萬曆四十七年（1619年）八月，後金八旗兵正式開始統一女真部落的最後一戰——滅最後的海西女真部落葉赫部，明廷終於相信後金政權成為明王朝的心腹大患，緊急詔令熊廷弼重新擔當遼督，經略遼東。
在當時，努爾哈赤十分忌憚熊廷弼。
明朝抓到的撫順秀才賈朝輔說過：「當時努爾哈赤集結後金八旗兵各頭目和明朝降將李永芳等人，問現在應該先攻打哪裡？有的說應該先攻打遼陽，傾其根本；有的說應當先攻打瀋陽，潰其藩籬；有的說明廷派了熊廷弼經略過來，遼東一定有所防備，應當先攻打北關，除去自己的內患。努爾哈赤說道：遼東局勢已經敗壞至此，熊廷弼經略要整頓好也需要時間。於是我想先攻取北關，免除我的內患，將來可以使出全力去攻打遼陽瀋陽。」
海西女真葉赫部被後金政權滅亡後，熊廷弼開始一系列的整頓，防備後金八旗軍深入。
首先以「瀋陽空壘，獨立難支」的理由奏請明廷，盟友已失，請求退守遼陽城，得到明廷批准。
其次為了力保孤城，熊廷弼除了在遼陽城挖壕溝，築高牆以外，他還向明廷提出集結大量兵馬分別扼守險要的防守策略。
他上奏：「現在能遏制後金的說法有三種，一種是恢復，一種是進剿，一種是固守。臣以為此時遼東局勢敗壞，不敢奢談恢復、進剿之事，不如分布險要以守為穩的策略，先保現有地區，然後慢慢整頓。但是現在守備就已經很不容易了？臣親自到各邊隘口險要之處勘察地形，認為後金出兵的路只有四條：在東南路為靉陽，南路為清河，西路為撫順，北路為柴河、三岔兒間。這些地區一定要駐守重兵，為防守後金進剿的準備工作。而鎮江南邊保障四衛的安全，東邊兼顧朝鮮，駐守人員也不能少。這就是臣的分布險要的大策略，望陛下知曉。」
熊廷弼的策略很簡單，遼東局勢越來越差，現在根本不是恢復失去的城池或者大規模圍剿後金的時候，現在只能先守住陣地，然後慢慢整頓內部，最後恢復元氣之後才開始圍剿後金軍。
而防守的策略是每路設兵三萬，鎮江(今遼寧丹東市附近)設兵二萬，等到後金軍過來，根據實際戰局有的負責迎擊，有的負責橫擊，各路則都負責自己這一塊的城池防守，獨當一面，四路相互配合就全局防禦成功。遼陽城也設兵二萬，平時駐守，有事進行策應。海州(今遼寧海城縣)、三岔兒河各設兵一萬，以防萬一。金、復(今遼寧金縣、復縣)設兵一萬，防守海運，保障後勤。總共需要十八萬軍隊。與此同時，還需要九萬匹各種軍馬駑馬，需要軍餉銀三百二十四萬兩。
熊廷弼的這一經略大計，雖得到皇帝批准，但是朝廷沒錢，無法得到落實，而且他自己就因受到一連串的黨爭彈劾而不安其位了。
但是熊廷弼得罪了言官團體。
吏科給事中姚宗文首先發難。他因為求熊廷弼為他補官，沒有得到滿足，為此怨恨熊廷弼，後來走別人的門路得到了補官，後來去遼東閱視兵馬，處處與熊廷弼作對。當時遼東人劉國縉為兵部主事，負責遼東軍務，主要招募遼人為兵，招募了一萬七千人大半都逃亡了，被熊廷弼劾免，姚宗文是早劉國縉的門生故舊，至此相互勾結，決定驅逐熊廷弼。
泰昌元年(1620年)八月蒲河(今瀋陽市東北)失守。
姚宗文詆毀熊廷弼，上奏朝廷，說他獨斷專行，聽不進別人的建議，而且軍馬也不訓練，將領也不部署，導致遼東地區人心不親附，刑罰又重。還煽動言官對熊廷弼進行群起而攻之，必欲去之而後快。
言官們開始帶節奏。
御史顧慥也彈劾熊廷弼出關一年，沒有一點成就，還做了一副對聯：「荷戈之士徒供挑浚，尚方之劍逞志作威。」來諷刺熊廷弼。
當時萬曆皇帝剛剛駕崩不久，明光宗朱常洛登基不到一個月就病逝了，明熹宗朱由校初立，魏忠賢開始興風作浪，朝堂更加混亂，遼東問題更加難以得到正確的解決。
御史馮三元彈劾熊廷弼更誇張，說熊廷弼無謀者八，欺君者三，其中最重要的幾條就是遼東重鎮開原、鐵嶺失守，大量軍備物資無法運回；北關告急，不讓大軍前去救援；遼東地區精銳的礦兵不用；國家健兒軍士不去殺敵而去作工等等。還說朝廷不罷免熊廷弼，遼東必然不保。
明熹宗朱由校下詔進行廷議。
熊廷弼上疏自辯說，開原、鐵嶺的糧食，臣一抵達遼東就開始收割，割不了的就地焚毀；北關告急，立馬命令開原道韓原善、分守道閻鳴泰往赴，二人都不願意去，其時臣手下只有這二人，馮三元所謂不讓大軍前往，不知道這大軍在哪？所謂役軍丁，都是民壯，守守城沒問題，打仗那就不行了；遼東礦徒都是亡命之徒，變成士兵後就變成兵匪，到處搶劫，一碰到戰事，就各種不行，誰敢用他們？
熊廷弼不反駁還好，一反駁，更加引起言官的各種無理取鬧式的反駁。
御史張修德彈劾熊廷弼破壞遼陽。
熊廷弼更加憤怒，遼陽能守得住就是靠熊廷弼的功勞，現在言官都開始質疑他的功勞了，是可忍孰不可忍。
一氣之下交還尚方劍，直接上奏朝廷，要求罷免自己。
言官決定再添一把火，給事中魏應嘉再次彈劾熊廷弼。
經過朝議，朝廷決定允許熊廷弼去職，回京，從而結束了其經略遼東的悲壯一幕。
熊廷弼性情剛烈，覺得委屈，再次上奏，要求查明事實。
明熹宗朱由校決定派魏應嘉等人前往遼東，給事中楊漣為人正直，認為魏應嘉原來就是彈劾熊廷弼的主力人員，如果派他去調查此事，熊廷弼情況不妙，於是上奏朝廷，原來反對和彈劾熊廷弼的人應該避嫌，讓其他言官前去調查，於是明熹宗朱由校改派朱童蒙前往遼東調查事情真相。
朱童蒙當時任兵科給事中，雖然也是言官的一員，卻素性樸直，志氣豪爽，善於騎射，為人慷慨，為官剛介，文才與武略兼備。
他的一生著述有《疏草》《去吳》《楚遊錄》《粵西於役志》《武闈與事》《論兵尺牘》《勘遼錄》《勘遼紀事》《撫延章奏》《編年紀事》《宦遊詩稿》等等，除了詩詞歌賦之外，還有大量關於遼東局勢和兵家的著作。
這種人才能真正做到不偏不倚，正確的評價熊廷弼的功與過。
果不其然，朱童蒙經過全方面仔細的調查，調查結果是熊廷弼經略遼東地區一年有功也有過：其過錯在於朝廷危難之際，辭職乞歸，有負君恩；而在遼東這一年，熊廷弼的確有大功，力保遼東危城不失。這就是所謂的「罪浮於功」。
至此，明熹宗朱由校認為熊廷弼雖然有過錯，但是還是忠於國家的有才幹之人，暫時放過了熊廷弼。