本文主要依據遊戲內道具說明和文本整理並做適度猜想。
1遠古時期，葦名地區存在多種神祗信仰，其中白蛇神是其中重要的一支。直到櫻龍出現，櫻龍來自日本西方的龍鄉。雖然不懂為何被打掉一條手臂，但瘦死的駱駝比馬大，櫻龍打敗了葦名當地的神，並紮根下來，櫻龍居住的地方被後人稱作仙鄉。
櫻龍為了療傷，必須吸取生命力。為了蠱惑人們獻祭生命力，櫻龍創造了魚王和龍胤之子來展示它的神力。仙鄉流出的源之水也被注入神力。流經源之宮那條支流的水被稱為京城水，神力較大，流到水生村神力較小。所以水生村民只是不斷復活的行屍走肉而已。至於龍胤之力怎麼給予，龍胤之子怎麼選擇，龍胤之力是否可以不經過櫻龍同意而二次傳遞有待商榷，不然丈和九郎違背櫻龍的意志就說不通了。
淤加美一族受到吸引來到源之宮這個地方建造了源之宮，並且成為櫻龍的奴僕。淤加美一族女性善戰，獲得雷電之力，男性獲得吸取生命力的能力，成為貴族。貴族可以晉升為紅衣貴族，再到瓶中貴人，最後成為魚王。只有前任魚王死了才能繼任。魚王死後，身上的寄生蟲汙染水源，喝了被汙染的水或者吃了水裡面的魚就會變成附蟲者。這條支流流經仙峰寺和菩薩谷，所以有破戒僧和獅子猿。櫻龍為了隱藏自己的真實目的，規定必須燃起源之稥才能進入仙鄉。
2淤加美和葦名之戰時期。淤加美一族迅速控制了水生村，並進攻葦名以擴大影響。因怕毒的弱點被葦名人發現而戰敗。部分敗退的淤加美人來到墜落之谷並成為當地首領。天守閣武士候命室掛的畫上會雷電的妖人指的就是這次戰爭。部分葦名人攻入源之宮卻被斬殺成了無頭鬼。戰敗的淤加美人派出霧隱貴人製造迷霧封鎖水生村入口。
葦名人也因這場戰爭認識到櫻龍的強大而開始崇拜源之水。櫻龍因此派遣丈和巴來葦名宣傳神力。丈從仙鄉帶來一支櫻木，嫁接在了葦名。巴經常在樹下為丈起舞。此時丈結交劍聖，所以盛年一心會雷電。
3盜國之戰時期。葦名國被內府攻佔，源之水信仰也被禁止。葦名人奮起反抗，發起盜國之戰，也就是復國之戰。葦名方以劍聖葦名一心為首，集結了忍者義父梟，幻術師蝴蝶夫人，醫師道玄，忍者雕佛師飛猿，劍聖的朋友丈和巴，仙峰寺的僧兵。
此戰丈和巴展示了不死之力，仙峰上人覬覦這種力量，並開始僱傭波亂眾擄掠兒童做實驗。然而丈發現不死之力是以奪取別人生命力為代價，開始質疑。丈用自己的龍胤滴露治療周圍患龍咳的人，自己卻患上龍咳，而且不能被龍胤滴露治療。巴為了救丈，開始尋求斬斷不死的方法。關鍵道具不死斬卻被仙峰上人偷走，藏了起來。最終丈死去，巴也因失去丈賦予的不死之力自刎殉情。
九郎不懂為何成了新的龍胤之子。義父梟因為不滿自己的待遇，也覬覦龍胤之力，開始報復計劃，在戰場上撿回只狼收為義子，教導忍術，請蝴蝶夫人教導幻術，只狼長大後被派到九郎身邊。義父在巴死後偷走常櫻木。
雕佛師飛猿原本是在菩薩谷和愛哭鬼川禪修行的忍者，在盜國之戰後給了永真一個飯糰，並帶了回來。飛猿因在戰爭中殺戮過多差點成為修羅，被朋友劍聖斬斷一條臂膀阻止，永真因此成為道玄的義女兼徒弟，劍聖也教永真劍術。道玄給雕佛師只做了忍義手。
劍聖撿回弦一郎，巴死去前是弦一郎的師傅。
4盜國之戰多年後，劍聖一心老了，並身患重病。葦名國風雨飄搖，內府趁機捲土重來。弦一郎為了保護葦名，一方面命令道策接手道玄放棄的變若水研究，一方面逼迫九郎授予他不死之力。
5三年前弦一郎不惜指派義父梟策劃了山賊攻打平田家事件。沒料到義父暗地裡準備劫走九郎。蝴蝶夫人識破義父，和九郎藏身於佛堂，誤會前來救主的只狼，與只狼搏鬥被殺。義父怕暴露暗殺了只狼。不料佛堂燃起大火就要倒塌，義父來不及搜索被迫離開。九郎賜予只狼不死之力逃出生天，卻被弦一郎截獲。九郎被軟禁在望月樓，只狼失去記憶被關進水牢。
6遊戲開始時劍聖身體每況愈下，不久於世，不忍看到弦一郎誤入歧途，故派遣他的醫師永真送信給只狼。
注意，從九郎和米娘身形以及丈的描述來看，龍胤之子應該都是小孩形態，無法確定年齡。所以九郎可能不止10歲。