順治作為大清入關的第一位皇帝，其婚姻帶有濃厚的滿族早期婚姻的特點，這主要表現在他與四位皇后除夫妻意外的複雜關係上。這四位皇后分別是廢后博爾濟吉特氏、孝惠章皇后、孝康章皇后、孝獻皇后。下面具體來講一講這四位皇后的不同命運。
第一位皇后是博爾濟吉特氏，她是孝莊的侄女，科爾沁蒙古親王吳克善的女兒。順治八年，14歲的順治帝在太和殿舉行了第一次大婚。但大婚之後帝後感情不和，僅兩年順治帝就提出了廢后重立的問題。他的理由是「生性妒忌，每見貌少妍者，即憎惡，欲置之於死」、「又好奢華，凡諸服御，莫不以珠玉繡綴飾」。
其實這些理由都是託辭，促使順治帝要廢掉皇后的實質原因，根子還是出在多爾袞和孝莊身上。因為這個皇后是多爾袞執政時為他選的，目的是為了促進與蒙古的關係，而孝莊也有心讓娘家人主持後宮。也就是說，這場婚姻是典型的政治婚姻，與順治帝的本人意願極不相符。
儘管如此，但順治帝十分清楚，廢立皇后是朝中大事，不好輕舉妄動。他先投石問路，命大學士給他找出前代廢后的事例，以觀察朝臣的反應。
果不其然，順治帝的廢后意向很快遭到了朝臣的反對，他們從封建倫理道德出發，認為皇后「母儀天下，關係甚重」，還搬出歷史上有名的賢君，如光武帝、宋仁宗、明宣宗，他們都因廢后而受到後世的指責。另一方面，朝臣也擔心入關不久，統治地位還不牢固，廢后之舉不是開國之君所為。
順治帝年少性格急躁，他執意要做的事情別人很難阻擋，不過他也做出了讓步，他下令將皇后降為靜妃，改居側宮。後來博爾濟吉特氏返回了蒙古草原，並死在了娘家。
廢后不久，朝中開始為順治帝擇立第二位皇后忙碌了。當時順治帝的後宮雖不乏嬪妃，但他認為沒有一個能配得上皇后的稱號。因此，他下旨在滿洲官民、蒙古王公、大臣以上女子中選擇皇后。候選人成千上萬，最後還是選定了科爾沁蒙古鎮國公綽爾濟的女兒博爾濟吉特氏，她是廢后靜妃的侄女。
順治十一年六月十八日，順治帝在太和殿舉行了盛大的婚禮，迎娶了他的第二位皇后。可是，婚後不久，順治帝又開始挑剔新立的皇后，說他雖然「秉心淳樸」，然而卻「乏長才」。他讓禮部收回皇后的冊寶，停止對皇后應行的各種禮儀活動，也不準皇后到慈寧宮給孝莊請安。
順治十三年八月，內大臣鄂和之女董鄂氏成為順治帝的妃子。他對這位年已十八歲的妃子十分滿意，稱讚她有「母儀之度，性孝敬，知大禮，不以貴自矜」。在順治帝看來，董鄂氏簡直就是絕代佳人，剛入宮順治帝就封她為賢妃，一個月後董鄂氏又一躍成為皇貴妃，在後宮中地位僅次於皇后。
順治帝共有見於記載的后妃十八人，能使他為之傾倒的，僅皇貴妃董鄂氏一人。順治帝幾次想廢掉第二個皇后立她為為後，但因擔心若兩度廢后，會遭到朝臣更加激烈的反對，所以才沒有履行這一手續。
實際上，董鄂氏在宮中無論權力還是待遇，都大大超過皇后。順治十四年，董鄂氏子生一子，其子僅三月便夭折，順治帝為安慰董鄂氏，追封這個連名字都沒來得及起的孩子為和碩榮親王。兩年後，董鄂氏本人也病逝。鍾情的順治帝為此痛不欲生，親自為她守靈，又傳諭輟朝五天，命親王以下、四品以上官員和公主、王妃以下命婦，齊集景運門內外為董鄂氏哭靈。
接著，順治帝追封董鄂氏為「孝獻莊和至德宣仁溫惠端敬皇后」，並在停靈的承乾宮舉行了隆重的追封禮。為了寄託哀思，他命大學士金之俊為董鄂氏作傳，又親自動筆，撰寫《孝獻皇后行狀》。這樣，董鄂氏便成了順治帝的第三位皇后。
第四位皇后是康熙帝的生母佟佳氏，順治帝在世時是沒有名號的庶妃，康熙帝登基後尊為皇太后，康熙二年逝世，年24歲。後累加諡為「孝康慈和莊懿恭惠溫穆端靖崇天育聖章皇后」。佟佳氏本是漢軍八旗，康熙親政後，命抬入滿洲鑲黃旗，後家抬旗之制自此始。