婦如此美貌，一下子動心了，立即攔下也客赤列都的馬車搶人。見情況不對，本想拼命的也客赤列都丟下妻子逃走了。這個少婦就是成吉思汗的母親、後來的宣懿太后訶額侖(也有譯「月倫」)。
成吉思汗的妻子叫孛兒帖，則被其母親前夫所在部落搶過，後來給奪了回來。成吉思汗與孛兒帖的婚姻很有意思。按照當時蒙古族的風俗，也速該便帶9歲的成吉思汗去他母親所在部落「索女」，即給兒子討媳婦。走到半路上碰到了孛兒帖的父親德薛禪，聽說此事後，再看看成吉思汗漢面相不凡，是個美少年，德薛禪便對也速該說，家裡有一個年方10歲的小女，希望成為親人家，請也速該去看看是否中意。到德薛禪一看，也速該滿心喜歡。過了一宿，次日德薛禪要也速該把成吉思汗留下當女婿，也速該同意了，並從隨來的馬中挑了一匹最好的作為定禮。也速該臨走時留下一句話，「我兒子怕狗，休教狗驚著。(《元朝秘史》卷一)」一代馳騁疆場的英雄漢子，小時候卻怕狗，這是恐怕是很多人不會想到的。就在也速該留下兒子獨自離開的路上，被仇家、塔塔兒人給毒死了。