電影中，星球日報的老闆將超人叫做「小鎮男孩」（Smallville），這是超人粉都懂得一個梗—氪星毀滅後，超人降落在堪薩斯州Smallville的農場，被肯特夫婦養大....布拉布拉布拉。從此Smallville便成為了超人的外號，也是超人的一系列的前傳故事經常用的標題。影片中星球日報老闆還調侃蘋果公司已經破產，股價一文不值。
超人在跟老闆抱怨如今的記者行業違背了職業初衷時，老闆則告訴他：「那你回到1938年上班吧！那時候這個行業還是一片淨土！1938年正好是超人的漫畫首秀。超人VS佐德將軍事件中倖存下來的斷腿員工，家裡張貼了很多海報，最中間一張正是1938年超人首期漫畫封面。
自DC在2011年的「New 52」重啟後，新的正義聯盟7巨頭為超人，蝙蝠俠，神奇女俠，海王，閃電俠，鋼骨，綠燈俠。DC電影宇宙中沙贊將綠燈俠換下（沙贊也是新52主推英雄），其餘正義聯盟成員都出現在了正片中。在神奇女俠瀏覽盧瑟的加密文件時，神奇女俠，海王，閃電俠，鋼骨的各自的漫畫Logo均出現在了文件夾封面上。
神奇女俠之所以出現在大都市，就是為了拿回盧瑟藏在硬碟裡的「加密豔照」。不過這張拍攝於上世紀的照片，明顯就是《神奇女俠》獨立電影的「劇照」。連克裡斯派恩飾演的男友史蒂夫都出現了，看來DC電影宇宙依舊保留了超人和路易斯萊恩，神奇女俠和史蒂夫這兩對老官配，要知道漫畫重啟後神奇女俠可是在史蒂夫住院的時候，就跟超人好上了。
閃電俠以監控錄像的方式首先登場，瞬間解決了一個搶超市的劫匪。憑藉《壁花少年》走紅的埃茲拉·米勒飾演閃電俠。傑森莫瑪飾演的海王同樣出現在了錄像中，片中的他已經出披上了戰甲，從海底一躍而出。最後一個登場的鋼骨四肢已經殘缺不全，其父為了保住兒子性命，正在對他進行黑科技改造。不料一個蠕動的盒子飛到了維克多頭頂，畫面突然中斷。毫無疑問，這個盒子就是「天啟星母盒」，漫畫中的維克多就是被母盒炸成重傷，卻在爆炸瞬加融合了母盒分子，再加上父親的黑科技改造，鋼骨成為了可以跟天啟星建立聯繫的生化機械人。
蝙蝠俠的噩夢橋段是鋪墊DC電影宇宙的關鍵所在，該橋段的開端部分，穿著酷似《超人：紅色之子》沙漠裝的夢魘蝙蝠俠（Knightmare）俯瞰戰場，巨大的「歐米茄」標誌烙印在火海之中。意味著正義聯盟永遠的噩夢—黑暗君主「達克賽德」（Darkseid）將在未來登場。這位漫迷口中的「達叔」是DC宇宙神明一般的存在，作為天啟星(Apokolips)的統治者，他能從眼部發射無人能逃的「歐米茄射線」將對手徹底抹殺。漫威滅霸就是以他為原型創作出來的。（註：歐米茄標誌為Ω，你發現了嗎？）
蝙蝠俠夢魘中還出現了天啟星士兵從天而降，將蝙蝠俠制伏的鏡頭。在漫畫裡天啟星士兵都有翅膀。片中的那副關鍵油畫更是暗示得再清楚不過，在影片中盧瑟也警告「魔鬼不會從地下爬出，而是從天而降」，這裡是暗示天啟星軍團的入侵。
夢魘中，蝙蝠俠成為地下軍頭目，超人成為擁有自己軍隊的獨裁者。該設定和超人以俄國為中心在世界建立紅色政權的《超人：紅色之子》頗為相似。而超人手下士兵都配有超人標誌的肩章，對其俯首稱臣，因為失去路易斯而黑化成為暴君的設定又跟漫畫《不義聯盟》的劇情不謀而合。在《不義聯盟》中，超人因為小丑的奸計殺死了路易斯和未出生的孩子，從此走上了暴君之路，而蝙蝠俠則集結了漫畫主宇宙的超級英雄聯手對抗超人的暴政，這一打就是五年。
夢魘後面的情節發展則更符合《不義聯盟》的劇情，閃電俠穿越而來提醒蝙蝠俠路易斯是關鍵（漫畫裡也有類似情節）。再加上閃電俠已經換上了和《不義聯盟》中一樣的戰甲。如此一來，我們很有可能在未來的正義聯盟電影中看到一場宏大的英雄內戰，或是超人折斷蝙蝠俠脊椎骨的漫畫劇情。
盧瑟1940年的漫畫初稿是有一頭紅髮的，但由於印刷技術的限制，有頭髮的盧瑟印到報紙上直接變禿了。電影中盧瑟的長髮造型依舊參考了《超人之死》—該作中的盧瑟就是長發。
超人在盧瑟的宴會過程中看到新聞，飛去火災現場拯救被困的少女。救起後被人群包圍，且每人都塗有墨西哥死亡節面具彩繪，暗示之後的「超人之死」劇情。人群伸手觸摸超人，暗示超人=上帝。《蝙蝠俠大戰超人》公映日是3月25日，屬於西方復活節前夕，其寓意不言而喻。
蝙蝠俠在第二次和神奇女俠對質時說道：「你不了解我，但像你這樣的女人，我見得多了。」這一句不禁讓人期待接下來還會有哪些DC女英雄上位。然而神奇女俠接下來的話則讓蝙蝠俠一臉懵圈：「像我這樣的女人，你根本沒見過！」言外之意姑奶奶我都活了5000歲了，還是統領一個神族的女王，還是史上第一個女英雄，美漫界我業內一姐的地位早就坐牢實了。
雖然是DC電影宇宙中神奇女俠的首秀，但神奇女俠的標誌性武器一樣沒落，最顯眼的自然是用來制服毀滅日的「真言套索」和擋住毀滅日熱視線的「守護銀鐲」。前者由火神赫淮斯託斯用大地女神蓋亞的金腰帶為材料打造而成，後者則用宙斯的神盾埃吉斯的碎片鍛造打磨。
最後三雄對抗毀滅日。蝙蝠俠在躲避毀滅日的熱視線時落在了房簷上，此時一道閃電劈過，該鏡頭明顯致敬了《黑暗騎士歸來》的經典封面。超人在太空中被核彈炸成了一副骷髏架子，同樣是在致敬《黑暗騎士歸來》中，超人被蘇聯核彈擊中後元氣大傷的模樣。
蝙蝠洞中有一件寫著「Ha Ha Ha! Jokes on you,Batman!（你就是個笑話，蝙蝠俠）的羅賓戰服，很顯然這是小丑的「傑作」。在《黑暗騎士歸來》中這件戰服也被擺在了蝙蝠洞中最顯眼的位置，時刻提醒著蝙蝠俠家仇未報。這件戰服的持有者是第二任羅賓，也就是被小丑拿撬棒毒打後炸死，復活後成為「紅頭罩」的傑森託德。
蝙蝠俠在片中反覆拿起的一張報紙上，寫著「你讓親人白白送死」（You Let you Family Die）的字樣。這句話太容易讓人聯想到蝙蝠俠漫畫名篇—《家庭之死》（Death in the Family），講述的就是二代羅賓—傑森託德被小丑害死的故事。
在電影中蝙蝠俠平時喜歡喝酒，管家阿福吐槽他的酒窖會被喝光。關於「空酒窖」和「下一代」的話題，《蝙超大戰》可以說是一字不漏直接把原著臺詞拿過來用了，真不愧是逐幀拍攝過《守望者》的扎導。
縱觀全片不難發現，蝙蝠俠的銀幕形象從未如此冷酷過，從不殺生，從不用槍，從不下重手的蝙蝠俠在本片已經不知道破了幾次戒了。《黑暗騎士歸來》中的蝙蝠俠更是如此—50歲高齡，經歷了家門不幸，正聯解散，人到中年早就沒有了太多的顧忌。可以說《蝙超大戰》不僅在人設上再現了米勒版蝙蝠俠的漫畫形象，更是抓住了其性格轉變，為漫迷忠實還原了最黑暗的蝙蝠俠。
毀滅日在漫畫中正式登場就是著名的《超人之死》（1992），以致於不少粉絲得知真正反派是毀滅日時，都為超人捏了把汗。毀滅日是氪星實驗失敗的產物，擁有學習模仿吸收超能力的變態適應力，實力和超人不相上下。電影中的「毀滅日」（Doomsday）則由萊克斯盧瑟利用佐德將軍的屍體改造而成。
毀滅日在《超人之死》中最初登場時是被束身衣包裹，並沒有露出標誌性的骨刺。直到和黃金先鋒，蘭甲蟲，綠燈俠等英雄大戰後束身衣破掉，這才展現出他真正的實力。電影中的毀滅日同樣經歷了這樣一個進化的過程—在吸收了核彈的能量後，他蛻下了一層皮，露出了尖尖的骨刺，甚至學會了超人的熱視線。
在和毀滅日的戰鬥中，神奇女俠砍掉了他的右手。而在漫畫中，毀滅日登場時所穿的束身衣正好就禁錮住了他的右手。在和毀滅日鏖戰幾百回合後，超人也逐漸掌握了對付毀滅日的方法：它會跳但不會飛，只要把它帶離地面就行了。這才有了電影中超人將毀滅日帶離地球，兩人在地外空間打鬥的戲碼，動畫版《超人之死》在情節相似度上要比漫畫更高。
電影中的超人被毀滅日的骨刺穿膛，超人也用氪石杖將毀滅日扎了個透心涼，兩人同歸於盡。而在漫畫裡，使用氪石杖的通常是盧瑟。而在《超人之死》中，毀滅日也用骨刺對超人進行了致命打擊，最終兩人各自朝著對方腦門猛力一擊，雙雙斃命。
超人戰死後，全國哀悼舉行國葬，該橋段中的送葬隊伍，國旗包裹的大「S」棺材，送行人群的姿態，鏡頭中的一切場景和人物要素都是在致敬《超人之死》的續篇—《友人的葬禮》。有趣的是，漫畫中的這場葬禮是盧瑟主持的，連墓地和紀念碑都是盧瑟精心挑選的。
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