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FSN前傳，第四次聖杯戰爭的故事
七對主僕：
Saber阿爾託莉雅——衛宮切嗣/愛麗絲菲爾
Archer吉爾伽美什——遠坂時臣→言峰綺禮
Rider伊斯坎達爾——韋伯
Lancer迪盧木多——肯尼斯/索拉烏
Caster藍鬍子——龍之介
Assassin——言峰綺禮
Berserker——間桐雁夜
衛宮切嗣為了成為正義的夥伴毀掉聖杯戰爭從而拯救人類，前身是魔術師獵人，入贅愛因茲貝倫家，與人造人聖杯容器愛麗絲菲爾結合併生下五戰小聖杯伊利雅，通過愛因茲貝倫家的幫助獲得騎士王亞瑟的聖遺物——劍鞘阿瓦隆，召喚亞瑟王，並將劍鞘藏於妻子愛麗體內，讓其假裝saber御主，自己和助手久宇舞彌藏身暗處伺機獲得射殺對手。擅長用現代熱兵器。其魔術禮裝為起源彈，對魔術迴路全開的魔術師有致命一擊的作用。
遠坂時臣作為遠坂家的家主，為了追尋魔術根源而參加聖杯戰爭，並勾結教會讓監督者言峰璃正之子言峰綺禮加入聖杯戰爭，想與其暗中結盟殺掉另外五個御主獲得聖杯。通過聖遺物蛇皮召喚人類最古老的王——吉爾伽美什。女兒遠坂凜為家族繼承人，魔術天賦奇高，另一個女兒遠坂櫻過繼給魔術迴路斷絕的世交間桐家。
言峰綺禮，原為聖教會的聖杯戰爭監督人之子，後在父親和遠坂時臣的說服下參加聖杯戰爭，在戰爭過程中被吉爾伽美什教唆引誘，逐漸激發自身因被教會信仰教導而壓抑激化的變態愉悅本性，想要贏得聖杯來解答自身人性的矛盾。在吉爾伽美什引誘下殺死遠坂時臣，與吉爾伽美什締結契約成為其御主。
間桐雁夜，間桐家此代唯一的魔法繼承人，但此前曾拒絕參與聖杯戰爭。因此間桐家主只好過繼來遠坂櫻並改造其使其適應間桐家魔術迴路，參與下一屆聖杯戰爭。得知此事後的間桐雁夜不忍心看遠坂櫻遭受厄運，主動提出參與四戰並以奪得聖杯為條件交換遠坂櫻的自由。為了短時間內提升其魔術能力，接受了間桐髒硯的蟲魔術，並因此造成極大身體負擔。召喚的從者為berserker蘭斯洛特。
迪盧木多與亞瑟王二者首次交手發生在倉庫邊，此時肯尼斯並未獲得禮裝月髓靈液因此隱藏在暗處，Lancer與saber一戰中用紅薔薇破除saber鎧甲，後用黃薔薇傷了saber左手，使其在後續戰爭中無法使用寶具誓約勝利之劍。此戰中rider、berserker、archer、assassin均露面。
肯尼斯主動襲擊衛宮切嗣的城堡，在鬥爭中被切嗣的起源彈所傷再起不能失去御主能力。期間Lancer和saber一同在樹林裡和caster戰鬥，最後Lancer被令咒召回救了肯尼斯一命。此時言峰綺禮在森林中襲擊愛麗和舞彌二人，被saber打斷。此戰後衛宮家搬到日本道場居住。失去魔術迴路的肯尼斯無法繼續充當御主角色，被其未婚妻索拉烏威脅交出了剩餘的兩道令咒，Lancer雖然誓死效忠一位君主只願意充當肯尼斯的從者，但因索拉烏聲稱與其合作贏得聖杯後一定會向聖杯許願救回肯尼斯，暫時與索拉烏達成一致締結契約。
rider邀請saber及archer進行三王會談，此時眾人一舉一動均被遠坂時臣監視，覺得時機成熟的遠坂時臣命令言峰綺禮用assassin殺掉rider或者saber的御主，同時刺探rider和archer的實力之差，assassin被rider的寶具王之軍勢覆滅，言峰綺禮作為失去從者的御主尋求教會保護。至此從者剩餘六名。
caster和龍之介二人作惡多端，監督者教會發布命令暫時停止聖杯戰爭，斬殺caster的御主可以獲得此前聖杯戰爭中多餘的令咒。caster及其御主為了呈現殺人的藝術在河邊製造了巨大的異形生物，引發眾人討伐。此戰中所有現存從者均現身，其中archer和berserker二人在空中纏鬥，berserker為狂化的前圓桌騎士蘭斯洛特，擁有將任何手中物體變為武器的寶具能力，其將戰鬥機變為自身寶具並與archer戰鬥。與其同時，berserker御主間桐雁夜向遠坂時臣尋仇，認為是其主觀惡意將女兒遠坂櫻送去間桐家使其遭受非人痛苦，在向遠坂時臣攻擊的過程中被擊敗，遠坂時臣的火系魔法幾乎將間桐雁夜身體裡的蟲子燃燒殆盡，間桐雁夜在將要解脫的過程中被言峰綺禮所救，但言峰綺禮的目的僅僅是想要他活在世上承受更大的痛楚。
另一方面rider、saber、Lancer三人無法對巨大的異形物體產生致命傷害，並且深知此物靠caster自身的魔術供給，即使殺死御主龍之介也無補於事，並且一旦怪物上岸吸食人類能量，就可以脫離caster的供給從而無法控制。此時殺死怪物需要對城寶具，只有saber左手被封印的誓約勝利之劍可以做到，為了履行騎士道精神並且殺死caster，Lancer主動折斷自己唯二寶具之一的黃薔薇之槍，解放saber的左手。rider運用寶具王之軍勢把caster藏身其中的巨型怪物拖入其固有結界，衛宮切嗣與rider御主韋伯達成一致，讓韋伯指揮rider把固有結界釋放在衛宮切嗣打出信號彈的方向，在釋放的同時saber使用誓約勝利之劍成功斬殺caster，caster御主龍之介也被衛宮切嗣槍殺。至此從者剩餘五名。
caster被斬殺後，肯尼斯向教會宣稱自己為Lancer真正締結契約的御主，有資格因Lancer之功獲得一枚獎勵的令咒，教父言峰璃正同意後將一枚令咒轉移到肯尼斯手背上，此後立刻被肯尼斯所殺。但在臨死之時用血在地上寫下給言峰綺禮的暗示，此後言峰綺禮解讀暗示，用約翰福音的某章節經文將言峰璃正手上剩餘的多個令咒轉移到自己手上。並與archer吉爾伽美什勾結，用遠坂時臣贈送的寶劍從背後將遠坂時臣刺殺，其後與archer訂立契約重新成為御主，繼續參加聖杯戰爭。
肯尼斯獲得令咒後，發現其未婚妻索拉烏擁有兩枚令咒的右手被砍下，責怪於Lancer沒有保護好御主。並且肯尼斯此前一直對索拉烏對Lancer擁有好感而對Lancer懷恨在心，因此出言中傷Lancer，此時衛宮切嗣一行人攻入肯尼斯所在的地方，肯尼斯下令Lancer必須斬殺saber。在saber與Lancer的戰鬥過程中，衛宮切嗣潛入肯尼斯身邊，用槍指著索拉烏的額頭並要求肯尼斯接受協議——協議約定衛宮切嗣強制終身不得傷害肯尼斯及索拉烏，但條件是肯尼斯必須退出聖杯戰爭。肯尼斯相信協議對魔術師的強制約束力，並念及自身戰鬥力，同意了協議，用最後一枚令咒命令戰鬥中的Lancer用槍自殺。無法抵抗令咒的Lancer把紅薔薇刺入自己的身體，在消失的過程中對肯尼斯毀壞他與saber之間充滿騎士精神的爭鬥而充滿憤怒，並發出詛咒。Lancer死後，衛宮切嗣的助手久宇舞彌立刻射殺了肯尼斯及索拉烏，至此從者剩餘四名。
間桐雁夜被言峰綺禮所救後，聽從其指令，指使berserker用寶具不為一己之榮光偽裝成rider並從衛宮家劫走作為聖杯容器的愛麗，得知此事的衛宮切嗣第一次運用令咒讓saber立刻回到倉庫，後saber根據瀕死的久宇舞彌的信息去追查rider，在路上遇到了真正的rider，並與其展開了追逐戰。rider最後敗於saber手中，但saber並沒有下殺手而是就此離開，此後rider與御主韋伯回到家中，認為聖杯戰爭到了尾聲，是時候主動出擊取得勝利。在rider下定決心前往決戰的過程中，韋伯在送行時把三枚令咒快速消耗完畢用於給rider增加魔力，並由此放棄自己的御主地位不想拖rider後腿，但之後被rider說服一同前往大橋。在橋上rider遇到了英雄王archer，雖知勝算不大還是正面迎戰。開啟了寶具王之軍勢固有結界的rider，帶領軍中3萬英靈衝向archer，但archer使用了其ex級對界寶具乖離劍(EA)，一劍將衝在最前面的rider與其後的軍隊隔離，rider單槍匹馬衝向archer，最後因自身具有神性而被archer的天之鎖所縛，死於archer身前，其戰鬥的意志贏得了英雄王的褒獎。在此之後，archer詢問御主韋伯是否要為rider復仇，得到了否定的答覆，因為韋伯認為自己是rider的臣子且必須遵守和rider的約定好好活下去，archer認為韋伯的行為夠得上臣子的忠誠，放過了韋伯。至此從者剩餘三名。
聖杯戰爭接近尾聲，回收了四名死去的從者靈魂的聖杯容器愛麗絲菲爾已經不堪重負，化身為聖杯並溢出代表「此世全部之惡」的黑泥。衛宮切嗣和言峰綺禮在停車場正面戰鬥，言峰綺禮利用自身多餘的令咒抵消衛宮切嗣的起源彈攻擊，但在最後被衛宮切嗣所敗。衛宮切嗣被聖杯溢出的黑泥淹沒，並且面對聖杯邪惡的拷問，作出了拯救大部分人而犧牲小部分人的決定。同時，saber與berserker也在戰鬥，saber通過berserker能夠準確接住自己無形之劍的行為判斷出對方知道自己劍的長度，從而一定知道自己的身份，因此判斷出對方為亞瑟王的圓桌騎士之一蘭斯洛特。berserker露出盔甲之下的真面目，正是曾與亞瑟王妻子有染但未被亞瑟王懲罰而心有愧疚的圓桌騎士蘭斯洛特，也因前身的故事一直對saber有極大執念和愧疚感，二人對戰最後berserker被saber斬殺，至此從者剩餘兩名。
結束戰鬥的saber趕到愛麗化身的聖杯所在地，為了拯救自己前身亞瑟王導致不列顛亡國的命運而想要獲得聖杯扭轉歷史，此時archer出現攻擊saber並向其求婚，要求其成為英雄王的財寶之一。衛宮切嗣趕到現場，並不顧saber想要獲得聖杯的願望，強行使用兩枚令咒讓saber毀掉聖杯，想從此結束流血不止的聖杯戰爭。saber破壞聖杯後回到英靈殿，聖杯被破壞後導致黑泥溢出，冬木市被黑泥淹沒而燃起熊熊烈火。面對火海之下的慘烈場景，衛宮切嗣再次感受到自己要做「正義的夥伴」的目標所毀滅的「少數人」給自己帶來的莫大痛苦，想要儘量拯救更多人的衛宮切嗣在火海中不斷尋求生還者，最後救了一名孤兒並將其收養，取名為衛宮士郎。至此五年後，衛宮切嗣因聖杯的詛咒無法支撐身體的消耗而離世。衛宮士郎受其信仰感染，也立志做「正義的夥伴」，並參與第五次聖杯戰爭。
另一方面，被聖杯黑泥澆灌的archer吉爾伽美什卻意外獲得了肉體，成為了第四次聖杯戰爭唯一遺留在現實的從者。已經被殺的言峰綺禮也被聖杯賦予了第二次生命，但已經沒有了心跳。言峰綺禮遵循遠坂時臣的遺囑擔任遠坂家下一任家主遠坂凜的老師，同時成為第五屆聖杯戰爭的監督者。